创新点包括：1) 通过全基因组测序发现nOPV2在乌干达使用后保持高遗传稳定性；2) 罕见的双重组株虽恢复毒力但未持续传播；3) 高疫苗覆盖率有效遏制了病毒扩散。

尽管在乌干达出现了一种神经毒力双重组株，新型减毒口服脊髓灰质炎病毒2型（nOPV2）的稳定性更高

通过双重组技术提高nOPV2疫苗的遗传稳定性，降低病毒重组导致疫苗失效的风险，为脊髓灰质炎根除提供更安全的疫苗方案

双重组改良型口服脊髓灰质炎疫苗2型

首次揭示了TrhO的冷冻电镜结构及其催化机制，阐明了其不依赖辅因子、通过反应性半胱氨酸中间体利用分子氧羟化tRNA摆动尿苷的非常规单加氧作用机制。

依赖氧气的tRNA摆动尿苷羟化酶TrhO的非常规单加氧作用

研究发现O1抗原的甲基化在Ogawa血清型中促进细菌定植和传染性，揭示了血清型差异对致病性的直接影响机制。

霍乱弧菌血清型影响致病性

发现棕榈酸通过ZDHHC24介导的B7H3棕榈酰化机制，调控CD8⁺ T细胞抗肿瘤活性，揭示了代谢产物参与肿瘤免疫逃逸的新途径

棕榈酸触发的B7H3棕榈酰化促进免疫逃逸

开发了能感知肠道出血并定向分泌修复材料的工程化细菌，通过合成生物学手段实现对炎症性肠病的精准治疗

工程化活体胶水分泌治疗性蛋白用于炎症性肠病治疗

通过设计工程化tRNA基因扩大AAV载体的靶向范围，实现不依赖特定疾病的基因治疗递送系统

一种工程化的UGA抑制tRNA基因用于无疾病特异性AAV递送

创新性地提出GPSeq技术，通过从核周向内逐步酶解染色质并结合高通量测序，首次实现对真核生物基因组沿核周-中心轴的径向组织结构的全基因组尺度解析。

GPSeq沿核周-中心轴映射真核生物基因组的径向组织

开发了基于2′-乙酰丙酸酯磷酰胺酯的高效RNA合成方法，可合成215 nt以上长链RNA；建立快速脱保护协议；成功合成多种功能RNA（sgRNA、荧光标记RNA、5′-帽mRNA），并发现2′-O-甲基腺苷修饰可增强蛋白表达。

乙酰丙酸酯化学促进长链和功能活性RNA的合成

创新性提出基于可编程液-液相分离的DNA存储架构，实现超高密度（7×10^10 GB/g）与动态编辑的统一；通过四面体DNA框架装甲实现冷态超稳定存储（千年级），首次在分子存储系统中实现计算模式与归档模式的可逆转换。

一种可重构的DNA存储架构用于分层数据管理，通过可编程相变

提出闭环控制理论平台实现细胞疗法精准调节，开发多维零空间分析高通量设计方法，构建光遗传学数字孪生平台进行动态测试，并实现感知炎症信号的自主调节细胞疗法。

工程化赛博基因细胞疗法

开发了基于H5N1病毒的新型报告系统，通过在NS基因中插入荧光/发光蛋白（NLuc、miniGFP2、UnaG）实现病毒复制的实时监测，同时验证了其在体外复制效率、体内致病性及血清学检测中的应用价值。

表达荧光和发光报告蛋白的重组甲型H5N1流感病毒

创新性地利用反向遗传学技术拯救并比较了牛源和人源H5N1病毒的致病性差异，发现人源rMichigan/90病毒在哺乳动物模型中表现出较低的复制能力和传播效率，为理解跨物种传播机制提供了新见解。

牛源和人源甲型H5N1流感病毒在小鼠和仓鼠模型中的感染与传播动力学

创新性地采用全湖范围全基因组测序技术揭示高度混杂鱼类种群的遗传结构，发现不同物种在传统产卵地的基因混合现象，为混杂种群的渔业管理提供遗传学依据，并开发出可推广的低成本全基因组测序工具。

利用全湖范围全基因组测序重新审视康斯坦茨湖核心鱼的遗传学

创新性地结合大规模并行测序与mTOR通路活性检测技术，通过基因编辑和细胞分选实现对391个TSC2错义变异的通路活性评分，并利用多组学数据整合分析重新分类276个临床TSC2意义不明变异中的76.8%。

整合、规模化方法解决TSC2意义不明变异体

创新性地系统评估了P94位点氨基酸突变对分选酶活性和底物特异性的影响，发现多个优于现有P94R突变体的变体（如P94A/D），揭示该位点在调控底物进入和酶活性中的关键作用，为开发更高效的分选酶介导连接技术提供理论依据。

金黄色葡萄球菌A类分选酶P94位点的氨基酸变异调控底物结合和酶活性

提出了一种新型腺嘌呤衍生物oxo-AdeBZT，其具有高亮度（摩尔消光系数37000 M-1*cm-1，量子产率0.11-0.27），在寡核苷酸和DNA双链中均表现出优异荧光性能；通过分子动力学模拟揭示其通过疏水相互作用和构象变化实现通用杂交特性，熔解温度变化不超过10%。

基于腺嘌呤的分子转子作为高亮度通用荧光核碱基

开发了基于双分子荧光互补技术的遗传编码生物传感器，可实时监测细菌内双链RNA水平，加速共生体介导的RNAi设计-构建-测试循环，并在工程化蚜虫共生菌中验证了dsRNA产量提升效果。

用于优化细菌共生体双链RNA生产的遗传生物传感器

创新性提出mRNA-LNP疫苗的多参数协同设计框架，揭示可电离脂质、UTR结构和5'帽结构对先天免疫激活及适应性免疫调控的定量影响，通过结构优化实现抗原功能重塑，在免疫抑制小鼠模型中达到90%保护率。

模块化mRNA LNP设计整合RNA、脂质和抗原工程用于保护性疫苗接种

创新性结合MALDI-TOF MS与16S rRNA测序技术实现NTM精准鉴定，揭示不同物种对抗菌药物的特异性耐药模式，为临床治疗提供数据支持。

犬猫分枝杆菌分离株的物种鉴定及抗菌药物敏感性

研究发现GSK3β通过非磷酸化途径调控线粒体通透性转换孔（MPTP），推翻了GSK3β通过磷酸化CypD调控MPTP的传统认知，为线粒体相关疾病治疗提供了新方向。

环孢素D的磷酸化对于GSK3β调控线粒体通透性转换孔并非必需

首次揭示铁缺乏通过稳定HIF-1促进成纤维-脂肪生成祖细胞异常脂肪分化，破坏卫星细胞与FAPs平衡，提出HIF-1抑制剂可逆转病理改变的新治疗靶点

铁缺乏驱动老年人肌少症：HIF-1α介导的成纤维-脂肪生成祖细胞分化诱导脂肪浸润并损害肌肉功能

创新性构建单核脂肪细胞谱型与HGSOC单细胞数据的复合参考，首次揭示肿瘤内脂肪细胞比例与卵巢癌患者生存率的显著负相关，并验证了免疫细胞比例与预后的正相关性。

解卷积肿瘤脂肪细胞比例与高级别浆液性卵巢癌生存率

开发基于机器学习的分类器预测细胞系特异性同源基因对的合成致死性，利用细胞系特异性表达数据和蛋白质互作网络特征，实现跨场景预测验证，并提供1005个细胞系的预测资源。

针对同源基因对的预测癌症依赖图谱

首次发现FKBP7在化疗诱导的氧化应激下通过非ERAD途径转移到细胞质，与eIF4G1相互作用并调控NFE2L1表达；首次解析FKBP7催化结构域的NMR谱，揭示其与雷帕霉素类药物的结合特性，为克服耐药提供新靶点。

细胞质FKBP7回流通过调控NFE2L1水平作为前列腺癌细胞对化疗的适应性反应

创新性整合亚细胞分离与高分辨率质谱技术，发现FLT3-ITD突变位点通过调控自噬、线粒体代谢和脂质依赖性FLT3膜定位，形成独特的代谢脆弱性，为克服TKI耐药提供新靶点。

细胞器蛋白质组学揭示FLT3-ITD细胞中的新型代谢脆弱性

创新性提出仅通过RNA-seq数据即可推断染色体异常事件，发现肺癌中3p/9p/17p缺失的高频规律，识别出跨缺失类型共有的25%差异表达基因及特异性生物标志物（如CLDN9），并验证其在9p缺失肺癌中的潜在预后价值。

RNA测序分析揭示肺癌中反复发生的杂合性丢失及相关转录模式

发现YAP1通过破坏Hippo-YAP信号通路驱动HPV独立的侵袭性宫颈癌亚型，该亚型缺乏表面病变可逃避免疫筛查；首次结合单细胞测序与空间转录组学揭示其分子机制，发现EMT高表达状态与免疫抑制性髓系抑制细胞互作促进肿瘤进展，并提出靶向Hippo信号通路的新治疗策略。

过度激活的YAP1驱动宫颈鳞状细胞癌侵袭性EMT亚型

首次揭示dUTPase除代谢功能外的全新有丝分裂调控作用，发现其通过动态关联纺锤体和中心体维持染色体分离，且其剂量调控与细胞迁移及转移相关，突破传统核酸代谢酶功能认知。

将dUTPase识别为早期胚胎发育必需的有丝分裂因子

首次揭示人类CCR4-NOT复合物通过调控KZNF基因表达和直接作用于逆转座元件RNA稳定性，双重机制抑制基因组广泛转录及逆转座元件活性，为表观遗传调控提供新视角。

人类CCR4-NOT复合物抑制广泛转录和逆转座元件

通过迭代的bump-and-hole蛋白质工程策略，设计出针对MGAT1的高特异性生物正交报告系统，实现对哺乳细胞中特定糖基化位点的精准化学标记。

迭代的凸起-孔洞工程创建N-乙酰葡萄糖胺转移酶I的生物正交报告系统

创新性使用离子半导体测序技术结合叶绿体和核基因组数据，揭示系统发育推断困难源于光合作用基因非信息性变异及叶绿体与核基因信号冲突，提出需多独立中性基因树解决古老快速分化问题。

基因树分歧、快速多样化和趋同影响Zygophylloideae的系统发育推断

创新性地提出通过插入两个视觉可区分的标记实现基因分型，无需分子检测即可直接在生物体层面区分基因型；进一步扩展至四标记系统，可同时实现敲除位点和荧光报告基因的纯合子鉴定，结合活体荧光成像进行表型分析。

基于标记的二倍体模式生物敲除基因分型方法

创新性整合光化学、点击化学和质谱技术，建立完整的脂质互作组分析流程；首次系统提供从细胞处理到蛋白质组学样本制备的标准化方案；通过多功能脂质探针实现特定脂质物种的蛋白质互作网络解析。

一种利用多功能脂质探针分析脂质-蛋白质相互作用的综合方法

系统比较了不同粒度的结构字母（Q3/Q8/3Di）在远程同源检测中的表现，发现最简的Q3字母（区分螺旋、链和环）能实现与结构对齐相当的性能，并成功应用于新基因组蛋白质功能注释任务。

结构字母方法在远程同源性检测中结构对齐的性能

首次发现高血压小鼠肾小管相关支持细胞存在显著转录可塑性变化，通过单细胞测序揭示其差异表达基因达299个，富集51-86条关键通路，并发现180个特异性调控网络。同时对比发现该细胞类型较淋巴内皮细胞具有更强的抗炎能力和再生潜力，为高血压肾损伤治疗提供新靶点。

高血压下肾小管相关支持细胞转录可塑性增强

创新性地采用化学基因组学方法结合高通量单基因敲除突变体库，系统解析了霍乱弧菌未注释基因在多种环境压力下的功能，为泛基因组功能注释提供新范式，并开发了开放工具支持社区研究。

化学基因组学筛选揭示霍乱弧菌C6706未注释基因的新功能

通过结合宏条形码和宏基因组分析技术，首次揭示了同一葡萄园内短距离（250米）土壤微生物群落结构与功能差异的驱动机制，发现高程、硼和钠等理化参数与微生物分布存在显著关联，并鉴定出特定环境条件下具有促生和抗逆功能的微生物类群。

解析葡萄园地块不同土壤条件下葡萄藤的分类和功能土壤微生物群落

创新性地构建了16组高分辨率3D活体成像数据集，采用光片显微镜结合转基因技术实现全胚胎无阴影成像，通过多视角融合算法提升图像质量，并提供核分割数据支持定量分析，为胚胎发育动力学研究建立基准数据集。

十六组各向同性3D荧光活体成像数据集揭示赤拟谷盗胚胎胃囊形成过程

创新性地结合实验进化与多组学方法，揭示杀菌剂与升温双胁迫下土壤微生物群落功能协同下降机制，发现双压力导致碳水化合物/羧酸代谢途径广泛受损，并首次证明升温会抑制杀菌剂抗性演化。

杀菌剂与升温相互作用减少土壤生态系统功能

创新点包括：1）开发无需DNA提取的直接PCR方法，通过粪金龟缓冲液直接进行PCR；2）结合哺乳动物特异性16S基因标记和泛节肢动物COI基因标记；3）利用小型粪金龟高效检测树栖哺乳动物，尤其对传统方法难以监测的灵长类和树栖物种效果显著。

无需提取的iDNA宏条形码技术：一种用于热带森林树栖哺乳动物调查的小型粪金龟高效方法

创新性地结合宏转录组数据与机器学习区分表达孤基因与伪孤基因，通过大规模数据分析（近5000个宏转录组文库）揭示表达孤基因与保守基因在序列组成、结构约束和进化信号上的系统性差异，并开发了基于SHAP值的生物学信号解释方法。

人类肠道微生物组中表达孤基因、伪孤基因和保守基因的鉴定与分类

创新性地应用质谱成像技术定位肾脏中皮质类固醇的空间分布，发现不同激素在肾乳头、髓质和皮质的分布规律，并揭示低盐饮食会显著增加外皮质区皮质酮含量，为理解激素在肾脏功能区的信号调控提供新视角。

质谱成像技术定位雄性小鼠肾脏中的皮质类固醇

首次发现前额叶皮层星形胶质细胞钙活动是应激复原力的必要且充分条件，揭示了PFC星形胶质细胞转录反应在应激易感与复原力小鼠中的差异，并发现其与人类抑郁症患者基因表达变化的关联。

皮层星形胶质细胞调控应激复原力

创新性提出结合肿瘤标志物的智能体模型（BEP-HI），揭示肿瘤生长动力学与异质性的机制解耦，发现免疫招募通过非线性免疫编辑反馈主导ITH演化，阐明黑色素瘤细胞迁移能力与肿瘤形态的关联性。

一种整合标志物的基于智能体的框架用于研究黑色素瘤进化中的肿瘤内异质性

通过设计基于卷曲螺旋异二聚体的分裂碱基编辑系统（CC-BE），解决了传统碱基编辑工具体积过大问题，同时保持或提升编辑效率，并首次实现双AAV载体介导的基因治疗应用。

卷曲螺旋异二聚体介导的分裂碱基编辑系统实现灵活且稳健的核苷酸替换

创新性地提出无抗体染色质分析方法，通过CRISPR整合的肽标签实现高灵敏度的转录调节因子定位，同时兼容批量和单细胞测序技术

Af-CUT&Tag：一种基于基因编码标签和高亲和力结合蛋白融合Tn5的无抗体染色质分析方法

该研究首次在真实世界疟疾种群中验证基因驱动技术的有效性，通过应对疟疾的遗传多样性挑战，为疟疾防控提供了新的基因编辑策略。

基因驱动技术在真实世界疟疾多样性中的测试

开发了能够模拟人类肝脏门静脉区域结构和功能的类器官模型，为肝脏疾病研究和药物筛选提供新工具。

人门周肝类器官

发现细菌通过PUA-Cal-HAD模块感知噬菌体诱导的m6-dAMP信号，形成丝状结构耗尽dNTPs终止感染；揭示噬菌体通过DNA模拟蛋白阻断丝状结构组装的反防御机制；扩展了跨界的免疫丝状结构组装范式至核苷酸耗竭抗病毒防御领域。

甲基化组衍生的m6-dAMP触发因子组装PUA-Cal-HAD免疫丝状结构以耗尽dNTPs终止噬菌体感染

创新性整合系统发育分析与结构域多功能性定量评估，揭示多结构域酶通过模块化可塑性与催化核心结构扩展实现环境适应性进化，同时发现发育必需功能序列通过固定结构域架构满足特定生理需求的分化进化轨迹。

几丁质酶的模块化进化由辅助结构域和催化结构域的协同进化所决定

开发了基于合成血清标志物（RMAs）的非破坏性技术，通过血液检测实现视网膜基因表达的连续监测，可量化多种视网膜细胞类型活性、检测少量干细胞移植，并避免细胞损失或免疫激活。

使用合成血清标志物监测视网膜基因表达

创新性提出Corrected Spatial Differential Expression (CSDE)方法，通过引入专家验证的少量数据点校正预处理误差带来的不确定性；设计高效的工作流生成专家标注数据，提升空间转录组差异表达分析的可靠性。

通过人工反馈减轻空间转录组流水线中的偏差

1. 首次揭示少突胶质前体细胞（OPC）竞争在胶质瘤发生中的驱动作用；2. 通过磷酸化蛋白质组学发现RNA剪接和蛋白质翻译相关磷酸肽富集；3. 验证mTORC1是调控细胞竞争的关键分子；4. 证明基因编辑和药理学干预可阻断胶质瘤进展。

细胞竞争在胶质瘤发生中的关键作用

发现血脑屏障破坏刺激可诱导脑微血管内皮细胞释放具有特定蛋白质组分的细胞外囊泡，这些囊泡可能通过自分泌信号通路参与血脑屏障调控，并可能作为血脑屏障渗透性的诊断生物标志物。研究还揭示了囊泡对内皮细胞转录程序的调控作用，提出潜在的正反馈机制。

破坏血脑屏障的刺激物诱导产生具有不同蛋白质货物和功能的细胞外囊泡

通过构建RIAM-Talin嵌合体强制延长talin关联，发现RIAM在成熟粘附点的再分布可重塑粘附动力学，揭示Rap1在整合素激活后协调力传递的独立作用机制，阐明RIAM定位调控对细胞粘附可塑性和机械转导的核心作用。

调控RIAM-Talin相互作用控制粘附稳定性和力学输出

创新性整合形态学与分子数据发现新物种Mayorella budamensis，揭示隐存多样性；基于SSU rDNA系统发育分析发现七个主要类群，扩展Mayorella在非洲淡水生态系统的分布认知；发现环境样本中独特的遗传分支，提示潜在新进化分支。

理解Mayorella（Amoebozoa）的进化和类群多样性：加纳近海岸淡水地区新物种的描述

首次发现HVEM在间质型胶质母细胞瘤中的促侵袭作用，揭示其通过NF-κB信号通路诱导间质表型的分子机制，并开发出靶向HVEM的纳米抗体作为新型治疗策略，同时阐明HVEM与肿瘤耐药性的关联。

抑制HVEM可抑制间质型胶质母细胞瘤的侵袭和生长

1. 发现直接共培养促进BMSC成骨基因表达和细胞因子调节；2. 揭示接触依赖的ROCK-肌球蛋白信号通路在成骨中的作用机制；3. 通过蛋白质组学发现细胞骨架/机械敏感相关调节因子富集；4. 证明Treg可通过恢复细胞收缩性促进成骨分化，为骨再生提供新靶点

调节性T细胞通过激活ROCK-肌球蛋白轴和细胞收缩性调控骨髓基质细胞成骨作用

创新性提出无饲养层常氧培养体系（FINO介质）实现多能干细胞重编程，发现原始态特异性DNA甲基化图谱，开发基于DNA甲基化位点的原始评分（naive-score）作为状态转换的定量监测指标。

通过特定DNA甲基化变化追踪多能干细胞从始发态到原始态的转化以优化培养条件

首次揭示TbPLK通过磷酸化KIN-G的Thr301残基抑制其微管结合活性，从而负调控centrin臂生物生成的分子机制，阐明了激酶-马达蛋白互作在细胞结构组装中的调控作用

Polo样激酶通过磷酸化KIN-G马达结构域负调控布氏锥虫centrin臂的生物生成

发现Menin在不同白血病亚型中具有差异性调控机制：在MLL-AF4白血病中通过维持增强子-启动子互作调控基因表达，而在NPM1c白血病中作用有限；首次揭示Menin与不同蛋白复合物互作导致的转录调控差异，为Menin抑制剂的精准治疗提供理论依据。

Menin以白血病特异性方式维持增强子-启动子互作

首次发现肿瘤边缘区域存在表观遗传和表型独特的胶质母细胞瘤细胞亚群，揭示微胶质细胞来源的Oncostatin-M是驱动该亚群形成的分子机制，并证实该亚群与患者预后显著相关

表观遗传和表型上独特的肿瘤周围胶质母细胞瘤细胞群与患者预后较差相关

科学家将细胞中的vault结构改造为mRNA分子的存储单元，实现了对细胞历史信息的保存。

细胞的‘时间胶囊’储存了它们过去的秘密经历

创新性使用5'和3'端测序技术实验确定转录起始位点和多聚腺苷酸化位点，发现上游开放阅读框和RNA结合蛋白结合位点，揭示替代启动子/终止子使用及首次在Eurotiomycetes中发现近启动子提前转录终止现象。

曲霉菌5'和3'非翻译区的全面映射揭示了包括提前转录终止在内的mRNA加工多样化机制

发现裂变酵母Tpt1包含两个功能独立的结构域（RNA 2'-磷酸转移酶和Yae1），且二者均对生存必需；揭示了Arg50和Arg96在Tpt1催化反应中不同步骤的关键作用；推翻了Tpt1均为单功能单元的传统认知。

裂变酵母Tpt1由串联的RNA 2'-磷酸转移酶和Yae1结构域组成，两者对生存均至关重要

开发了'一锅两步法'合成三核苷酸帽引物(TCPs)的新方法，产率提升且纯化步骤简化；发现TCP与DNA模板在转录起始位点+1和+2位点的完全互补是实现高效率(>98%)和高产率(>5 mg/mL)帽结构mRNA合成的关键

新型三核苷酸mRNA帽试剂：改进的合成路线及高效的共转录掺入

开发了基于qPCR的m5C-Rol-LAMP方法，首次发现细菌rRNA修饰水平具有应激依赖性和位点特异性可逆变化，实现了RNA修饰的定量检测。

利用m5C-Rol-LAMP检测大肠杆菌中应激依赖性m5C rRNA动态变化

发现更丰富的mini-NAD+-II核糖开关新亚类，揭示其在乳酸菌中广泛分布的代谢调控功能；发现其H型假结结构与preQ1-I核糖开关的结构相似性，为合成生物学中人工设计配体结合aptamer提供新思路。

微型NAD+-II核糖开关控制细菌烟酰胺补救及从头合成NAD+基因 [报告]

1. 系统解析5' UTR结构对mRNA与ncRNA翻译效率的差异化调控机制；2. 开发基于机器学习的plusCE模型，显著提升翻译效率预测精度；3. 揭示核糖体结合ncRNA的非编码进化特征，修正对ncRNA翻译潜力的误判。

5' UTR顺式调控逻辑调控经典和非编码RNA上的核糖体结合

创新性提出基于分子动力学模拟和机器学习的局部到全局预测框架，通过五步流程实现蛋白质-RNA结合自由能预测，其中随机森林回归模型在测试集和压力集均表现出色（Pearson相关系数0.80/0.64，MAE 1.79/1.63 kcal/mol），且优于现有工具。

PANTHER评分：蛋白质-核酸靶标结合、杂交和能量回归

开发MUTACLASH工具系统分析CLASH数据集中的交联诱导突变（CIMs），发现CIMs可作为Argonaute蛋白结合的分子足迹，尤其在非典型miRNA/piRNA结合位点和低杂交丰度靶点中表现出更强的调控效应，为识别被现有工具忽略的功能性小RNA靶点提供新方法。

MUTACLASH：利用交联诱导的突变识别功能性小RNA靶点[报告]

开发了TimeVault系统，通过基因编码技术在活体哺乳动物细胞内实现转录组的记录与长期存储，突破了传统静态分析方法的局限性。

一种用于哺乳动物细胞转录组存储的基因编码装置

通过大规模噬菌体蛋白筛选，发现触发细菌先天免疫系统的特定蛋白，揭示了针对尾部纤维和主要衣壳蛋白的抗噬菌体机制，为理解细菌免疫防御提供了新视角

噬菌体蛋白筛选揭示细菌先天免疫系统的触发因素

提出'理想效度光开关'概念，通过光的颜色精确调控TRPC4/TRPC5通道活性，其效果与光敏化合物浓度无关，实现了对离子通道的可逆且精准的光控调节。

选择一种颜色来控制TRP通道

首次揭示糖尿病勃起功能障碍与海绵体乳酸积累的分子机制，发现FBP1功能障碍通过组蛋白甲基化和棕榈酰化调控乳酸代谢，提出靶向恢复FBP1去棕榈酰化状态的新治疗策略。

通过恢复去棕榈酰化FBP1以减少海绵体乳酸改善糖尿病雄性小鼠的勃起功能

首次定义曼氏血吸虫成虫组织和性别特异性的N-及O-糖蛋白组，发现新型HexA修饰糖链，揭示糖基化对寄生虫生存的必要性，并鉴定出具有疫苗开发潜力的糖蛋白候选抗原。

曼氏血吸虫组织特异性及性别偏向的糖蛋白组景观

通过高温激活非典型PAMs，突破CRISPR-Cas12a诊断技术对PAM序列的严格限制，开发出灵敏度高、特异性强且适用于现场快速检测的一体化检测平台。

耐热非典型PAMs的鉴定用于稳健的一体化CRISPR-Cas12a检测

首次解析酵母Hsp70分子伴侣Ssb与核糖体的结合结构，揭示其在共翻译折叠过程中的作用机制，并确定其与新生肽链的相互作用模式。

核糖体结合的Hsp70同源蛋白Ssb的共翻译循环

创新性地提出利用总RNA而非纯化RNA进行高分辨率全基因组RNA聚合酶II转录起始位点分析，可同时检测稳定RNA和瞬时表达RNA，适用于多种样本类型。

通过带帽小RNA测序（csRNA-seq）从总RNA中分析活性RNA聚合酶II转录起始位点

创新点包括：1) 多色标记策略提升多重成像能力；2) 基于dCas9和sgRNA工程的扩增系统增强信号；3) 新型荧光报告系统实现非重复基因组位点可视化；4) 系统总结技术瓶颈（如细胞毒性、基因组不稳定性）

揭示基因组：CRISPR-Cas活细胞成像的新方法

创新性提出通过异核苷酸间隔物分割聚A尾的设计策略，解决了长聚A序列在质粒扩增中的重组问题，同时发现频繁插入异核苷酸仍可保持功能，并验证了超长分割聚A尾（>200nt）可使蛋白产量提升6倍。

聚腺苷酸尾分割提高模板DNA的稳定性并增强体外转录mRNA的可翻译性

创新性提出NiLoT模板工程策略，通过在非模板链引入单链断裂促进R环形成，有效抑制反义RNA合成，显著降低dsRNA污染并提升IVT mRNA的翻译效率和免疫兼容性。

模板链断裂抑制体外转录中启动子非依赖性反义转录：通过R环介导的链置换作用

发现NF-κB（Relish）通过调节组蛋白乙酰化限制染色质可及性，从而抑制代谢基因转录；揭示HDAC6与NF-κB/Relish在代谢基因调控区的相互作用，阐明先天免疫因子通过表观遗传机制调控代谢适应的新机制。

NF-κB通过染色质调控在果蝇中抑制营养依赖的转录程序

首次揭示TlyA在核糖体组装中的关键作用，发现其催化残基和SAM结合位点的重要性，阐明了枯草芽孢杆菌与结核分枝杆菌TlyA结构差异对功能的影响，为抗生素耐药机制研究提供新视角。

TlyA是枯草芽孢杆菌中参与核糖体组装的23S和16S 2′-O-甲基胞苷甲基转移酶

发现EGR-1结合位点是CSF1R激活的关键开关，揭示CSF1R基因位点通过三维折叠形成调控枢纽，阐明EGR1作为巨噬细胞特异性边界元件在增强子-启动子环形成中的全局作用。

EGR1依赖的级联反应调控CSF1R位点的基因组结构

1. 构建大规模SaCas9/sgRNA活性数据集并开发预测模型；2. 发现PAM下游序列的T富集二核苷酸与活性正相关；3. 首次证实腺嘌呤甲基化通过抑制SaCas9活性实现细菌自我与非自我区分的进化机制。

机器学习揭示细菌中SaCas9与PAM相互作用的序列和甲基化决定因素

开发了具有RNA切割活性的最小DNAzyme（催化核心仅2个核苷酸，底物核心3个核苷酸），通过X射线晶体学和NMR揭示其B-DNA样结构，发现非沃森-克里克碱基配对及锌离子协调的新型催化机制。

一种最小的RNA切割DNAzyme及其催化机制

通过冷冻电镜技术揭示冠状病毒Nsp1蛋白与核糖体40S亚基的结合机制，发现不同病毒亚型的Nsp1连接区长度差异与其翻译抑制效率相关，并提出连接区和CTD螺旋1的变异可作为病毒分类的分子标记。

Sarbecovirus和Mercecovirus Nsp1连接区在翻译抑制中的策略性变异

首次揭示SETD6通过K117甲基化调控E2F1与BRD4相互作用的分子机制，发现甲基化/乙酰化开关控制溴结构域蛋白与E2F1的结合，为前列腺癌治疗提供新靶点。

SETD6介导的E2F1 K117甲基化破坏BRD4-E2F1结合并调控前列腺癌细胞中E2F1染色质结合及基因表达

揭示了人类碱基切除修复复合体与DNA复制及细胞周期调控蛋白之间存在直接的物理相互作用，为DNA修复机制与细胞周期调控的关联提供了新视角。

关于‘人类碱基切除修复复合体与DNA复制和细胞周期调控蛋白物理关联’的编者按

创新性揭示了DNA复制终止与基因组不稳定的多机制联系，发现Tus–ter系统与R环代谢的关联，以及RecG解旋酶和3′外切酶在调控复制终止中的关键作用，为抗菌药物开发提供新靶点。

DNA复制终止通过多种机制引发基因组不稳定性

开发了高通量平台研究DNA修复机制，发现MMEJ是A. aegypti中CRISPR/Cas9诱导DSB的主要修复方式，揭示了其对基因编辑效率、基因驱动抗性及转基因稳定性的重要影响

微同源介导的末端连接是埃及伊蚊中DNA修复的主要形式，对基因编辑、基因驱动和转基因去除具有影响

1. 发现RNA G-四链体（rG4）结构通过与RBM4蛋白相互作用显著增强核糖体移码效率；2. 首次揭示密码子重复序列下游rG4的全基因组富集规律；3. 建立基于HDAC1基因的CRFS报告系统，证实rG4结构可跨基因调控移码效率。

RNA G-四链体促进人类基因中密码子重复相关的核糖体移码

首次系统揭示细胞周期进程中染色质动态变化与转录调控的复杂关系，发现染色质重构存在转录依赖性和非依赖性双重机制，并开发基于染色质特征的高斯过程模型预测转录动态

细胞周期中染色质占据动态的全面分析

首次揭示外周中性粒细胞在心肌梗死后通过TGFβ/GM-CSF受体上调被预先编程为SiglecF+状态的机制，发现Ly6G靶向干预可诱导心脏中性粒细胞向SiglecF+Ly6Glo/Retnlghi表型转化，并通过γδT细胞和单核细胞募集及直接作用成纤维细胞促进纤维化。

缺血心脏中性粒细胞的终末编程驱动心肌梗死后纤维化

1. 建立实验性EoG模型揭示了IL-4Rα和IL-13Rα1在免疫细胞浸润与上皮重塑中的特异性作用机制；2. 通过RNA测序发现EoG与EoE存在组织特异性转录组差异；3. 阐明IL-4Rα信号通路在炎症细胞招募中的核心作用，而IL-13Rα1更侧重于上皮重塑调控。

IL-4Rα和IL-13Rα1在实验性嗜酸性胃炎中免疫细胞浸润和上皮重塑中的不同作用

首次系统比较Prevotella不同菌株的黏附特性差异，发现P. melaninogenica具有独特的基质蛋白降解能力和纤溶酶原激活能力，揭示了其通过蛋白酶介导的组织破坏机制；通过亲和色谱-质谱联用技术鉴定出多种潜在黏附素蛋白，为开发抗黏附治疗策略提供分子靶点。

黏附、生物膜与侵袭：探究Prevotella菌种的毒力机制

首次揭示LONP-1在调控线粒体DNA复制和蛋白质合成中的双重功能，发现线粒体核糖体蛋白突变可通过减缓翻译速率增强氧化磷酸化复合体组装，为线粒体疾病治疗提供新思路。

LONP-1缺陷导致线粒体蛋白质合成失调，该失调可通过线粒体核糖体突变恢复

首次为铜背猴构建群体规模基因组资源，通过15个亲代-子代三元组的深度全基因组测序和泛基因组图计算方法，揭示了非人灵长类中最强的父系年龄相关突变偏倚，并量化了性染色体与常染色体的突变率差异。

GPSeq沿核周-中心轴映射真核生物基因组的径向组织

通过带帽小RNA测序（csRNA-seq）从总RNA中分析活性RNA聚合酶II转录起始位点

iTP-seq：一种可扩展的体外分析细菌翻译景观的工作流程

氢/氘交换质谱分析核糖体-新生链复合物以在肽水平研究蛋白质生物生成

通过ISSAAC-seq进行单核染色质可及性与基因表达联合分析

生物工程微型结肠用于体外结直肠癌研究

人类神经类器官和类球体中的CRISPR筛选

XomicsToModel：组学数据整合与热力学一致代谢模型生成

生物工程微型结肠用于体外结直肠癌研究

人类神经类器官和类球体中的CRISPR筛选