开发了酶驱动的比色编码平台EnCODE，将多miRNA生物标志物转化为可解码颜色信号，实现胰腺癌的高准确率检测（163例样本达90%准确率）

基于酶促比色编码的数字医学在胰腺癌诊断中的应用

1. 揭示了芳香族中心基序的膜插入序列规则；2. 开发了AroMIP预测模型（准确率91.2%-99.7%）；3. 提供了IDP通过芳香族基序驱动膜插入的机制解释。

内在无序蛋白的膜插入密码

发现慢性乙醇摄入在mPFC和NAc的特定亚区（PL皮层和NAc核心）显著上调GFAP表达，且药理学抑制星形胶质细胞可选择性减少乙醇摄入而不影响水摄入或基础活动，揭示了星形胶质细胞在乙醇摄入中的潜在作用机制。

乙醇摄入涉及雄性Wistar大鼠的星形胶质细胞

1. 揭示超级增强子/沉默子通过Alu插入、培养者基因机制等不同途径形成；2. 发现人类特异性新基因的进化路径；3. 提出调控元件在数亿年进化中复杂作用机制

多种过程驱动双顺反子基因SMIM45在漫长进化时间尺度下超级增强子和超级沉默子的起源与成熟

发现E-选择素是长春新碱诱导神经病变的关键调控因子，其通过非经典途径激活巨噬细胞NLRP3炎性小体和IL-1B释放，且阻断E-选择素可重塑神经免疫通讯网络，为化疗性神经病变提供新治疗靶点。

E-选择素通过NLRP3调控长春新碱诱导的神经病变中的IL-1B依赖性神经炎症

创新性地使用酵母展示平台对奥密克戎变体RBD区域进行全基因组突变扫描，发现表型热点残基（455/456/493位点）的氨基酸偏好持续动态变化，并揭示H505W等突变可能通过调控RBD构象状态影响抗原进化策略。

近期SARS-CoV-2变异株的深度突变扫描揭示表型热点残基中氨基酸偏好的变化

首次发现铜绿假单胞菌通过L2 β-内酰胺酶（blaL2）基因与截断的ampR L2调控基因共存的遗传元件介导头孢他啶/他唑巴坦耐药，且该机制不依赖传统调节因子AmpR L2；通过全基因组测序揭示ST235高危克隆株的耐药基因特征，并验证blaL2基因表达与耐药性直接相关。

铜绿假单胞菌中L2 β-内酰胺酶介导的头孢他啶/他唑巴坦耐药新机制

创新性揭示了真菌陷阱形成的分子机制：1）发现细胞极性蛋白、肌动蛋白和septin蛋白在陷阱结构形成中的空间定位规律；2）证实保守型NADPH氧化酶通过诱导活性氧信号促进细胞融合；3）建立线虫捕食真菌作为研究真菌细胞生物学的新型模型系统。

捕食线虫的真菌通过协调极性信号、septin蛋白和NOX信号通路形成陷阱

开发了基于人类细胞的高通量平台量化全长抗体的多维生物物理参数，揭示了抗体进化中突变顺序如何通过构象重排规避生物物理权衡，并建立了预测人类蛋白突变生物效应的通用框架。

抗体进化中的生物物理权衡通过构象介导的上位效应得以解决

发现Spt5的KOW2-3结构域与Pol IIstalk协同作用，通过调节染色质结构和3'-端加工影响转录终止；揭示KOW结构域作为招募平台协调RNA加工与染色质动态的新机制；发现Rpb7突变导致异常转录启动和3'-端加工改变。

Spt5的中央KOW结构域与Pol IIstalk协同调控染色质和3'-端加工

开发了基于表达的svtRNA注释策略，生成标准化注释集实现跨小RNA测序研究的系统检测与量化；发现svtRNA在多种细胞系中丰度与miRNA相当，且存在可能具有miRNA样调控功能的svtRNA家族。

基于表达的注释识别并量化人类细胞中的小vault RNA（svtRNAs）

创新点包括：1) 提出统一的Snakemake流程整合单细胞数据处理全流程；2) 针对10x Genomics技术优化；3) 支持百样本级大规模数据分析；4) 通过CLI实现高效可重复的分析工作流。

scprocess：一个用于处理、整合和可视化图谱级单细胞数据的流程

提出STEVE框架，通过子采样评估、新细胞检测、注释基准测试和参考迁移四个模块，首次系统量化单细胞测序注释的准确性、稳健性及可重复性，建立统一的概率框架实现跨数据集细胞类型映射。

STEVE：单细胞转录组表达可视化与评估

创新点包括：1) 样本数量级增长；2) 新自动化工作流程实现大规模数据处理；3) 重构的交互式网页界面；4) 跨物种复用的基础设施代码；5) 基于泛转录组的全新参考转录数据集。

EoRNA2：用于基因表达数据数据库构建的自主数据发现与处理

通过靶向核糖体组装因子的相互作用，诱导癌细胞凋亡而不引起DNA损伤，提供了一种非基因毒性的治疗策略

通过靶向核糖体组装因子Bop1/WDR12的相互作用，将HCT116结肠癌细胞的核仁应激与DNA损伤解耦

首次发现XPO1抑制剂与Menin抑制剂联用可协同阻断KMT2A融合蛋白和NPM1突变型AML的致癌通路，通过同时抑制menin-KMT2A相互作用和XPO1功能，显著增强抗白血病效果并减少耐药性；揭示XPO1在维持menin染色质结合稳定性中的新机制。

联合抑制Menin和XPO1在KMT2A重排和NPM1突变型AML中协同抗白血病活性

首次系统比较早孕期小/大血浆细胞外囊泡的分子特征，发现大囊泡富集线粒体相关分子和胎盘激素蛋白，小囊泡富集EV标志物和细胞外基质蛋白，揭示两者在胎盘功能监测中的互补作用。

早孕期小和大血浆细胞外囊泡的多组学分析揭示胎盘、代谢和结构适应特征

首次系统解析麻疹病毒m6A表观转录组特征，发现m6A修饰通过调控病毒RNA合成与宿主免疫应答双向影响病毒感染进程，揭示METTL3在病毒复制与免疫逃逸中的双重作用机制。

麻疹病毒RNA和宿主3的m6A景观调节病毒复制和抗病毒先天免疫

首次系统性分析BAF复合物扰动对药物反应的影响，发现不同BAF亚型在基因组稳定性和细胞周期调节中的特异性作用，揭示BAF缺陷细胞对MEK/EGFR抑制剂的敏感性及对检查点抑制剂的抗性，识别潜在合成致死相互作用。

通过BAF复合物扰动的系统性药物筛选揭示不同的依赖性

创新性开发高密度Stereo-cell平台实现大卵母细胞形态与转录信息同步捕获，首次通过无监督聚类结合形态学特征解析卵母细胞发育时序，利用空间组学技术重建卵巢细胞状态的组织空间关系。

小鼠卵母细胞从生长到排卵的单细胞转录组图谱

开发了基于DNA折纸技术的DoriVac疫苗平台，可构建携带多种抗原的多价纳米颗粒，显著增强针对传染病及其变异株的体液和细胞免疫应答。

DNA折纸疫苗纳米颗粒改善对传染病的体液和细胞免疫应答

开发了基于点击化学的模块化适配体嵌合体技术，实现了无需特定受体即可降解膜蛋白的新方法，为蛋白质降解调控提供了创新工具。

点击化学构建的模块化信号适配体嵌合体实现受体非依赖性膜蛋白降解的更正

创新性结合计算模拟与实验验证技术，系统揭示人类IgG糖型异质性与功能动态调控的分子机制，为抗体药物开发提供新的结构生物学视角

Yanaka等人论文的更正：通过计算与实验方法探索人类免疫球蛋白G的糖型依赖性动态调控

通过解析LolCDE复合物的三维结构，揭示了细菌脂蛋白运输过程中底物与LolE蛋白的普遍相互作用机制，为理解细菌膜蛋白运输途径提供了关键结构依据。

Szewczyk等人关于配体结合LolCDE结构的研究揭示了细菌脂蛋白运输中普遍的底物-LolE相互作用的更正

提出基于GPT架构的深度学习模型ADAR-GPT，用于解析RNA表观遗传修饰（表转录组）的复杂语言模式，可能实现对RNA修饰的预测、功能注释或调控机制发现。

ADAR-GPT：学习表转录组的语言

发现BRI1-CNGC12磷酸化模块通过激素信号通路调控锰离子稳态，为解决酸性土壤中锰毒性问题提供了分子机制和潜在干预靶点。

BRI1–CNGC12磷酸化模块连接激素信号到植物中锰稳态的机制

揭示钠离子结合位点在GPCR激活中的关键作用，通过监测TM6和钠离子口袋附近的切换开关，阐明变构网络与钠离子逸出的协同机制。

富含色氨酸的变构网络和钠离子逸出在GPCR激活中的作用

提出融合蛋白质和小分子特征的图神经网络模型，通过统一框架预测蛋白质结合位点，突破传统方法在跨模态特征整合和预测精度方面的局限性。

统一的蛋白质-小分子图神经网络用于结合位点预测

发现免疫监视蛋白Collectin-11在破骨细胞生成和骨代谢中的新功能，揭示了补体系统与骨重塑之间的分子联系

Collectin-11通过补体依赖机制调节破骨细胞生成和骨维持

揭示了刺突蛋白结构不稳定化可减弱SARS-CoV-2在水貂中的传播能力，为理解病毒宿主适应性进化提供了新视角，并发现水貂集群中病毒变异的潜在机制。

刺突蛋白不稳定化减弱水貂集群5型SARS-CoV-2

通过整合实验与计算分析方法，系统性揭示细菌中蛋白质降解的调控机制，发现多种关键调节因子的不稳定性特征，为理解细菌稳态维持和应激响应提供了新视角。

大肠杆菌中蛋白质降解的全局分析揭示了多种调节因子的不稳定性

首次揭示METTL3通过m6A修饰调控Dnajb1稳定性，从而影响心肌细胞铁死亡的分子机制，为心肌梗死治疗提供新靶点

METTL3介导的Dnajb1基因m6A修饰调控心肌梗死过程中心肌细胞铁死亡

发现DNA连接酶1的K845N变异体通过增强对错配底物的区分能力，提高连接酶保真度，从而显著延缓亨廷顿病发病进程，并抑制CAG重复序列的体细胞扩展。

亨廷顿病LIG1修饰变异体提高连接酶保真度并抑制体细胞CAG重复扩展

首次发现AlkB家族脱甲基酶的新亚群，揭示其通过维持6mA修饰位点的精确性来保障表观遗传信息稳定性的分子机制

一种独特的AlkB家族脱甲基酶亚群在纤毛虫中保护真核生物N6-甲基腺嘌呤（6mA）的位置保真度

开发了受体介导的内溶酶体回收嵌合体（RECYC）技术，通过多周期降解免疫检查点动态重塑肿瘤免疫微环境中的抑制性网络，克服现有免疫检查点抑制剂的治疗局限性。

通过多周期检查点降解动态重编程肿瘤免疫网络用于癌症免疫治疗

整合系统发育数据和3D结构，提出RNase P与核糖体协同进化的模型，揭示其共同起源和进化机制。

核糖核酸酶P与核糖体的协同进化

发现Pri微肽通过充当细胞内在计时器，精确调控细胞命运诱导过程的短暂阶段，揭示了微肽在细胞命运决定中的动态调控机制。

Pri微肽作为细胞固有计时器控制细胞命运诱导的短暂阶段

创新性地提出基于AI的条件转移聚类方法，突破传统马尔可夫状态模型的‘状态中心’范式局限，无需预设状态定义即可发现蛋白质折叠过程中的隐藏中间态，为理解折叠动力学提供新视角。

利用基于AI的条件转移聚类揭示蛋白质折叠中的隐藏中间态

首次发现INO80D基因功能丧失与精神分裂症神经发育异常的直接关联，揭示染色质重塑机制在精神分裂症发病中的核心作用，并为该疾病的遗传基础提供新靶点。

染色质重塑基因INO80D功能丧失导致精神分裂症的神经发生特征

首次在原子层面可视化生物分子水合状态，揭示了酸性条件下蛋白质脱溶剂化的机制，解决了半个世纪以来的科学难题。

酸驱动蛋白质脱溶剂化的直接证据

提出脑源性pTau217（BD-pTau217）作为血液生物标志物，具有高灵敏度和特异性，解决了现有pTau217检测方法受其他因素干扰的局限性。

脑源性pTau217与总pTau217在脑淀粉样蛋白和tau病理分类中的直接比较

首次揭示GalNAc-T13通过O-GalNAc糖基化修饰癫痫蛋白6，维持神经突结构和记忆保持的分子机制，为神经退行性疾病治疗提供新靶点。

GalNAc-T13通过癫痫蛋白6的O-GalNAc糖基化维持神经突结构和记忆保持

首次发现D-氨基酸代谢途径参与调控稻米垩白性状，揭示D-氨基酸氨基转移酶通过调节内质网应激响应机制影响稻米品质的分子机制。

D-氨基酸氨基转移酶1通过调节内质网应激反应调控稻米垩白

提出基于定向扩散模型的SpaDDM框架，解决了空间多组学中异质分子模态整合的关键难题，实现了复杂组织环境中分子数据的高效整合分析。

利用定向扩散解析空间多组学中的空间模式和信号

发现酰基辅酶A结合蛋白在糖皮质激素抑制抗肿瘤免疫中的关键作用，并提出通过中和该蛋白增强免疫监视的潜在治疗策略

中和酰基辅酶A结合蛋白可减弱糖皮质激素介导的癌症免疫监视抑制

发现类异戊二烯二磷酸酯可抑制FicD酶的AMPylation和去AMPylation活性，为调控未折叠蛋白反应（UPR）提供新靶点，可能推动相关疾病的治疗策略开发。

类异戊二烯二磷酸酯对FicD介导的AMPylation和去AMPylation的抑制

揭示AlphaFold3预测中存在因训练数据量不足导致的系统性偏差，指出配体结合状态的预测准确性更多取决于训练数据规模而非配体本身的存在。

AlphaFold3在预测配体诱导酶结构域运动中的偏差

首次发现EIF4H和YBX1是戊型肝炎病毒复制和致病的关键宿主因子，为开发针对该病毒的新型抗病毒治疗策略提供了潜在靶点。

EIF4H和YBX1是戊型肝炎病毒复制和致病的必需宿主因子

发现N6-甲基腺嘌呤（6mA）DNA修饰在真核生物病原体（如线虫）中调控毒力基因表达的新机制，揭示了表观遗传修饰在病原体致病性中的关键作用。

N6-甲基腺嘌呤DNA修饰调控线虫中病原体的毒力

揭示PARP7通过维持肺上皮屏障完整性抵御环境应激（如感染、污染物暴露）的新机制，为肺部疾病治疗提供潜在靶点

PARP7保护肺上皮屏障免受多种环境威胁

揭示了PI(4,5)P2通过促进Arl4D自相互作用调控Pak1信号通路的新机制，阐明了膜脂与小GTP酶协同调控细胞迁移的分子基础。

磷脂酰肌醇4,5-二磷酸介导Arl4D自相互作用以促进Pak1信号传导

发现MED14磷酸化修饰通过调控基因组对GLP-1激动剂的响应机制，揭示了cAMP-CREB通路在β细胞功能中的新作用模式，为糖尿病治疗提供潜在靶点。

MED14磷酸化调控GLP-1激动剂的基因组反应

创新性地提出SPERRFY框架，通过多变量分析方法解码全脑连接的空间编码机制，首次将连接组学与空间基因表达梯度进行系统性关联，并引入化学亲和力理论作为建模基础。

一个受化学亲和力理论启发的数据驱动框架，将连接组与空间基因表达梯度联系起来

通过计算方法实现从氨基酸序列预测蛋白质结构，并设计氨基酸序列以折叠成目标蛋白质结构，推动蛋白质工程领域突破性进展。

戴维·贝克、德米斯·哈萨比斯和约翰·詹珀的简介：2024年诺贝尔化学奖得主

首次直接测量单个蛋白质折叠过程所需时间，突破传统间接观测限制

每日简报：实时捕捉蛋白质折叠

通过模拟细菌细胞内几乎所有分子的相互作用，首次在计算机中实现了对生命最基本过程（细菌分裂）的完整重现，揭示了细胞生长和繁殖的分子机制。

‘虚拟细胞’捕捉生命最基本的过程：细菌分裂

通过古代DNA分析和羽毛证据，揭示了Ychsma文化在印加文明兴起前已存在跨安第斯山脉的鹦鹉贸易网络，表明亚马逊与安第斯地区存在早期跨区域生物交流。

活鹦鹉在印加人崛起之前被携带穿越安第斯山脉

提出通过基因改造的突变昆虫可检测毒品或爆炸物，探索昆虫嗅觉机制在安全检测领域的应用潜力。

苍蝇能否嗅出违禁化学品？

发现植物在感染后形成环状免疫蛋白复合物，揭示了细胞膜上蛋白聚集体与防御响应及细胞死亡的关联机制。

植物防御中的环状联盟

开发了能够模拟细菌细胞内DNA复制、细胞分裂等核心生物过程的虚拟细胞仿真系统，实现了对真实细胞化学反应的高精度数字化重建。

每日简报：‘虚拟细胞’模拟真实细胞中的几乎所有化学反应

研究揭示了克隆鱼类亚马逊茉莉鱼通过基因转换机制维持遗传多样性，避免功能突变衰减，从而增强自然选择的创新机制。

基因转换助力克隆鱼类物种的自然选择

通过实时监测治疗过程中循环肿瘤DNA（ctDNA）的清除动态，为鼻咽癌患者提供个体化治疗方案调整依据，实现风险自适应的精准治疗

动态循环肿瘤DNA指导的风险自适应治疗在鼻咽癌中的应用

创新性提出INSTALL方法，通过免疫隐形核酸与重组酶协同作用，无需病毒载体即可实现千碱基级DNA精准整合，突破传统基因编辑技术的免疫排斥和片段长度限制。

免疫逃逸DNA供体与重组酶实现千碱基尺度的基因组编辑

通过时间分辨冷冻电镜技术首次捕捉到G蛋白激活过程中的瞬时复合物，揭示了维持激活中间体稳定的结构模体，阐明了G蛋白亚型广泛作用的动态机制。

NTSR1 G蛋白亚型广泛作用动态基础的瞬间图像

设计了一种IL-2与线虫来源TGFβ模拟物的融合蛋白，可同时激活IL-2和TGFβ信号通路，有效诱导外周淋巴器官中稳定的抗原特异性调节性T细胞，为免疫耐受诱导提供了新策略。

通过白细胞介素-2-TGFβ替代激动剂简便诱导免疫耐受

揭示了马尔堡病毒糖蛋白与NPC1受体结合的独特构象和更高亲和力，以及融合相关的关键构象变化，阐明了其相较于埃博拉病毒更高效的病毒进入机制

马尔堡病毒糖蛋白及其与NPC1受体复合物的结构

发现幕上室管膜瘤存在两种与早期大脑发育相关的祖细胞样状态（神经上皮样和胚胎样），揭示了肿瘤异质性与神经发育分化路径的关联

幕上室管膜瘤异质性的多维分析

首次通过临床监测实时追踪噬菌体与病原体的共同进化过程，揭示了抗噬菌体基因元件PLE11与病原体ICP1的分子博弈机制，阐明了自然选择驱动的逃逸进化路径。

通过临床监测捕捉动态噬菌体-病原体共同进化

聚焦过去五年关于土豆、咖啡和蛋白质的营养研究进展，揭示食物加工方式（烘烤vs油炸）对健康的影响机制

烘烤胜于油炸：营养研究五大亮点

通过基因组数据分析发现鲨鱼可能不是一个自然的生物类群，多数鲨鱼物种与鳐鱼的亲缘关系比传统认知中更近，彻底重构了海洋掠食性鱼类的进化关系。

鲨鱼可能并不存在？基因组研究颠覆海洋掠食者的家族树

开发基于CRISPR的系统实现细胞信号活动的DNA编辑记录，通过成像技术重建单细胞信号强度，首次揭示BMP通路存在长期记忆特征。

单细胞信号记忆的遗传记录与原位读取

通过深度氧化还原蛋白质组学研究，发现了SHP1上可药物调控的氧化还原调节半胱氨酸，为治疗炎症相关疾病提供了新的靶点。

SHP1上的可药物调控的氧化还原开关控制巨噬细胞炎症

创新点在于整合跨学科研究将RNA生物学与药物发现结合，通过系统性基础研究加速RNA创新，推动全球向基于RNA的精准治疗范式转变。

通过基础RNA研究推动药物创新——中国的实践

创新性提出仅依赖质谱数据的抗体从头测序方法，可直接从单一样本或混合样本中重建全长抗体序列，无需基因组信息，显著提升抗体研究和药物开发的效率。

XA-Novo：基于质谱的高通量单克隆抗体及抗体混合物从头测序技术

开发基于上转换纳米粒子的免疫器件，利用近红外光实现空间选择性激活抗肿瘤免疫，提高肿瘤治疗的精准性和可控性。

撤稿说明：基于上转换纳米粒子的免疫器件通过近红外光介导的空间选择性激活抗肿瘤免疫

创新性地将无标签纳米流体散射显微镜与AI视觉变换器结合，实现了单分子水平上低至6kDa（1.5nm）生物分子（如胰岛素）的精准质量与尺寸测量，突破了传统技术的检测极限。

无标签纳米流体散射显微镜结合分层视觉变换器对低千道尔顿生物分子的质量和尺寸表征

创新性地利用衰老细胞的脂质代谢特征，通过代谢重编程将多余脂质转化为功能性资源，改善关节功能并缓解骨关节炎，无需直接清除衰老细胞。

回收衰老细胞脂质用于靶向性衰老治疗

发现COP1-ADA2b模块通过光信号调控DNA修复机制，揭示光受体与COP1在动态光环境中平衡基因组稳定性与植物生长的分子机制

COP1-ADA2b模块介导光调控拟南芥DNA双链断裂修复

通过纳米孔筛选技术发现小分子诱导WDR5寡聚化，破坏癌细胞关键相互作用，提供新型抗肿瘤治疗思路

催化邻近蛋白寡聚化：靶向WDR5的抗肿瘤策略

开发了通过核糖核蛋白突变扫描技术鉴定的工程化TnpB限制性内切酶，显著提升了在植物和人类细胞中的基因组编辑效率

通过核糖核蛋白突变扫描鉴定的工程化TnpB基因组编辑工具用于植物和人类细胞

创新性地将质谱技术与可穿戴传感器技术结合，通过互补性整合推动无创健康监测技术的协同进化。

生物分子分析用于无创健康监测

首次通过全基因组分析结合长读长测序技术，发现GOLGA8A基因的重复扩增是导致非典型额颞叶退化伴泛素阳性包涵体的关键遗传因素，为相关神经退行性疾病的分子机制和治疗靶点提供了新线索。

GOLGA8A中的重复扩增是非典型额颞叶退化伴泛素阳性包涵体的主要风险因素

ANNEVO通过深度学习方法建模序列进化和长距离依赖关系，并采用专家混合架构（MoE），显著提升了进化多样化基因组的从头基因注释准确性和可扩展性。

使用ANNEVO实现高精度从头基因注释

创新性地结合RNA条形码策略与突触体分离技术，首次实现单突触分辨率的神经元连接组与转录组信息的高通量同步获取，突破传统方法在空间分辨率和通量的局限性。

Connectome-seq：通过条形码测序实现单突触分辨率的高通量神经元连接映射

回顾了自2024年以来空间蛋白质组学领域的重要进展，可能涵盖技术改进和应用扩展

空间蛋白质组学的最新进展

开发基于合成生物学的肠道微生物传感器，通过基因编辑技术实现对肠道内特定分子的实时监测与响应，为疾病诊断和治疗提供新工具。

工程化肠道生物传感器

开发新型磁荧光蛋白并建立将其导入细胞的生物技术方法，可能用于细胞成像或磁响应型生物传感器开发

将磁荧光蛋白带入细胞

提出基于氨基酸序列的计算方法预测蛋白质液-液相分离和淀粉样聚集倾向，揭示蛋白质序列特征与相行为之间的关系

FuzDrop：基于序列预测蛋白质发生液-液相分离和聚集倾向的方法

首次发现酵母PFKβ亚基（Pfk2p）具有方向性RNA解旋活性，通过结合特定RNA序列动态调控核糖体功能和细胞周期基因翻译，揭示了糖酵解酶与细胞周期调控的新型能量代谢联系。

酵母磷酸果糖激酶β亚基具有RNA解旋活性并调控细胞周期进程

首次揭示DDX41解旋酶通过分解R环促进同源重组修复的分子机制，发现R525H突变导致R环清除功能缺陷，阐明DDX41在DNA损伤应答中的新作用机制

与MDS/AML相关的DDX41解旋酶通过潜在的R环分解促进同源重组修复

开发了一种结合tRNA过表达与DNA杂交纯化的新方法，可高效获得保留天然转录后修饰的tRNA；首次揭示了关键扩展遗传密码tRNA的完整修饰图谱；证明体内生成的tRNA在无细胞系统中显著优于体外生成的tRNA；扩展方法至合成tRNA的纯化，解决了RNA生化领域长期存在的修饰保留难题。

用于增强无细胞翻译系统的转录后修饰tRNA的纯化

创新性提出将毒素-抗毒素系统与CRISPR-Cas结合的自杀开关（ATTACH），通过CreTA模块实现微生物对Cas效应蛋白的依赖性，采用可诱导启动子调控Cas3和向导RNA，开发出单质粒、抗生素独立的生物 containment 装置，在肠道环境和发酵过程中均表现出优异的稳定性和安全性。

将毒力因子-抗毒素与CRISPR-Cas结合以控制（ATTACH）工程化微生物

提出AlphaFind v2工具，通过结合蛋白嵌入预筛选和US-align优化，实现大规模结构数据库的高效搜索；支持全蛋白链搜索、pLDDT稳定性过滤、TED结构域搜索及多结构域组合搜索等多种模式，提升结构比对的生物学相关性与实用性。

AlphaFind v2：跨结构背景的AlphaFold数据库和TED结构域相似性搜索

创新性提出IFACE框架，通过概率耦合内在几何与化学场实现蛋白质表面对应，构建整合结构与理化差异的联合距离指标，有效区分构象可变性与结构分歧，并揭示跨蛋白质功能相关相互作用位点。

蛋白质表面的联合几何-化学距离

创新性地建立了具有激素响应特性的牛输卵管类器官，成功模拟了体内输卵管的分泌功能；通过多组学分析揭示了不同激素条件下转录组和蛋白质组的动态变化；证实类器官分泌物可增强精子获能，为研究生殖过程及辅助生殖技术提供新平台。

激素响应性牛输卵管类器官重现天然输卵管分泌物并增强精子获能

创新性地整合三个独立基因组数据集与近似贝叶斯计算模型，揭示了黑腿蜱在北美北部的多群体独立演化历史，发现其当前生态扩张源于不同古群体的遗传祖先而非单一来源，为媒介传播疾病管理提供新视角。

重建美国北部黑腿蜱（Ixodes scapularis）的人口历史

创新性揭示了GABAA受体中脯氨酸在M2-M3连接区的双重调控作用：1) 在α1亚基引入脯氨酸可增强GABA敏感性和自发通道活性；2) 在β2亚基替换脯氨酸可调节通道激活效率；3) 首次阐明不同亚基中脯氨酸对通道门控的差异化影响机制。

在α1β2γ2 GABAA受体的α1亚基M2-M3连接区引入脯氨酸可解除通道激活的分子刹车

首次揭示TSC2的核内转录调控功能，发现其作为miR-514b-3p的转录因子通过NLS依赖机制调控MIR514B启动子活性，建立TSC2-miR-514b-3p-TSPAN9调控轴，并阐明该轴与PI3K-AKT-MTOR通路的串扰机制，同时发现AKT通过调控TSC2核定位影响该轴的上游调控。

TSC2作为miR-514b-3p的转录因子并通过细胞核调节PI3K-AKT-MTOR通路

创新性地发现胰腺癌细胞中KRAS突变体的分子影响主要由基线细胞状态决定而非突变类型，通过整合转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析建立了KRAS信号的多组学资源，揭示了不同KRAS突变体在胰腺癌中的共性分子特征。

基线细胞状态决定KRAS突变体在胰腺癌细胞中的分子影响

首次系统揭示冬眠大脑皮层各阶段特异性的转录调控网络，发现冬眠进展期（TE→TL）和觉醒过渡期（TL→AE）存在显著的基因表达重编程，阐明代谢抑制与快速恢复的分子机制，为神经适应性研究提供新模型

FuzDrop：基于序列预测蛋白质发生液-液相分离和聚集倾向的方法

靶向脂质纳米颗粒的制备用于精准核酸递送

一种可扩展、低成本的样本哈希流程用于多组学单细胞分析：Seq-Well S³平台的应用

使用CRISPR–Cas9在造礁珊瑚中进行高效的基因组编辑

珊瑚功能基因组学的新纪元

单细胞超高通量多重染色质可及性与基因表达测序（SUM-seq）

三维DNA显微术用于三维空间转录组映射

使用ENGRAM进行多通道基因组生物信息记录

高通量鉴定内源性生物分子凝聚体和相分离蛋白

基于CRISPRi的植物合成基因电路的设计与测试