提出BOUQUET算法整合基因组拓扑、染色质占据和图论，发现3D-SEs与共激活剂凝聚体的对应关系，并揭示3D-SEs在细胞身份基因中的富集特征。

三维超级增强子是凝聚体相关的顺式调控社区

创新性整合单细胞测序与可解释机器学习方法，发现血源性生物标志物预测治疗反应（AUC>0.93），并通过LIME模型解析关键调控因子（如EGR1、GZMB），为TNBC个性化治疗提供新思路。

三阴性乳腺癌中基因表达与药物反应的关系：利用单细胞RNA测序和机器学习识别生物标志物特征

提出SPAE模型（基于自编码器的分段线性模型），显著提升单细胞RNA测序数据中细胞周期动态分析的准确性与鲁棒性；可预测癌症细胞周期转换并有效去除细胞周期效应。

利用SPAE解析单细胞RNA测序数据中的细胞周期动态和细胞状态

提出scEvolver框架，通过记忆引导的持续学习机制优化细胞类型表示，解决灾难性遗忘和批次偏差问题，实现跨平台、跨组织、跨模态的知识整合与泛化。

基于原型的持续学习用于单细胞注释

创新性整合多视角特征（序列、结构约束、物理化学属性、语言模型嵌入），首次实现跨物种且不受功能类别影响的稳定预测，揭示棕榈酰化调控的通用机制

Deep-Palm：一种用于蛋白质S-棕榈酰化结构感知预测的集成深度学习框架

通过冷冻电镜技术解析Gβ1γ2与预融合SNARE复合物的相互作用结构，首次揭示其通过阻断SNARE复合物完全组装来抑制囊泡融合的分子机制，并发现Gβ1γ2与complexin可协同作用于同一SNARE复合物。

Gβγ-预融合SNARE复合物的结构揭示了抑制囊泡融合的分子机制

发现Ufd1的UT3结构域通过同时结合两个Lys48连接的泛素并展开其中一个泛素，从而启动Cdc48/p97的底物处理过程，揭示了泛素展开的分子机制及连接特异性识别机制。

Ufd1通过非ATP依赖的方式展开泛素启动Cdc48/p97介导的底物处理

创新性地通过定量分析揭示了Kai蛋白复合物形成动力学的层级机制：1) A2C6复合物形成具有磷酸化状态依赖的分级特性；2) B6C6复合物形成具有超磷酸化选择性的开关特性；3) KaiA在复合物间的快速再分配机制，为生物钟振荡的动态调控提供了分子基础。

Kai蛋白复合物形成的动力学层次结构调控蓝细菌生物钟振荡器

首次建立植物合成mirtron平台，通过剪接依赖的非典型PTGS机制实现基因沉默；精确的内含子剪接和套索去分支是沉默关键；在病毒抑制剂P19存在时仍有效；可与宿主基因共表达并继承其时空表达模式；适用于作物基因功能研究和生物技术改良。

一种合成mirtron平台实现稳定的剪接依赖性基因沉默

首次构建三个ataxin-1家族基因的斑马鱼敲除模型，发现其在发育、行为和转录组层面的特异性与共性改变，揭示了ATXN1家族基因在神经免疫调控、感觉运动行为及视网膜信号中的作用机制。

斑马鱼atxn1a、atxn1b和atxn1l基因敲除模型揭示了不同且共有的表型和转录组改变

首次揭示分泌素受体在长期碱负荷中调控肾小管HCO3-分泌的关键作用，发现SCTR缺失导致pendrin功能异常而非蛋白表达量变化，并阐明系统酸碱状态对分泌素/受体表达的双向调节机制。

分泌素受体敲除小鼠在长期碱负荷期间肾碱基排泄受损

创新点包括：1) 提出适应性稀疏多块PLS-DA模型，整合人类伪批量表达数据、一对一同源性和细胞类型映射；2) 开发可视化工具singIST Visualizer，支持交互式探索和自动化图表生成；3) 实现疾病模型与人类参考数据的跨物种转录组学比较分析。

singIST：用于疾病模型和人类自动单细胞比较转录组学分析的R/Bioconductor库和Quarto仪表板

1. 发现RRTF1在严重机械刺激下促进生长抑制的作用机制独立于茉莉酸；2. 揭示RRTF1通过与WRKY转录因子互作调控特定基因组，精细调节长期形态建成；3. 为高密度种植作物的育种提供新思路。

RRTF1在拟南芥茎中促进触觉反应，且不依赖于茉莉酸

1. 通过染色体片段替换系（CSSLs）鉴定出调控光合速率的主效QTL qHP10；2. 利用CRISPR/Cas9技术验证OsMPK4为qHP10的候选基因；3. 发现OsMPK4表达下调通过增加气孔导度提升光合速率的分子机制；4. 提出OsMPK4作为分子育种靶点提高水稻产量的新策略。

水稻促分裂原活化蛋白激酶4的自然变异有助于提高田间条件下的光合速率

通过动态金属-配体键形成可逆门控结构，实现超大分子酶的稳定封装和多酶级联催化，突破传统孔径限制，推动糖前体合成效率提升

动态键驱动的酶在金属-有机框架中的封装突破孔径限制

创新性地构建了Tamoxifen诱导的B细胞特异性Lyn基因急性删除小鼠模型，揭示Lyn通过持续抑制性信号调控DNA反应性B细胞无能状态的新机制

Lyn通过抑制PI3K信号通路调控B细胞无能状态的建立和维持

开发了集成实验与计算流程NanoMAP，通过多轮噬菌体筛选和深度测序分析，实现纳米抗体库的高效发现与功能表征，尤其能识别稀有高亲和力克隆家族。

利用NanoMAP全面绘制免疫纳米抗体库

开发了基于质粒编码eGFP-降解基序融合构建体的快速评估方法，提供两种高通量检测方案（琼脂板终点荧光测量和96孔板动力学测量），显著提升降解基序研究的效率和可扩展性。

使用荧光报告系统评估大肠杆菌中的降解基序

发现肥胖通过重塑肺部脂质组导致NK细胞代谢障碍和抗病毒功能缺陷，揭示脂质转运蛋白CD36介导的脂质积累是关键机制，并证明短期减重可逆转该过程，为肥胖相关免疫缺陷提供新治疗靶点。

肥胖驱动的肺脂质组重塑抑制NK细胞激活和抗流感病毒免疫

开发了一种同步实现DNA扩增与甲基化信息保持的一锅法策略，通过优化缓冲液体系和42℃等温反应条件，解决了HDA（65℃）与DNMT1（耐热性差）的温度兼容性问题，并通过MSRE-qPCR验证了甲基化水平与模板量的线性关系。

MethylAmp 一步法等温扩增与DNA甲基化模式的保持

创新性整合单细胞测序与空间转录组学技术，揭示心脏再生过程中巨噬细胞状态由纤维母细胞-巨噬细胞微环境中的il34-csf1ra-egr1信号轴调控，发现该轴失衡会导致促纤维化反应，为心脏修复提供新靶点。

心脏免疫微环境编程再生心脏中的巨噬细胞状态

1. 发现Wnt通路组分mRNA在对称分裂和不对称分裂的seam细胞中呈现显著的转录本空间分布差异；2. 揭示转录因子pop-1的不对称表达依赖于Wnt信号活性，提出转录反馈强化细胞命运决定的新模型；3. 发现L2阶段对称分裂后即存在分子异质性，挑战传统Wnt不对称模型的蛋白定位主导观点。

靶向Wnt通路组分的转录反馈揭示了秀丽隐杆线虫seam细胞谱系中的隐藏异质性

创新性地利用UK Biobank大规模全基因组数据揭示变异频率与序列背景的系统性关联，发现单体型变异在CG上下文中频率差异、三核苷酸背景对变异频率的显著影响，以及参考基因组中特定五核苷酸序列的链不对称性，提出链特异性突变机制可能影响选择压力的新假说。

序列效应与全基因组测序UK Biobank参与者观察到的变异模式及DNA链不对称性

首次报道Garcinia binucao的完整叶绿体基因组序列，揭示其基因结构特征（含128个基因）、SSR分布规律（88.78%为A/T基序）及系统发育关系（与G. indica亲缘关系最近）

菲律宾本土水果Garcinia binucao（Blanco）Choisy的完整叶绿体基因组

发现PI4KA的C端磷酸化通过局部构象变化直接抑制其脂质激酶活性，且该调控机制在PI3K/PI4K家族中进化保守；揭示了磷酸化修饰与膜定位功能分离的新型调控模式。

PI4KA C端的磷酸化抑制脂质激酶活性

揭示Nar1通过双界面（静电相互作用和靶向肽段识别）结合CIA靶向复合物的分子机制，提出铁硫簇转移的结构模型，阐明Nar1在铁硫蛋白成熟过程中的枢纽作用

Nar1通过双界面相互作用界面结合细胞质铁硫簇组装靶向复合物

开发了CLIP-tag2变体和优化底物，使反应速度提升1000倍，实现活细胞中纳米摩尔浓度下分钟级高效荧光标记，并可与SNAP-tag2/HaloTag7等标签共用

快速且明亮：CLIP-tag2

首次开发了结合两阶段脱脂流程的全自动HDX-MS平台，实现了在天然脂质环境中对膜蛋白动态的高精度监测，揭示了去垢剂溶解样品无法观察到的生理相关运动特征。

一种用于原位表征膜蛋白的自动化HDX-MS平台

首次利用四面体DNA纳米结构（TDNs）作为纳米载体，通过内吞作用介导亚精胺递送至花粉管，实现对花粉管伸长的调控；功能化TDN显著增强核定位能力，为作物生殖工程提供新工具。

可编程DNA纳米笼通过主动摄取调节花粉管生长

创新点包括：1) 提出基于贝叶斯伯努利回归模型的FourC方法，解决4C-seq数据无法去重的半定量问题；2) 引入高斯过程建模空间模式，精准识别显著富集和差异接触区域；3) 验证方法在胰腺分化关键基因及CRISPR增强子扰动研究中的应用价值。

FourC：识别1D染色质构象数据中的显著和差异接触

该研究通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了IL-33-ST2-OPN信号轴在血管周围间质细胞与ST2+修复性巨噬细胞之间的功能交互作用，阐明了其在血管损伤后内膜增生中的促进作用机制。

血管周围间质细胞指导ST2+修复性巨噬细胞促进小鼠血管内损伤诱导的内膜增生

开发了原位制备的催化剂，利用氘/氚气体作为同位素源，在水溶液中实现对肽的选择性放射性标记，突破了传统有机溶剂体系的限制，为药物发现中的同位素标记技术提供新方法。

在水性缓冲液中通过氘和氚的选择性氢同位素交换对寡肽进行放射性标记

首次发现宿主蛋白环肽酶A通过稳定病毒衣壳蛋白p72促进非洲猪瘟病毒工厂形成和病毒颗粒组装，为抗病毒治疗提供了新靶点。

环肽酶A稳定衣壳蛋白p72以促进非洲猪瘟病毒复制

提出了一种可扩展且低成本的样本哈希工作流程，结合Seq-Well S³平台实现低输入样本的多组学单细胞分析，显著提升多组学数据生成效率并降低实验成本。

一种可扩展、低成本的样本哈希流程用于多组学单细胞分析：Seq-Well S³平台的应用

首次发现RicO蛋白通过N端DNA结合域识别染色体起始区特定序列，C端疏水螺旋与细胞膜互作，形成DNA-膜桥梁结构，确保复制起始点定位在细胞极区，与SMC复合物协同维持染色体分离。

核区结合蛋白RicO通过锚定复制起始点至膜上确保金黄色葡萄球菌的正确染色体分离

首次解析该物种基因组并揭示其热调节机制的进化转变，结合多组学方法发现其依赖高能耗颤抖性产热而非传统非颤抖性产热的特殊适应策略。

沙漠栖息的羚羊地鼠非颤抖性产热受损

创新性整合水培表型分析、多变量性状分析、分子标记谱型分析及Nax1基因定量表达分析，发现耐盐小麦品种在严重盐分胁迫下Nax1基因表达量提升3-6倍且与生物量维持呈正相关，揭示了生理耐受性与Nax1介导钠离子排除的协同机制。

整合生理表现与Nax1介导的钠离子排除揭示春小麦盐分耐受机制

1. 揭示干旱下链霉菌富集的机制是宿主主动抑制铁吸收和免疫系统，而非传统认为的植物求救信号；2. 发现链霉菌的促生长效应与根部富集无直接关联，而是由属内物种拮抗决定；3. 提出两步模型：宿主调控驱动链霉菌富集，属内动态决定功能结局。

干旱期间链霉菌在根部的富集与植物益处无关，由宿主抑制铁吸收和免疫驱动

创新性地结合随机生化模型与信息论分析，量化逆向作用对信号传递的限制效应；发现特定参数条件下逆向作用可作为可控状态转换机制；提出反馈增益调节与互补策略协同降低逆向作用的解决方案。

逆向作用对人工合成生物电路中信息流的影响

1. 发现Dnm2而非FtsZ是叶绿体分裂环的驱动马达蛋白；2. 揭示分裂环通过糖基转移酶介导的纤维缠绕组装机制；3. 首次提出GTP水解后Dnm2保持二聚体构象的锁定机制防止回滑；4. 建立体外GTP依赖的叶绿体分裂实验系统。

GTP酶驱动的超分子环逐步收缩推动叶绿体分裂

通过高时间分辨率的RNA-seq实验揭示光周期对基因表达动态的调控机制，发现早晨和傍晚转录本在表达水平和波形响应上的显著差异，并提出早晨转录本作为光周期测量的分子参考点的新机制。

番茄中早晨和傍晚表达转录本的差异光周期调控

发现NRAMP2是控制锰向胚运输的关键转运蛋白，揭示锰分布对种子活力的调控机制，并确定NRAMP2在种子发育锰转运中的核心作用。

NRAMP2调控种皮与胚之间的锰分配以调节种子活力

创新性地利用type III-A CRISPR-Csm复合物实现RNA定点切割，并通过与RtcB连接酶融合提升效率；首次实现不同转录本的跨分子连接（spligation），无需依赖传统剪接位点即可生成嵌合RNA。

Spligation在活细胞中实现可编程嵌合RNA生成

首次发现ICAM5作为神经粘附蛋白新互作蛋白，揭示其通过维持PAK-Cofilin信号通路和F-actin重组调控树突生长的分子机制，明确区分了神经粘附蛋白在树突生长与突触形成中的不同功能

细胞外神经粘附蛋白-ICAM5偶联通过肌动蛋白重组驱动树突生长

首次发现GluN2D受体在成年啮齿动物脑中的关键作用，揭示其通过调控颗粒细胞兴奋性、促进突触可塑性（特别是依赖GluD1受体的非典型长时程增强）以及维持空间记忆的机制，为神经精神疾病治疗提供新靶点。

含GluN2D的NMDA受体通过促进颗粒细胞活动和介导突触可塑性调节齿状回功能

创新性地结合跨物种影像学分析与转录组学，揭示了阿尔茨海默病早期脑血管重塑的分子机制；通过近寿命活体成像和7T MRI建立小鼠与人类血管重构轨迹的直接关联；首次发现小脑血管扭曲度在物种间的高度保守性，并构建了多尺度整合分析框架。

将衰老和阿尔茨海默病中脑血管重塑的跨物种轨迹与脑血管转录组联系起来

首次在血浆来源的细胞外囊泡中发现精神分裂症特异性miRNA标志物（hsa-miR-30e-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-200b-3p），揭示这些miRNA与神经发生相关基因通路的关联，并发现hsa-miR-103a-3p表达水平与工作记忆及白质完整性存在显著相关性。

血浆来源的细胞外囊泡中精神分裂症miRNA标志物的鉴定

开发了MERFISH 2.0技术，通过优化成像化学方法显著提升RNA检测灵敏度（较1.0版本提高8倍），特别适用于处理降解的存档组织（如FFPE样本），并能揭示更多细胞群体和细胞间互作，增强空间分析能力。

MERFISH 2.0：一种用于多种组织类型的超灵敏单细胞空间转录组学成像化学技术

开发了优化的CRISPR平台，整合敲除、敲低和Perturb-seq多组学筛选方法，首次在患者来源细胞中直接解析癌症脆弱性和细胞异质性

基于CRISPR的功能基因组学用于解析原发性急性髓系白血病样本的治疗依赖性

发现RNASEK作为保守的核糖核酸酶可降解衰老相关环状RNA，揭示其在应激颗粒稳态和生物体长寿中的关键作用，建立环状RNA代谢与衰老的直接联系

核糖核酸酶κ通过防止应激颗粒中与年龄相关的环状RNA积累来促进长寿

开发circTargetMap计算框架实现全转录组环状RNA-靶标RNA互作映射，发现环状RNA通过碱基配对将mRNA隔离至P体实现翻译抑制，且该机制独立于miRNA，揭示环状RNA在疾病中的翻译调控新机制。

环状RNA-靶标RNA相互作用的全基因组映射揭示P体介导的翻译抑制

基于25种天然转录因子内在无序区域的突变分析，提出简单设计规则合成人工IDRs，发现疏水性氨基酸赋予活性、酸性氨基酸防止自抑制、亲水性氨基酸调节特异性这一功能调控机制。

工程化内在无序区域以引导基因组导航

通过冷冻电镜技术解析了E. faecalis Cas9-Csn2-Cas1-Cas2超级复合物的三维结构，揭示了Cas9在CRISPR-Cas系统中识别和捕获外源DNA的分子机制，阐明了间隔区获取的结构基础。

II-A型CRISPR-Cas系统中Cas9引导的间隔区获取的结构基础

通过冷冻电镜技术解析了Cas9-Cas1-Cas2-Csn2超级复合物的结构，揭示了Cas9与间隔区整合机制的功能耦合机制，并阐明了辅助蛋白Csn2在PAM识别和前间隔区选择中的多重作用。

CRISPR-Cas适应过程中Cas9介导的前间隔区选择的结构洞察

构建了跨器官和多时间点的内皮细胞基因表达比较图谱，揭示了不同胚胎器官间内皮细胞的转录组变异，并发现了调控器官特异性血管发育的新分子机制。

内皮细胞胚胎发育的单细胞时间序列图谱

开发了高通量扰动映射平台，揭示肿瘤抑制基因丢失与转移生态位的空间关联，发现LOXL2是调控免疫抑制性转移微环境的关键因子，其抑制可增强T细胞浸润和治疗效果。

CLIM-TIME识别T细胞治疗反应的转移性微环境调节因子

构建了跨衰老、疾病、性别和品系的全脑少突胶质细胞图谱，揭示髓鞘区域差异性；整合转录组和超微结构数据解析少突胶质细胞多样性形成机制。

全脑少突胶质细胞组织、生成及髓鞘损伤的映射

1. 发现E3泛素连接酶CRL5SOCS4通过泛素化调控tau蛋白稳态；2. 揭示CUL5表达水平与阿尔茨海默病患者抗逆性正相关；3. 首次证明线粒体电子传递链功能障碍会通过蛋白酶体途径干扰tau蛋白降解。

在iPSC衍生神经元中的CRISPR筛选揭示了tau蛋白稳态的原理

发现肝脏分泌的运动因子GPLD1通过修复血脑屏障完整性，靶向作用于脑内皮细胞上的GPI锚定蛋白，从而逆转衰老和阿尔茨海默病模型中的认知障碍，揭示了血管系统在神经退行性疾病中的关键调控作用。

肝脏运动因子通过血管系统逆转衰老和阿尔茨海默病相关的记忆丧失

发现高亲和力气味受体Or5v1/Olfr110能通过感知氧脂素信号促进肝脏脂肪燃烧和葡萄糖调控，并开发出可增强代谢效益的合成激动剂，为抗肥胖治疗提供新靶点。

鉴定Or5v1/Olfr110作为氧脂素受体和抗肥胖靶点

创新性揭示OR6A2受体通过可逆共价键识别醛类分子的机制，发现II类嗅觉受体保守的激活开关，并提出可应用于香料设计和炎症治疗的气味解码方法。

人类嗅觉受体OR6A2中气味分子可逆共价键连接的结构解码

发现阿扎那韦可作为家族A GPCRs的广谱正向变构调节剂，能够稳定独特的GPCR-G蛋白-β-arrestin超大复合物并介导持续信号传导，为GPCR信号调控机制研究提供新视角。

一种通用变构调节剂介导的GPCR-G蛋白-β-arrestin超大复合物

创新性地采用binder-first方法识别CARD9蛋白的可药物靶点，发现能抑制炎症信号的化合物，并通过体内外实验验证其抗炎效果，模拟了保护性CARD9基因变异的治疗机制。

人类遗传学指导发现具有抗炎活性的CARD9抑制剂

通过分析体细胞突变揭示衰老机制和疾病发生过程，为开发新疗法提供依据。

体细胞基因组学作为生物医学的发现引擎

开发了空间解析的体内CRISPR筛选平台CLIM-TIME，首次揭示肿瘤抑制基因丢失与转移性免疫结构及免疫治疗响应差异的关联机制

CLIM-TIME将遗传性癌症驱动因素与免疫景观联系起来

开发了选择性捕获含重氮基团化合物的新方法，发现病原菌合成重氮化合物的酶机制，为合成生物学提供新工具

寻找反应性代谢物揭示人类病原体中的异常化学反应

Evo2基因组语言模型能够生成短基因组序列，但需要进一步技术突破才能实现功能性合成基因组。

AI可以编写基因组——何时才能创造合成生命？

发现特殊σ因子与无核酸酶活性的Cas12f蛋白结合可构建新型RNA引导基因激活系统，突破传统CRISPR系统依赖固定启动子基序的限制。

异化CRISPR–Cas12f同源物驱动RNA引导的转录

发现热带低地昆虫耐热性受蛋白质结构基本属性限制，揭示了温度耐受性与蛋白质构象之间的分子机制，为理解气候变化下物种适应性提供新视角。

热带昆虫的有限耐热性及其基因组特征

通过冷冻电镜和高通量实验揭示DICER如何通过5′端结合口袋实现RNA的精确切割，阐明了小RNA生成的关键分子机制。

DICER切割保真度由5′端结合口袋调控

提出基于人工智能的Evo 2模型，利用9万亿DNA碱基对数据预测基因组功能特性，并为生物研究提供生成式建模工具，覆盖所有生命域的基因组设计。

跨所有生命域的基因组建模与设计：Evo 2的应用

创新点在于提出新兴科学方法（如高精度基因测序技术）可解决传统DNA分析无法区分同卵双胞胎的难题，为法医学鉴定提供新思路。

同卵双胞胎受审：DNA检测能否将他们区分开？

首次在活体人类中使用基因编辑猪肝作为临时生命支持方案，为器官移植争取时间

基因改造猪肝使人类存活至人体器官移植

开发了一种高效合成核苷类似物的统一平台，突破了传统单分子合成方法的局限性，显著拓展了核苷类似物的化学空间，为抗病毒和抗癌药物研发提供新途径。

用于核苷类似物合成的统一平台 | Science

通过构建Asgard古菌泛基因组的结构目录，发现大量真核生物特征蛋白，揭示古菌祖先可能具有类似真核细胞的复杂性，为理解真核生物起源提供新证据。

利用结构建模预测Asgard古菌中的真核细胞复杂性

通过改进的Bulk polyadenylation技术增强微生物RNA捕获效率，并结合商业空间转录组平台，首次实现宿主-微生物互作的高分辨率空间可视化。

空间转录组学以高分辨率绘制宿主-肠道微生物群生物地理图

发现USP7通过稳定FAN1促进DNA交联修复，抑制CAG重复序列扩展，为遗传性疾病的治疗提供新靶点。

USP7去泛素化酶稳定FAN1以支持DNA交联修复并抑制CAG重复序列扩展

创新点包括：1) 在metaMDBG基础上增加错误校正功能，开发出可扩展的宏基因组组装工具nanoMDBG；2) 在处理最新ONT长读长时表现出优于现有方法的性能，且结果与PacBio HiFi读数相当。

使用nanoMDBG从纳米孔读数中进行高质量宏基因组组装

揭示了CCDC6-RET融合蛋白的自激活机制，发现其活性同时依赖ATP和ADP，为癌症信号传导研究提供新视角

致癌性CCDC6-RET融合蛋白是一种双重ATP和ADP依赖的激酶

提出基于基因编辑结果特征而非技术手段的监管框架，主张以科学风险评估替代现有SDN分类体系，适应新型编辑技术的商业化需求并应对气候变化挑战。

重新评估定点核酸酶分类作为基因编辑植物产品监管依据的必要性

发现DGCR8通过结合富含转座子的mRNA解析内源性dsRNA结构，防止MDA5-MAVS通路触发IFN反应；揭示DGCR8表达异常与22q11.2缺失综合征中过度IFN反应的病理关联。

双链RNA结合蛋白DGCR8调控逆转座子驱动的干扰素反应激活

创新性地整合多物种、多细胞类型及人类跨年龄/疾病状态的高分辨率核小体图谱，揭示核小体间距与基因活性、癌症进展及衰老的关联规律，提出核小体间距作为细胞状态生物标志物的潜在价值。

不同细胞类型、疾病和年龄下的核小体间距

揭示NF-Y与p53转录因子之间的动态平衡如何调控细胞凋亡相关基因的表达，为理解肿瘤发生机制提供新视角。

关于‘NF-Y与p53的平衡调控促凋亡和抗凋亡转录反应’的编辑按

创新性提出利用crRNA支架二级结构作为可逆且可编程的构象开关，通过引入互补DNA阻断剂实现Cas12a活性的动态调控；开发了时间分辨和按需恢复的活性控制策略，显著提升单核苷酸变异（SNVs）区分能力，并兼容等温扩增检测体系。

crRNA支架重构调控CRISPR–Cas12a活性以提高性能

首次揭示ShosT通过PRPP结合诱导细胞死亡的毒性机制，发现ShosA作为DprA样蛋白通过ssDNA结合和RecA相互作用实现抗毒素功能，阐明噬菌体DNA触发ShosTA介导的abortive infection（Abi）的分子机制。

ShosTA系统介导抗噬菌体防御的分子机制

首次揭示Lmx1在无脊椎动物Ciona神经管闭合中的关键作用，发现其通过调控细胞间插和 zipper 前进机制影响神经管形态发生，并发现Pax3/7、ZicL和Nodal信号通路可能直接调控Lmx1转录，提示该调控机制在脊索动物中的进化保守性。

Lmx1在脊索动物神经管形态发生中的时间门控作用

首次通过单核RNA测序揭示颞叶癫痫中特定神经元亚群动态变化，发现具有独特转录特征的癫痫相关小胶质细胞（EAM），并解析其与齿状回细胞的相互作用网络，为癫痫发病机制提供新视角。

单核转录组学揭示细胞类型特异性重塑和癫痫相关的小胶质细胞

首次通过多模态技术（免疫组化、单核RNA测序、sf-CARS显微镜）系统解析钩束的分子细胞特征，发现抑郁症伴童年虐待组存在50个差异表达基因，揭示NECTIN3与MIR646的潜在调控关系，并发现年龄相关髓鞘化变化规律。

人类钩束的多模态表征

首次发现肝脏时钟控制的循环代谢物NaR通过调控未折叠蛋白反应（UPR）和预折叠复合物，实现昼夜节律代谢信号与脂肪细胞蛋白质稳态及分化的耦合，揭示时间依赖性代谢信号塑造组织特异性生理结果的新机制。

系统性昼夜节律烟酸核苷（NaR）信号通过预折叠复合物参与未折叠蛋白反应和脂肪生成

首次发现c-Fos作为关键宿主因子通过稳定病毒M2蛋白并促进自噬体积累形成正反馈循环，揭示了c-Fos-M2互作在流感病毒复制中的新机制，为抗病毒治疗提供潜在靶点。

c-Fos通过稳定M2蛋白并促进自噬体积累增强流感病毒复制

创新性地构建了可扩展的人类皮层类器官模型，揭示了辐射损伤的分子机制（包括神经干细胞耗竭、胶质化增强、炎症因子增加等），并验证了NSPP和 amisulpride两种缓解剂的治疗效果，为中枢神经辐射生物学研究和药物筛选提供了新平台。

人类皮层类器官中辐射诱导神经损伤及缓解的时间映射

首次通过单分子成像与CUT&Tag技术结合，揭示GATA2在红细胞分化早期存在短暂增强的染色质结合动态，发现其具有短时搜索结合和长时稳定结合两种模式，并鉴定出GATA2特异性占据的调控元件特征。

早期红细胞分化过程中GATA2染色质结合的短暂增强

发现K-Ras4B通过维持纤毛形成调控干细胞不对称分裂，揭示其在纤毛依赖性分化中的核心作用；首次证明K-Ras4B在纤毛内的信号活性，并建立其与心脏发育的联系。

K-Ras通过初级纤毛控制不对称细胞分裂

首次揭示植物受体激酶复合物在质膜纳米尺度的动态组织规律，发现配体结合受体与共受体通过纳米域相互作用实现信号传递，提出配体诱导的受体复合物形成是基于纳米尺度空间定位的确定性过程。

拟南芥富含亮氨酸重复序列受体激酶复合物的质膜纳米尺度动态

发现了GAPsec作为调控Rab5活性的新GAP蛋白，揭示其在内体成熟过程中的关键作用

内体成熟由三聚体Bulli-Mon1-Ccz1 GEF7复合物和Rab5-GTP酶激活蛋白GAPsec调控

创新性地证明网格蛋白可独立驱动膜分裂，发现晶格机械特性（而非蛋白密度）决定其膜重塑能力，揭示适配器蛋白通过调节晶格力学增强或抑制分裂，阐明钙离子调控内吞坑动力学的机制。

网格蛋白是膜分裂的内在驱动因素

开发了一种模块化蛋白质梯度作为跨平台FRET标准化基准，通过工程化TPR基序和自标记酶实现跨表达系统（哺乳动物/细菌）和标记策略（自标记酶/点击化学）的FRET效率一致性，并提供可预测校准曲线实现不同FRET技术（smFRET/FLIM-FRET等）的数据互操作性

一种用于标准化多种FRET实验的通用蛋白质梯度

创新性地应用蛋白质语言模型挖掘进化距离较远的抗菌肽，通过高置信度筛选获得具有强效抗菌活性的分子，并在小鼠感染模型中验证其治疗效果。

利用蛋白质语言模型发现进化上遥远且高效的抗菌肽

创新性地整合高通量低输入定量瓜氨酸化组分析与深度学习技术，揭示瓜氨酸化组特征与类风湿关节炎严重程度的关联，并发现可作为治疗分层标志物的瓜氨酸化肽段自身抗原。

低输入深度学习平台用于瓜氨酸化肽段鉴定、自身抗原发现及类风湿关节炎治疗分层

提出基于空间组学数据整合的进化历史重建方法，揭示物种演化过程中基因功能空间分布的动态规律

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