创新性地采用系统级方法解析O-GlcNAc转移酶的底物及其相互作用蛋白网络，揭示O-GlcNA糖基化修饰与细胞信号网络的协调调控机制，为理解复杂细胞过程提供新视角。

破解O-GlcNA糖基化网络的密码

首次通过氢/氘交换质谱与溶液核磁共振联用技术，揭示了Bpa的组装动态及其与底物的相互作用机制，填补了该蛋白结构异质性研究的空白。

细菌蛋白酶体激活剂Bpa的结构异质性及底物结合机制

创新性提出半舱FRAP实验方法用于螺旋细菌蛋白质扩散研究，建立扩散系数与荧光恢复时间的定量关系模型，并首次在螺旋菌中实现mNeonGreen荧光蛋白扩散系数的定量测量。

实验与模拟FRAP用于螺旋细胞中蛋白质扩散的定量测定

首次揭示TcmN通过配体门控呼吸机制调节腔体体积和形状，平衡催化效率与防止聚集；结合多种技术（NMR、分子动力学模拟等）系统解析配体互作如何调控构象平衡，为聚酮类生物合成工程提供分子机制指导。

构象变化在TcmN芳香酶/环化酶聚酮类生物合成中的作用

创新点包括：1）提出自监督预训练框架，结合高斯混合模型表示单分子点云；2）两阶段优化策略与动态模板更新提升鲁棒性；3）引入聚类误差度量评估融合质量；4）在稀疏标记、大角度旋转等挑战条件下实现纳米级（~1.6nm）分辨率，较现有方法加速100倍以上。

DeepSRFusion：一种用于超分辨率粒子融合的点云深度学习框架

通过全原子分子动力学模拟、量子化学计算和自旋弛豫理论，首次系统阐明了工程化蛋白中结构-功能关系对量子传感性能的影响机制，发现表面区域局部重排而非整体结构破坏是增强灵敏度的关键，并建立基于能量间隙和几何构型的传感器设计规则。

揭示工程化蛋白中增强量子传感的特性

创新性整合转录组与空间蛋白成像技术揭示急性肾损伤早期分子机制，发现尿调节素通过空间区隔免疫细胞、抑制Nlrc4依赖的替代性炎性小体通路，调控肾小管-免疫细胞通讯，为急性肾损伤治疗提供新靶点。

尿调节素促进免疫区隔并抑制替代性炎性小体介导的免疫至集合管炎症信号激活在早期急性肾损伤中的作用

创新性地将AI工具（如Gemini 2.5 Pro）应用于合成核酸客户验证流程，实现与人工审核相当的准确率（90% vs 89%），且成本降低至1/10（$1.18 vs $14.04），信息收集任务成本更是低至$0.23/客户，为生物安全筛查提供高效低成本解决方案。

评估AI辅助客户验证在合成核酸筛查中的应用

创新性构建酵母衰老单细胞分析平台，首次实现跨物种蛋白质组空间重编程的定量解析，揭示蛋白质结构特征与衰老进程的生物物理关联规律。

衰老的时空蛋白质组景观：年龄敏感蛋白质组重构的结构决定因素

发现Campylobacter通过与Enterococcus spp.的共存获得抗生素耐药性优势，Enterococcus的MDR表型可通过双物种互作保护Campylobacter免受多种抗生素作用，为抗生素治疗提供了新的研究视角。

双物种相互作用保护弯曲杆菌免受多种抗生素影响

创新性地采用CITE-Seq技术同步解析单细胞转录组与表面蛋白特征，首次发现RPESC-RPE与PSC-RPE在成熟视网膜功能相关基因、干细胞发育基因及免疫调节相关表面蛋白（CD24/CD57）表达上的显著差异，为RPE细胞替代治疗提供关键分子分型依据。

单细胞转录组学和表面蛋白表达揭示人RPESC-RPE和PSC-RPE中不同的细胞和分子表型

创新性提出整合GWAS与cWAS的统一分析框架，开发深度加权拟二项式模型解析免疫细胞比例遗传调控机制，首次通过PRS推断遗传调控比例并揭示其与复杂疾病（如1型糖尿病、克罗恩病）的关联。

识别免疫细胞类型比例的遗传调控及其对自身免疫疾病的影响

创新点包括：1) 通过LLM选择预验证工具模式而非生成自由代码，确保分析可重复性；2) 基于Model Context Protocol整合60+方法跨越Python/R生态；3) 实现跨平台验证与多步骤分析的确定性复现；4) 支持跨方法框架的探索性分析验证。

ChatSpatial：基于模式约束的智能代理编排，实现可重复和跨平台的空间转录组学

首次发现脑干外侧旁核中神经紧张素阳性神经元在结肠炎中被特异性激活，揭示其通过编码肠道伤害性信号调节结肠敏感性和胃肠功能的新机制，并证实神经紧张素信号通路是治疗结肠炎相关内脏痛的潜在靶点。

结肠炎诱发的内脏痛募集中枢神经紧张素神经元调节结肠敏感性

揭示了FFA2和FFA3受体通过非经典信号通路调控GLP-1分泌的机制差异：FFA2激活抑制分泌且不依赖Gq/Gi信号，而FFA3激活促进分泌且不依赖cAMP；发现SCFA和酮体通过不同受体-配体组合产生相反的代谢效应。

短链脂肪酸受体在释放GLP-1的肠内分泌细胞中的非经典信号机制

首次系统验证非神经元组织中Tau蛋白的广泛表达，发现Tau在唾液腺、肾脏、骨骼肌、心脏、胰腺和食道等组织中存在，并揭示其异常表达可能与非脑部疾病相关

人类和小鼠非神经元Tau的表达

创新性开发适用于FFPE组织的单核RNA测序技术，首次揭示VUE中滋养层异常MHC I类分子表达、免疫细胞浸润模式及JAK-STAT信号通路异常，阐明母胎免疫耐受破坏的细胞机制。

配对福尔马林固定石蜡包埋胎盘的单细胞分析揭示病因不明的慢性绒毛炎中滋养层重编程和免疫失调

创新性地揭示Septin复合物通过调节微管稳定状态维持突触结构的新机制，首次在果蝇神经肌肉接头系统中解析Sep2/Sep5的分子功能，发现Septin缺失导致tau和ringmaker等关键基因表达变化，为神经元细胞骨架调控提供了新的结构组织视角。

Septin复合物调控神经肌肉接头处的微管组织和突触功能

创新点包括：1）利用β-半乳糖苷酶产物的远红荧光特性实现自动化定量；2）开发标准化工作流程和软件应用，提升检测灵敏度和可重复性；3）拓展至组织切片检测，增强方法适用性。

FAβ-gal：一种基于荧光的衰老相关β-半乳糖苷酶X-gal测定自动化定量方法

首次在C. elegans中发现SAS-1与SSNA-1形成的动态中心粒卫星具有脊椎动物类似特征，揭示其依赖微管骨架、呈现剂量依赖性及生物分子冷凝物特性，并证明其进化保守性。

SAS-1和SSNA-1在C. elegans中形成动态的中心粒卫星

首次揭示二甲双胍通过AMPK-SIRT1-PGC-1轴恢复血管平滑肌细胞线粒体稳态抑制腹主动脉瘤进展的机制，明确PGC-1在该过程中的非冗余保护作用，为药物再利用和靶向PGC-1治疗提供理论基础。

二甲双胍通过AMPK-SIRT1-PGC-1α轴恢复血管平滑肌细胞线粒体稳态稳定腹主动脉瘤

发现ZMPSTE24通过催化失活突变体ZMPSTE24-E336A可捕获并稳定IFITM3的异常拓扑异构体（C端胞质化），揭示ZMPSTE24在膜蛋白拓扑质量控制中的新功能，即可能参与纠正或清除异常IFITM3分子。

锌金属蛋白酶ZMPSTE24结合尾锚定蛋白IFITM3的独特拓扑异构体

创新性地开发了基于PROTACs的并行筛选策略，通过有限化合物库（175个）同时探索四种靶标的降解可能性，发现FBXO22自降解机制及CRBN/VHL介导的FBXO22降解剂，显著提升降解剂开发效率。

直接生物学方法实现快速识别高效FBXO22降解剂

首次利用宏转录组数据揭示MaRNAV-1在东南亚、南美和大洋洲的分布；发现该病毒仅与P. vivax共存的宿主特异性；通过系统发育分析推测其可能起源于东南亚。

绘制与恶性疟原虫相关病毒MaRNAV-1的全球分布和传播图谱

首次系统比较了Ultima UG100与Illumina NovaSeqX平台的全基因组测序错误特征，发现UG100在同聚物区段、GC富集区及读长末端存在显著错误率差异，并揭示高置信度区域（UG HCR）排除临床相关变异的潜在影响。

全基因组基准测试揭示Ultima UG100和Illumina NovaSeqX平台的上下文相关错误率

首次发现SOD1乳酰化修饰通过诱导构象变化抑制其酶活性，从而加剧椎间盘退变的分子机制，为IVDD治疗提供了新的潜在靶点。

SOD1乳酰化通过构象变化损害其酶活性以加重椎间盘退变

发现NAT10介导的RNA ac4C修饰是结肠上皮细胞衰老的关键调节因子，揭示NAT10通过N4乙酰化调控DYRK1A促进肠道衰老的分子机制，并提出NAT10作为治疗老年人发病结肠炎的潜在靶点

靶向NAT10通过破坏DYRK1A的N4乙酰化缓解结肠衰老和老年人发病的结肠炎

首次系统表征白色念珠菌静止状态的形态学、分子及生物物理特性，发现静止细胞通过基因表达重塑（核糖体基因下调、自噬通路激活）显著增强对多种抗真菌药物（如两性霉素B）的耐受性，揭示静止状态与药物抗性之间的新机制。

静止状态提高白色念珠菌在杀菌药物暴露下的存活率

首次揭示P2噬菌体与P4卫星病毒防御系统的快速模块化进化机制，发现防御基因在不同噬菌体间高频重组形成新型嵌合系统，且P4与P2虽共存却极少交换防御基因，同时发现隐秘染色体位置存在功能相似的防御系统。

P2噬菌体及其P4卫星病毒抗病毒基因库的快速模块化进化：穿梭、交换与混合

发现PRMT1/Hmt1在氧化应激下通过非催化机制溶解α-突触核蛋白聚集体，促进其通过泛素蛋白酶体系统清除，且催化失活突变体和抑制剂反而增强清除效果，揭示了甲基转移酶在蛋白质质量控制中的非典型功能。

PRMT1/Hmt1通过非催化途径驱动α-突触核蛋白聚集体溶解

创新性地开发了基于AAV的体内高通量筛选平台，可直接在疾病微环境中进行基因编辑操作（敲除/功能获得/miRNA敲低），并建立跨物种、跨器官系统的高通量筛选体系；通过将单细胞转录组数据与人类疾病分子特征库比对，实现了靶点疗效的定量评估，成功在肺纤维化和骨关节炎模型中验证了代谢/抗纤维化/免疫调节靶点。

一种多物种、模态无关的可扩展体内镶嵌筛选平台用于治疗靶点发现

首次揭示B7-H3在急性卒中后神经炎症调控中的双重作用机制，发现其抑制可平衡抗炎与免疫防御功能，为卒中治疗提供新靶点

抑制免疫检查点B7-H3重塑急性神经炎症并在急性缺血性卒中后保护大脑

首次系统揭示市售蜂蜜酒酵母的基因组多样性，发现商业葡萄酒谱系酵母的基因组结构变异及杀伤活性丢失现象；明确历史欧洲和非洲蜂蜜酒酵母与现代商业菌株的遗传差异；量化不同酵母在乙醇耐受性（15-22% v/v）和香气成分（乙酸乙酯、乙基辛酸酯等）上的显著差异，为蜂蜜酒发酵菌种选育提供理论依据。

市售酿酒酵母（用于蜂蜜酒发酵）的比较分析

首次发现转录因子Scleraxis a（scxa）通过缺氧/Hif1a信号轴调控心外膜祖细胞向新型血管支持性Epi-PMCs分化，揭示了scxa-Col18a1a轴在冠脉发育和心脏再生中的关键作用，并鉴定出分子特征明确的Epi-PMCs新细胞亚群。

缺氧激活的Scleraxis a介导心外膜祖细胞分化为一种独特的心脏血管周围细胞类型

创新性揭示了珊瑚在城市化环境中通过维持稳定藻类共生体（Cladocopium和Breviolum）与动态调整细菌群落（如Alteromonas和Synechococcus富集）的双重适应机制，首次系统证明细菌功能代谢重组（如污染降解和营养循环）对珊瑚耐受城市化压力的关键作用。

城市生活：迈阿密城市珊瑚的共生体稳定性及细菌组成和功能可塑性

发现Hopx基因调控星形胶质细胞清除Aβ斑块的功能，敲除Hopx导致清除功能障碍，而过表达Hopx可增强星形胶质细胞吞噬功能并减少神经毒性表型，为AD治疗提供新靶点

Hopx表达标记阿尔茨海默病中清除Aβ的星形胶质细胞

首次通过近单细胞空间转录组学结合细胞分割技术，揭示神经内分泌肿瘤中跨解剖部位共享的10种间质转录状态，发现肌成纤维细胞与补体分泌型成纤维细胞在肿瘤微环境中存在空间分隔现象，并阐明其与胶原密度和肿瘤界面的关联。

神经内分泌肿瘤中肌成纤维细胞和补体分泌型癌相关成纤维细胞的空间组织

发现基因突变体通过全基因组转录水平的适应性变化（包括内吞相关基因上调和免疫基因调控）实现蛋白质吸收能力增强；揭示了适应性演化可通过近交繁殖和自然选择反复发生；阐明了肠道细胞功能与生存率之间的分子机制关联。

全基因组转录变化介导斑马鱼对蛋白质营养不良的渐进性和复发性适应

开发了两种策略克服LNPs肝脏富集问题：1）设计阻断LDLR结合的突变型dApoE；2）利用haPCSK9内化LDLR。结合抗体偶联技术实现向T细胞、脑和肺组织的靶向递送，并成功用于多种组织的mRNA/miRNA递送及CAR-T细胞工程。

通过冠层工程实现可编程脂质纳米颗粒靶向

发现胰腺癌早期小肿瘤即可引发胰腺内外分泌功能障碍，导致全身营养耗竭和肌肉脂肪流失；通过补充葡萄糖/氨基酸或胰酶可恢复肌肉质量；揭示自噬是胰腺癌肌肉消耗的核心机制，且改善营养会促进肿瘤生长。

胰腺癌相关器官功能障碍促进肌肉自噬并导致周围组织消耗

首次揭示南极磷虾大脑中昼夜节律钟的神经结构，发现β-PDH阳性神经元集群与核心时钟基因cry2/per的共定位关系，为理解极地生物适应极端环境的分子机制提供关键神经解剖学基础。

极地关键物种南极磷虾（Euphausia superba）的神经钟网络

发现微胶质细胞缺陷的斑马鱼视网膜在视锥细胞消融后仍能维持视锥细胞再生能力，同时出现新型免疫细胞群体（与微胶质细胞表型不同）的动态变化，提示非微胶质细胞免疫系统可能参与视网膜再生调控。

微胶质细胞缺陷的斑马鱼幼鱼视网膜视锥细胞消融引发再生反应及代偿性免疫细胞反应

首次发现LRRK2 G2019S突变通过ROS依赖的PARP1过度激活通路导致核DNA损伤修复缺陷，揭示了PARP1抑制剂与LRRK2突变细胞的合成致死效应，为PD治疗提供新靶点。

与帕金森病相关的LRRK2 G2019S驱动氧化性核DNA损伤和PARP1过度活跃信号通路

创新性整合CRISPR Cas13a与机器学习算法开发快速检测技术，实现单反应等温扩增与便携式荧光检测平台集成，同时验证冻干试剂在无冷链环境下的可行性。

基于Cas13a的penA基因分型用于脑膜炎奈瑟菌西司他丁耐药性检测

创新性提出AHARibo方法揭示衰老细胞翻译组动态变化，发现早期衰老阶段存在显著的翻译解耦现象，鉴定ZFP36家族蛋白调控炎症因子翻译的新机制，并首次发现年轻LINE-1逆转座子在衰老过程中的阶段特异性翻译活性。

通过核糖体分析揭示衰老细胞的翻译组

发现Murr1基因产物在静止CD4+淋巴细胞中具有抑制HIV-1复制的功能，为理解宿主抗病毒机制提供了新视角。

关注性编辑评论：Murr1基因产物限制静止CD4+淋巴细胞中HIV-1的复制

通过破坏色氨酸酶基因使大肠杆菌从寄生转变为共生，发现该基因缺失可减少毒性吲哚积累并促进色氨酸积累，揭示了基因功能调控昆虫-细菌共生关系的新机制。

色氨酸酶基因破坏促进昆虫-细菌共生

提出硫化学生物学框架，建立半胱氨酸巯基反应性与氧化形式动力学的关联，实现蛋白质组范围的氧化还原状态映射与动态监测，揭示半胱氨酸氧化具有可编程调控的密码特性。

通过硫化学生物学定义和精炼半胱氨酸氧化还原组

开发了一种新型杂交膜细胞外囊泡，可靶向递送至巨噬细胞调节线粒体ROS水平，为糖尿病伤口愈合提供了创新治疗策略。

杂交巨噬细胞-线粒体细胞外囊泡用于糖尿病伤口中的线粒体ROS调节

创新点包括：1. 使用冷冻电镜技术解析UBA6与E2相互作用的结构基础；2. 发现肌醇六磷酸结合位点在调控E1-E2特异性中的关键作用；3. 揭示UBA6同时催化泛素和FAT10硫酯转移的分子机制。

冷冻电镜揭示UBA6的结构，阐明E1-E2特异性及双重FAT10/泛素硫酯转移机制

首次在原子水平揭示抗体介导B-Z DNA转变的结构机制，发现cZ22-Fab通过磷酸钳夹和碱基相互作用稳定Z-DNA，明确重链残基R50和Y106的结合关键性，并观察到5′-端C悬垂的Z-DNA二聚体结构。

抗Z-DNA抗体介导的B型到Z型DNA转变的结构基础

首次解析Type I-F2系统Cascade-Cas3复合物的冷冻电镜结构，揭示Cas5独立完成PAM识别、Cas7直接招募Cas3的新型机制，阐明无Cas8/Cas11亚基情况下通过Cas3构象变化实现DNA解旋降解的分子基础，为超紧凑型CRISPR系统工程化改造提供结构依据。

Type I-F2 CRISPR–Cas系统中不依赖Cas8的Cas3招募的结构基础

1. 揭示U2AF2的RS结构域通过调控蛋白质相互作用和核定位影响可变剪接；2. 发现U2AF2的局部浓度限制导致核斑点邻近区域剪接异常；3. 通过邻近标记技术扩展了U2AF2的功能网络，包括染色质修饰和RNA甲基化相关蛋白；4. 首次明确U2AF2的磷酸化位点对剪接调控的必要性。

U2AF2通过RS结构域依赖的方式调控核斑点邻近区域的可变剪接

首次发现FOXN3通过稳定KU70/KU80/SREBP-1复合物调控脂质代谢相关基因转录，揭示FOXN3磷酸化修饰通过破坏复合物稳定性抑制NAFLD进展的分子机制，并发现临床样本中FOXN3磷酸化水平与脂质基因启动子富集程度的负相关性。

FOXN3通过整合KU70/KU80/SREBP-1复合物调节非酒精性脂肪肝病的脂质代谢

首次在阿尔茨海默病小鼠模型中发现视网膜与脑部共享的早期蛋白质组学特征，揭示线粒体代谢与细胞运输通路的共性失调，同时发现视网膜特异性视觉蛋白下调及SUCB2酶减少可能通过表观遗传调控机制参与疾病早期转录重编程。

阿尔茨海默病三转基因小鼠视网膜和脑部早期蛋白质组学特征

通过冷冻电镜和X射线晶体学解析了两种crustacyanin蛋白的高分辨率结构（2.75Å），发现HPR蛋白通过与β-crustacyanin形成异二聚体调控甲壳蓝色形成，体外实验验证了HPR肽与β-crustacyanin复合物的蓝色生成机制，揭示了astaxanthin在不同蛋白复合物中产生蓝移的结构基础。

HPR蛋白介导龙虾甲壳蓝色颜色的结构基础

创新性提出一体化CRISPR/Cas9多重编辑技术，实现CD30CAR在TRAC位点的精确敲入及PD-1/β2M的同时敲除；发现高亲和力5F11-scFv与tCD34 spacer组合可显著提升CAR表达效率（50-80%）；揭示PD-1KO增强杀伤功能但β2MKO联合PD-1KO会导致染色体易位风险，为下一代CAR-T细胞优化提供关键数据

下一代一体化CRISPR/Cas9多重编辑CD30CAR-T细胞：尽管存在染色体易位风险仍具效力

创新性地将生成式AI工具（ChatGPT）与结构化阅读策略结合，开发实时澄清专业术语的交互式阅读指南，并通过教学实践验证其在提升学生文献理解能力和课堂讨论质量方面的效果，同时揭示AI工具在教育场景中的接受度与潜在问题。

在本科生期刊俱乐部作业中整合生成式AI辅助阅读指南的益处与挑战

创新性地整合mRNA和tRNA测序数据，量化分析密码子使用与tRNA丰度的关系，发现低供应密码子在翻译起始位点的耗竭现象，并揭示密码子偏好与翻译起始位点距离的非随机关联，为蛋白质丰度调控提供了新视角。

人类转移RNA需求与供应的变化

首次鉴定出细菌中负责生成8(14)-甾醇不饱和键的关键酶8,14-Bsr，揭示其催化机制及进化关系，填补了细菌甾醇生物合成领域的重要空白。

一种负责细菌甾醇生成和降解中不寻常8(14)-不饱和键的甾醇还原酶

通过结构引导诱变和CRISPR基因编辑技术，首次直接验证了Brat蛋白的RNA结合活性对其生物学功能的必要性，发现其通过转录后调控靶mRNA实现胚胎发育和神经干细胞分化的关键作用。

RNA结合是果蝇蛋白Brat的基本生物学功能

1. 发现支气管上皮细胞抗真菌活性涉及两条互补通路：PI3K/laminin-332轴和FleA依赖的ITGB1/MRC2通路；2. 首次揭示FleA与宿主受体的相互作用机制；3. 提出针对FleA-宿主受体相互作用的抗粘附治疗策略。

整合素β1和甘露糖受体2通过烟曲霉菌凝集素FleA相互作用参与支气管上皮细胞的抗真菌活性

1. 揭示骨骼组织组成差异调控破骨细胞介导的骨骼吸收机制；2. 发现钙化区域截肢特异性激活RANKL和Loc138491483/Ccl24-like基因表达；3. 证明趋化因子Loc138491483/Ccl24-like可诱导非吸收区域破骨细胞聚集；4. 首次发现顶端外胚层帽转录组谱随损伤组织类型动态调整。

组织组成在墨西哥钝口螈肢体再生过程中塑造差异化的骨骼整合策略

创新点包括：1) 开发PG-NUMT方法使NUMT检测灵敏度提升2.52倍；2) 首次解析7个超长串联NUMT（最大127.7kbp）；3) 构建包含774个固定NUMT的高分辨率图谱；4) 揭示NUMT甲基化特征与基因组定位规律；5) 发现NUMT与基因表达/剪接的调控关联；6) 识别灵长类NUMT插入速率差异及新型VNTRs。

基于长读长的人类泛基因组计划以全面解析核嵌入线粒体DNA

首次揭示胚胎期VPA暴露导致PVH小胶质细胞转录异常，发现空间转录组学可解析微胶质亚型分布变化，并证实催产素神经元与小胶质细胞存在双向调控机制，为社交障碍的神经免疫机制提供新视角。

社交功能障碍和催产素介导恢复小鼠模型中小胶质细胞的转录组景观

创新性整合多组学数据（人和小鼠的突触转录组/蛋白质组）与遗传分析方法，发现RBFOX1/2/3等RNA结合蛋白通过调控局部突触mRNA的运输、剪接和翻译，成为精神分裂症遗传风险的关键调控节点，建立了遗传变异与突触功能障碍之间的新机制联系。

RNA结合蛋白的转录后调控将局部突触翻译与精神分裂症遗传风险联系起来

首次通过整合外周血与脑组织转录组数据，揭示自杀行为在不同组织中的特异性分子特征与功能通路收敛性，发现外周血以免疫炎症为主导而脑组织以突触可塑性和氧化应激为核心，为自杀的生物学机制提供多尺度分子图谱

解析自杀行为中组织特异性分子特征和汇聚通路富集

首次发现外侧下丘脑通过靶向GABA能背侧被盖核神经元形成去抑制性微回路，揭示了调控行为激活的神经机制；通过单核RNA测序解析不同DRN群体的分子特征，阐明了下丘脑-被盖核环路将神经驱动转化为血清素能激活的转化机制。

外侧下丘脑输入通过背侧被盖核中的去抑制性微回路促进行为激活

首次发现突触后蛋白与核糖体存在直接的mRNA非依赖性相互作用，揭示PSD蛋白通过定位核糖体到突触后膜实现突触活动与局部蛋白质合成的耦合机制，并发现AMPA受体相关核糖体优先翻译突触后密度和细胞骨架动态相关mRNA的新型调控模式。

核糖体与突触后蛋白的直接相互作用产生特权局部突触翻译体

首次发现神经发育障碍（NDD）和精神分裂症（SCZ）相关基因与线粒体蛋白存在显著富集关联，揭示两个高风险拷贝数变异（3q29Del和22q11Del）通过干扰线粒体翻译机制导致相似的蛋白质组学改变，并证明线粒体翻译障碍是NDD的核心分子机制。

神经发育障碍相关变异在线粒体中的协同效应

创新性整合循环免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示缺氧微环境中巨噬细胞与小胶质细胞的代谢适应差异：MDM通过碳酸酐酶介导的pH缓冲机制存活并转向免疫抑制状态，而小胶质细胞则因缺乏补偿机制导致功能失衡，阐明代谢适应是塑造GBM免疫架构的关键因素。

缺氧及相关的酸中毒在胶质母细胞瘤中引发细胞类型特异性的髓系反应

首次构建酵母复制衰老的全蛋白质组单细胞亚细胞图谱，发现衰老标志物间存在空间重塑的分子联系；揭示核仁核糖体生物生成紊乱、蛋白质稳态下降和线粒体功能障碍先于其他衰老标志物出现；发现91.6%的人类同源蛋白在人类衰老中发生类似变化。

单细胞空间蛋白质组学揭示衰老标志物之间的分子相互关联

1. 首次整合全长单核转录组学与稳定同位素钳夹技术，构建骨骼肌胰岛素抵抗的核解析转录组图谱；2. 发现MYH7B+肌核与EGF+肌核在胰岛素敏感性中的代谢差异；3. 识别ZIP14作为胰岛素刺激葡萄糖摄取的正向调控因子；4. 揭示EGF信号在支链氨基酸代谢和炎症互作中的作用机制。

人类骨骼肌胰岛素抵抗的全长单核转录组图谱

揭示SET作为MLL/KMT2A功能的必要因子，通过调控转录延伸和组蛋白乙酰化参与白血病发生；发现SET通过抑制PP2A活性保护Msk1磷酸化状态，维持MLL/KMT2A驱动的促增殖基因表达程序。

核癌蛋白SET对于MLL/KMT2A结合和转录延伸是必要的

通过基因组分析发现，尼安德特女性与现代人类男性之间的杂交比例显著低于尼安德特男性与现代人类女性的杂交比例，这一发现挑战了此前关于古人类杂交对称性的假设。

尼安德特父亲，智人母亲：研究揭示古代繁衍模式

创新性使用长读长测序技术揭示L1逆转座在肿瘤中的结构影响和动态，发现同时发生的逆转座事件可导致染色体相互易位，突破了短读长测序的技术局限。

同时发生的L1逆转座事件促进人类肿瘤发生中的相互易位

开发具有类似天然酶催化功能的合成分子，可能涉及新型催化剂设计或生物模拟技术的突破。

模仿酶

创新性地通过全基因组关联分析发现200个心脏MRI表型相关位点，首次建立多基因评分与心力衰竭风险的量化关联，识别出包括PDE3A在内的新型治疗靶点。

心脏室间隔表型的全基因组分析揭示了心力衰竭的新位点和治疗靶点

通过基因编辑敲除NR2F6基因，显著增强CAR-T细胞在实体瘤中的抗肿瘤活性，同时诱导具有抗原非特异性的持久性免疫记忆，克服了传统CAR-T细胞因抗原异质性和肿瘤微环境导致的功能耗竭问题。

NR2F6缺失恢复CAR-T细胞功能并诱导实体瘤中的抗原非特异性免疫记忆

提出SynCodonLM模型，通过同义密码子约束掩码机制分离密码子层级与蛋白质层级语义，基于核酸特性聚类密码子，显著提升DNA特征相关基准测试表现，推动合成生物学中的序列设计与生物过程研究。

通过同义密码子约束掩码推进密码子语言模型

开发了空间集中ABE（cABE）策略，通过SunTag系统实现TadA*在基因组靶点的局部富集，结合eNme2-C Cas9生成AAV兼容的cABE-2.0，其形成的液-液相分离核斑点显著提升编辑效率并降低脱靶效应，成功修复PLP1突变并恢复髓鞘化功能。

空间集中腺嘌呤碱基编辑器有效纠正少突胶质细胞中的PLP1突变

发现SSB与Argonaute的相互作用机制，揭示其通过调控DNA损伤修复和细胞分裂检查点引发细菌丝状化的新型生理功能，为合成生物学提供潜在工具。

SSB介导的Argonaute活性增强触发细菌SOS丝状化

发现hnRNPA2B1通过识别cccDNA的G-四链体结构招募APOBEC3B诱导DNA突变和降解，揭示HBV通过HBx蛋白介导hnRNPA2B1泛素化逃逸该机制的新病毒-宿主互作模式

hnRNPA2B1通过招募APOBEC3B诱导HBV cccDNA降解

首次揭示次要剪接体在哺乳动物生精过程中的关键调控作用，发现MIGs基因在脊索动物中的保守性及谱系特异性变化，通过基因敲除和RNA测序技术明确次要剪接体缺陷导致的染色体联会异常、端粒形态改变及精子生成障碍等多层级缺陷

通过敲除U11 snRNA基因抑制次要剪接体导致小鼠生精过程中的多种缺陷

创新性提出结合高通量体内筛选与深度贝叶斯优化的机器学习框架，通过集成神经网络代理模型实现混合核糖开关的NAND逻辑功能优化，达到接近数字逻辑的性能表现。

基于深度批量贝叶斯优化的NAND混合核糖开关的迭代设计

创新性开发了基于微孔板的竞争性免疫分析平台，通过聚乙二醇分离技术有效区分sedDNAs与大分子DNA污染，结合固相UV照射寡核苷酸和损伤特异性抗体，实现对(6-4)PP和CPD修复产物的高灵敏度检测（较传统方法分别提升22倍和7倍）。

用于定量紫外线照射细胞中核苷酸切除修复寡核苷酸产物的竞争性免疫分析平台开发

揭示NPM1 C端DNA结合域的多点磷酸化通过改变电荷分布和结构动态，调控其DNA结合能力及相分离特性，为NPM1突变导致AML的分子机制提供新解释。

AML相关核磷蛋白NPM1 C端的多点磷酸化调控蛋白稳定性、DNA结合及电荷阻塞驱动的相分离

开发了首个双引导RNA系统（dcrRNA和dtracrRNA）用于Cas13，通过协同识别靶标显著提升特异性并降低脱靶活性，成功应用于SARS-CoV-2检测、KRAS突变区分及利什曼病序列鉴别。

一种新型双导向CRISPR–Cas13策略提高单核苷酸变异检测特异性

创新性开发了不稳定双顺反子荧光蛋白报告系统(dBFPR)提升APA检测灵敏度，并整合CRISPR/Cas9与流式细胞术建立高通量筛选平台，发现PABPN1作为APA调控网络的核心枢纽蛋白

利用不稳定双顺反子荧光蛋白报告系统进行CRISPR/Cas9筛选揭示PABPN1是替代性多聚腺苷酸化调控枢纽

开发无需抗体和合成探针的体外测序方法RAPseq，可大规模分析天然RNA结合；发现非典型RBP的新功能；揭示物种特异性结合偏好；开发组合检测(co-RAPseq)和修饰敏感检测(mod-RAPseq)方法。

RAPseq实现大规模RNA结合蛋白与RNA相互作用的鉴定并揭示转录后基因调控的关键机制

1. 首次发现GNL3L作为新GTP酶参与人类前60S核糖体成熟过程；2. 揭示GNL3L的GTP水解活性对前rRNA加工和60S亚基组装的必要性；3. 确定GNL3L与前rRNA的直接相互作用位点及其对细胞增殖的调控作用。

人类前60S复合物核成熟的不同步骤需要包括GNL3L在内的GTP酶的活性

发现GmJMJ19/20属于非典型JmjC家族蛋白，其不依赖Fe²⁺和α-酮戊二酸的催化机制、通过结构域阻隔甲基化底物的特殊酶活性，以及与GmLUX2互作调控开花时间的分子模块；同时揭示该基因在驯化过程中经历选择压力的进化证据。

大豆Jumonji C结构域蛋白JMJ19/20表现出内肽酶活性并与LUXs相互作用介导开花时间

通过整合NMR、氢氘交换质谱和多种相互作用实验，发现N-myc转录激活结构域与TFIIIC5的DNA结合结构域存在直接相互作用；AlphaFold模型预测了N-myc与TFIIIC5的结合模式，并揭示TFIIIC5 C端酸性插头的移除可增强结合，阐明了两者相互调控的竞争机制。

N-myc转录激活结构域与TFIIIC5 DNA结合表面相互作用机制

创新性地使用优化的低输入SLAM-seq技术解析小鼠胚胎基因组激活（EGA）期间的新生转录动态，发现预激活基因（PAGs）的染色质可及性特征及其蛋白积累模式，揭示了KLF17作为连接EGA与首次谱系分化的关键转录因子，并阐明了转录预激活记忆向谱系决定传递的分子机制。

胚胎基因组激活的新生转录组揭示了连接转录预激活与小鼠胚胎早期谱系决定的调控轴

1. 发现DNA合成耦合（DSC）H3.2K9me2沉积通路是抑制转座子的关键机制；2. 揭示DSC与DSI通路间动态平衡对异染色质功能的调控；3. 证明H3.3K9me3单独无法维持异染色质功能。

从头开始的H3.2K9me2沉积通路建立异染色质以抑制果蝇体细胞发育中的转座子移动

首次系统研究夏威夷火山口生物膜微生物多样性，构建了363个高质量MAGs，揭示了Chloroflexota和Cyanobacteriota为优势门类，为火山地貌微生物生态研究提供新数据

夏威夷火山口相关热液特征的扩增子和宏基因组数据

创新性结合深度学习与邻近标记技术，发现线粒体形态变化可作为病毒感染的显著生物标志物（分类精度84.9%），并通过蛋白质组学方法验证CH60、ETHE1等线粒体蛋白对流感病毒复制的关键调控作用。

深度学习驱动的线粒体因子调控甲型流感病毒感染的发现

1. 首次发现NTCP的C端跨膜结构域中LLL I基序是KIF4识别的关键分子决定因素；2. 揭示KIF4通过保守的基序识别不同货物蛋白（NTCP和ITGB1）的通用机制；3. 证明该基序突变通过影响NTCP膜定位而非结构或结合亲和力，显著抑制HBV/HDV感染。

调控KIF4识别NTCP分子决定因素的鉴定及其在HBV/HDV感染中的作用

首次揭示CRISPR-Cas系统作为非传统调控因子，通过spacer依赖机制调节沙门氏菌压力响应网络，阐明其在伤寒沙门氏菌(S. Typhi)和非伤寒沙门氏菌(S. Typhimurium)生存策略进化分歧中的关键作用

CRISPR-Cas在伤寒和非伤寒沙门氏菌血清型中对宿主防御的不同调控

通过长期实验进化揭示多物种生物膜中竞争动态，发现混合培养下P. protegens因yfiBNR基因突变增强环二鸟苷酸合成获得竞争优势，阐明了物种互作如何通过关键突变驱动生态演化轨迹。