创新性地发现多功能氨基肽酶PepA具有双重功能（既是代谢酶又是转录调节因子），通过突变体筛选和蛋白质组学分析揭示其调控nhaB基因表达的新机制，阐明了PepA在细菌钠离子稳态维持中的关键作用。

钠敏感的霍乱弧菌突变体的进化揭示了多功能氨基肽酶PepA作为nhaB钠/氢反向转运体基因表达的调节因子

首次发现肌肉LIM蛋白（MLP）具有RNA结合功能，并揭示其通过RNA依赖的机制参与心肌细胞骨架组装；利用增强RNA相互作用捕获技术（eRIC）构建人类心肌细胞RNA结合蛋白组（RBPome）；发现MLP的RNA结合特性与其细胞骨架相互作用及高阶结构形成直接相关。

肌肉LIM蛋白是一种非典型的RNA结合蛋白，参与RNA依赖的细胞骨架组装

发现Zasp52的可变剪接异构体中长无序区域（IDR）在间接飞行肌中的关键作用，通过基因编辑验证IDR对Z盘结构稳定性和肌动蛋白锚定的必要性，并揭示限制IFM使用可恢复表型的潜在治疗策略。

Zasp52差异表达的无序区域在Z盘处赋予细丝稳定性

创新性地发现Stylin-01和Stylin-04/04bis两种蛋白共同构成多组分界面介导病毒传播，通过CRISPR-Cas9基因编辑和RNAi双验证揭示了蚜虫传播芜菁花叶病毒的分子机制，突破了传统单受体模型的认知。

蚜虫stylin角质蛋白参与芜菁花叶病毒（Potyvirus）的传播

开发了无需基因改造且肠道菌群完整的C57BL/6小鼠模型，可稳定复现严重柠檬酸杆菌感染表型；揭示了早期盲肠免疫缺陷与特定菌群（如Lachnospiraceae、Prevotellaceae等）变化的关联机制。

一种用于研究严重小鼠柠檬酸杆菌感染的新C57BL/6小鼠模型

首次揭示细菌单组分系统蛋白FG214的血红素结合特性及其氧化还原依赖的构象变化机制，发现其通过单体-二聚体转换调控DNA结合活性，为开发红ox/气体敏感生物传感器提供理论基础。

新型血红素结合细菌单组分开关的结构基础

开发无需过氧化氢的Hi-APEX技术，通过可点击的四嗪-酚探针实现活体兼容的空间多组学；首次揭示APEX2通过四嗪基团和组氨酸残基直接催化TP自由基生成的机制；在活体肿瘤异种移植和海马神经元中实现直接原位标记，突破传统APEX技术在活体应用的限制。

体内兼容的空间多组学：不依赖过氧化氢的APEX2标记

创新性揭示了不同杀虫剂浓度下埃及伊蚊的转录组差异响应机制，区分了I型和II型拟除虫菊酯的分子反应路径，发现线粒体代谢和氧化应激相关基因在II型杀虫剂抗性中的关键作用，同时阐明了杀虫剂浓度与基因表达模式的剂量依赖性关系。

埃及伊蚊对拟除虫菊酯抗药性的转录组反应：不同杀虫剂浓度下的见解

首次发现HIV-1编码的环状RNA（circHIV）可与病毒Tat蛋白结合，通过增强病毒启动子转录活性促进病毒复制，揭示了环状RNA在病毒生命周期中的新功能机制。

HIV-1编码的环状RNA通过Tat结合增强病毒转录

发现GNAT酶能够迭代修饰完全折叠的套索肽，并通过工程化改造创造具有扩展化学多样性的脂套索肽，突破传统RiPP生物合成中仅修饰线性肽的局限性。

广泛存在的乙酰转移酶对成熟套索肽的迭代酰化

发现IDO1通过调控ROS节律影响糖酵解/PPP代谢途径，为癌症治疗提供新靶点；阐明IDO1-犬尿氨酸-G6PD轴在ROS清除中的作用机制

IDO1调控ROS节律揭示糖原分解/PPP作为癌症治疗靶点

首次发现cDC2A通过分泌IL-15驱动CXCL13+CD8+ T细胞上调TNFRSF9表达，从而引发上皮细胞毒性，揭示了白塞病中新型的细胞间通讯机制和免疫病理过程。

单细胞和空间组学分析揭示皮肤和黏膜白塞病中cDC2A-CXCL13+CD8+ T细胞-上皮细胞互作及通过TNFRSF9的细胞毒性

发现AcrIIA7通过结合tracrRNA阻止其与crRNA配对，从而阻断CRISPR-Cas9免疫过程，揭示了新型抗CRISPR机制

AcrIIA7劫持tracrRNA以阻断CRISPR-Cas系统

研究揭示癌症治疗（如化疗、放疗或靶向治疗）可能导致正常组织中出现基因突变，并探讨这些突变如何通过自然选择机制影响组织功能和肿瘤复发风险。

癌症治疗后正常组织中的突变与选择

构建了首个全面的LINE-1转座子插入位点数据库，揭示了人类基因组中LINE-1元件的分布规律及其与疾病关联的潜在机制。

LINE-1插入位点图谱

该文献是对原研究的更正说明，原研究发现SSX2蛋白通过拮抗多梳集团体形成来调控基因沉默，属于表观遗传调控机制的重要发现。

对‘SSX2是一种新型DNA结合蛋白，可拮抗多梳集团体形成和基因沉默’的更正

提出无需细胞同步化和核苷酸类似物的全基因组DNA复制分析方法，实现最多6样本多重测序；在多种哺乳动物细胞系验证有效性，可高分辨率解析复制起始/终止区、复制叉速度及转录对复制的影响机制。

多重TrAEL-seq捕获哺乳动物细胞中的DNA复制动力学

首次揭示ParB蛋白C端结构域中五个保守赖氨酸残基在DNA滑动机制中的分子作用，阐明其通过协调非特异性DNA结合与滑动实现染色体分离的分子基础，发现赖氨酸残基的空间分布对DNA压缩能力和体内功能（荧光焦点形成、孢子生成）的决定性影响。

枯草芽孢杆菌ParB蛋白C端赖氨酸残基对二聚体化和体内功能至关重要，表明其在DNA滑动中的作用

1. 首次鉴定MutT4为结核分枝杆菌的RppH功能蛋白；2. 发现RppH具有形成凝聚体样结构的特性；3. 揭示RppH在mRNA降解中的复杂调控作用，包括与RNase的相互作用及对氧化应激的响应。

结核分枝杆菌MutT4/RppH是一种RNA焦磷酸酶，可形成凝聚体样结构并影响mRNA降解

发现EEPD1通过独特的EEP结构域二聚体和HhH结构域协同作用形成DNA夹钳，保护反转复制叉；揭示了EEPD1的构象开关机制及其在癌症中的氧化损伤相关生存调控功能。

EEPD1进化出独特的DNA夹钳二聚体保护反转复制叉

基于7747个古菌基因组的全球最大数据集，发现古菌防御系统多样性显著低于细菌，首次揭示古菌特有单基因候选系统（PDC-S70/PDC-M05）的进化起源，并证实古菌与真核生物在Argonaute/Viperin系统的深层进化关联。

古菌免疫策略的多样性和进化

创新性地应用connectopic mapping技术揭示语言脑区连接模式的全人群变异特征，发现语言枢纽不同亚区与不同脑网络的连接差异，首次将多基因评分与连接图谱关联，并鉴定出与人类进化相关的长链非编码RNA基因位点。

大脑语言枢纽连接图谱的全人群变异

首次揭示三周分化的小鼠脑类器官转录组与新生小鼠大脑高度相似，且能重现体内神经元特异性可变剪接事件；蛋白质组学证实mRNA表达变化显著转化为蛋白质水平变化，并发现突触蛋白网络的早期形成。

小鼠脑类器官的RNA和蛋白质图谱

发现PHGDH在PDAC进展中起关键作用，其缺失通过抑制mTOR信号和谷氨酰胺代谢导致肿瘤生长受限，并揭示PHGDH缺失肿瘤对谷氨酰胺拮抗剂DRP-104的特异性敏感性，为联合代谢靶向治疗提供新思路。

PHGDH是PDAC进展的可靶向驱动因子

1. 揭示了两种相似转录因子（CLAMP/GAF）通过竞争性结合调控染色质三维结构的机制；2. 发现CLAMP通过促进局部短程染色质互作将高亲和力DCC结合位点与活性基因连接，而GAF介导远距离沉默区域互作；3. 阐明X染色体特异性染色质环境形成的分子基础。

两种GA结合转录因子调控的差异性染色质环形成X染色体特异的染色质环境以实现剂量补偿

首次在核糖体合成肽中发现腈基团生物合成途径，揭示AS-like蛋白将羧酸转化为腈基的机制，发现MNIO和KG-HExxH酶的立体选择性羟基化作用，阐明新型RiPPs的结构与功能多样性。

通过翻译后修饰引入C端腈基团发现和合成Nitrilobacillins

首次揭示长期低浓度PM2.5暴露在AKI后通过线粒体损伤、溶酶体应激及近端肾小管衰老促进适应不良修复，发现烟酰胺可逆转PM2.5诱导的代谢异常，为CKD防治提供新靶点。

慢性低浓度城市PM2.5暴露通过线粒体功能障碍和溶酶体应激加速缺血损伤后的适应不良修复

首次在鸡胚胎左心房结扎模型中揭示血流扰动通过抑制心脏神经嵴迁移和分化导致先天性心脏病的机制，结合谱系追踪与单细胞转录组分析发现PAAs区域CNCCs比例异常升高及关键转录因子表达下调的分子特征

左心房结扎模型中左心发育不全综合征心脏神经嵴迁移模式的改变

提出用户友好的snakemake工作流程，通过可视化反馈指导参数优化；证明仅使用HiFi读数即可获得高质量基因组组装，显著降低时间和资源投入。

HiFi助手：一种基于HiFi读数的可重复基因组组装工作流程

提出MCP框架实现自然语言驱动的空间转录组学分析，通过本地执行工具降低数据上传成本和隐私风险，协调器具备意图解析、动态路由、会话状态维护和输入验证功能，确保分析可重复性。

stMCP：基于模型上下文协议服务器的空间转录组学

创新性使用Iso和RNA长读长测序技术构建卵巢癌异构体图谱，发现41,000+全长转录本包括大量新注释异构体；揭示疾病状态下异构体水平重塑与基因水平改变不一致的调控机制；发现KRAS短异构体、TMEM201肿瘤特异性异构体转换等具有临床意义的转录异构体改变。

全面的长读长转录组分析揭示卵巢癌进展中的替代RNA加工特征和异构体多样性

创新点包括：1) 通过AI智能协调38个专业工具的统一生态系统，实现端到端自动化；2) 提出Model-Context-Protocol (MCP)协议实现软件兼容性转换；3) 将复杂蛋白质设计流程缩短至11分钟；4) 成功自主设计高亲和力结合蛋白和治疗性纳米抗体。

ProteinMCP：一种用于自主蛋白质工程的智能代理AI框架

提出MOPP流程，利用宏基因组覆盖范围过滤数据，提升metaRibo-Seq分析的准确性，减少假阳性，并生成多组学层面的计数表以支持综合分析。

用于从宏核糖体分析（metaRibo-Seq）数据中提取分类和功能信息的多组学处理流程（MOPP）

创新性应用细胞表面捕获技术结合质谱分析MPNST模型蛋白组，首次系统揭示PRC2丢失导致的细胞表面蛋白组变化规律，发现PTK7作为新型治疗靶点并验证其治疗潜力，建立首个MPNST细胞表面蛋白表达图谱。

恶性周围神经鞘瘤细胞表面蛋白组揭示治疗靶点

创新性地通过多模型系统评估发现：1）不同癌细胞系对铁死亡诱导剂存在显著反应差异；2）GPX4轴介导的铁死亡在体外模型中无法抑制肿瘤生长；3）半胱氨酸的主要功能是支持硒蛋白而非铁死亡；4）非铁死亡性细胞死亡与半胱氨酸可及性相关，为癌症治疗提供新思路。

系统评估揭示铁死亡在癌症治疗中的局限性

1. 构建HPV阳性口咽鳞状细胞癌单细胞与空间转录组联合图谱，揭示TOXCD8 T细胞是T细胞耗竭的终末阶段；2. 发现IEGCD8效应记忆T细胞作为免疫治疗潜在干预窗口；3. 揭示Treg细胞原位免疫抑制分化机制；4. 提出肿瘤细胞与T细胞乳酸代谢方向性流动模型；5. 发现KMT2D-KLF7-PD-L1表观遗传调控轴驱动神经嵴分化与免疫逃逸的双重机制。

整合单细胞和空间转录组分析HPV阳性口咽鳞状细胞癌中T细胞耗竭与免疫代谢重塑

发现GATA2通过区域特异性NRG1信号通路主动维持颅部米勒管，而尾部米勒管的维持机制不同；推翻传统'默认保留'理论，揭示性腺分化中主动调控机制的存在。

Gata2促进颅部米勒管的维持

开发了酶驱动的比色编码平台EnCODE，将多miRNA生物标志物转化为可解码颜色信号，实现胰腺癌的高准确率检测（163例样本达90%准确率）

基于酶促比色编码的数字医学在胰腺癌诊断中的应用

1. 揭示了芳香族中心基序的膜插入序列规则；2. 开发了AroMIP预测模型（准确率91.2%-99.7%）；3. 提供了IDP通过芳香族基序驱动膜插入的机制解释。

内在无序蛋白的膜插入密码

发现慢性乙醇摄入在mPFC和NAc的特定亚区（PL皮层和NAc核心）显著上调GFAP表达，且药理学抑制星形胶质细胞可选择性减少乙醇摄入而不影响水摄入或基础活动，揭示了星形胶质细胞在乙醇摄入中的潜在作用机制。

乙醇摄入涉及雄性Wistar大鼠的星形胶质细胞

1. 揭示超级增强子/沉默子通过Alu插入、培养者基因机制等不同途径形成；2. 发现人类特异性新基因的进化路径；3. 提出调控元件在数亿年进化中复杂作用机制

多种过程驱动双顺反子基因SMIM45在漫长进化时间尺度下超级增强子和超级沉默子的起源与成熟

发现E-选择素是长春新碱诱导神经病变的关键调控因子，其通过非经典途径激活巨噬细胞NLRP3炎性小体和IL-1B释放，且阻断E-选择素可重塑神经免疫通讯网络，为化疗性神经病变提供新治疗靶点。

E-选择素通过NLRP3调控长春新碱诱导的神经病变中的IL-1B依赖性神经炎症

创新性地使用酵母展示平台对奥密克戎变体RBD区域进行全基因组突变扫描，发现表型热点残基（455/456/493位点）的氨基酸偏好持续动态变化，并揭示H505W等突变可能通过调控RBD构象状态影响抗原进化策略。

近期SARS-CoV-2变异株的深度突变扫描揭示表型热点残基中氨基酸偏好的变化

首次发现铜绿假单胞菌通过L2 β-内酰胺酶（blaL2）基因与截断的ampR L2调控基因共存的遗传元件介导头孢他啶/他唑巴坦耐药，且该机制不依赖传统调节因子AmpR L2；通过全基因组测序揭示ST235高危克隆株的耐药基因特征，并验证blaL2基因表达与耐药性直接相关。

铜绿假单胞菌中L2 β-内酰胺酶介导的头孢他啶/他唑巴坦耐药新机制

创新性揭示了真菌陷阱形成的分子机制：1）发现细胞极性蛋白、肌动蛋白和septin蛋白在陷阱结构形成中的空间定位规律；2）证实保守型NADPH氧化酶通过诱导活性氧信号促进细胞融合；3）建立线虫捕食真菌作为研究真菌细胞生物学的新型模型系统。

捕食线虫的真菌通过协调极性信号、septin蛋白和NOX信号通路形成陷阱

开发了基于人类细胞的高通量平台量化全长抗体的多维生物物理参数，揭示了抗体进化中突变顺序如何通过构象重排规避生物物理权衡，并建立了预测人类蛋白突变生物效应的通用框架。

抗体进化中的生物物理权衡通过构象介导的上位效应得以解决

发现Spt5的KOW2-3结构域与Pol IIstalk协同作用，通过调节染色质结构和3'-端加工影响转录终止；揭示KOW结构域作为招募平台协调RNA加工与染色质动态的新机制；发现Rpb7突变导致异常转录启动和3'-端加工改变。

Spt5的中央KOW结构域与Pol IIstalk协同调控染色质和3'-端加工

开发了基于表达的svtRNA注释策略，生成标准化注释集实现跨小RNA测序研究的系统检测与量化；发现svtRNA在多种细胞系中丰度与miRNA相当，且存在可能具有miRNA样调控功能的svtRNA家族。

基于表达的注释识别并量化人类细胞中的小vault RNA（svtRNAs）

创新点包括：1) 提出统一的Snakemake流程整合单细胞数据处理全流程；2) 针对10x Genomics技术优化；3) 支持百样本级大规模数据分析；4) 通过CLI实现高效可重复的分析工作流。

scprocess：一个用于处理、整合和可视化图谱级单细胞数据的流程

提出STEVE框架，通过子采样评估、新细胞检测、注释基准测试和参考迁移四个模块，首次系统量化单细胞测序注释的准确性、稳健性及可重复性，建立统一的概率框架实现跨数据集细胞类型映射。

STEVE：单细胞转录组表达可视化与评估

创新点包括：1) 样本数量级增长；2) 新自动化工作流程实现大规模数据处理；3) 重构的交互式网页界面；4) 跨物种复用的基础设施代码；5) 基于泛转录组的全新参考转录数据集。

EoRNA2：用于基因表达数据数据库构建的自主数据发现与处理

通过靶向核糖体组装因子的相互作用，诱导癌细胞凋亡而不引起DNA损伤，提供了一种非基因毒性的治疗策略

通过靶向核糖体组装因子Bop1/WDR12的相互作用，将HCT116结肠癌细胞的核仁应激与DNA损伤解耦

首次发现XPO1抑制剂与Menin抑制剂联用可协同阻断KMT2A融合蛋白和NPM1突变型AML的致癌通路，通过同时抑制menin-KMT2A相互作用和XPO1功能，显著增强抗白血病效果并减少耐药性；揭示XPO1在维持menin染色质结合稳定性中的新机制。

联合抑制Menin和XPO1在KMT2A重排和NPM1突变型AML中协同抗白血病活性

首次系统比较早孕期小/大血浆细胞外囊泡的分子特征，发现大囊泡富集线粒体相关分子和胎盘激素蛋白，小囊泡富集EV标志物和细胞外基质蛋白，揭示两者在胎盘功能监测中的互补作用。

早孕期小和大血浆细胞外囊泡的多组学分析揭示胎盘、代谢和结构适应特征

首次系统解析麻疹病毒m6A表观转录组特征，发现m6A修饰通过调控病毒RNA合成与宿主免疫应答双向影响病毒感染进程，揭示METTL3在病毒复制与免疫逃逸中的双重作用机制。

麻疹病毒RNA和宿主3的m6A景观调节病毒复制和抗病毒先天免疫

首次系统性分析BAF复合物扰动对药物反应的影响，发现不同BAF亚型在基因组稳定性和细胞周期调节中的特异性作用，揭示BAF缺陷细胞对MEK/EGFR抑制剂的敏感性及对检查点抑制剂的抗性，识别潜在合成致死相互作用。

通过BAF复合物扰动的系统性药物筛选揭示不同的依赖性

创新性开发高密度Stereo-cell平台实现大卵母细胞形态与转录信息同步捕获，首次通过无监督聚类结合形态学特征解析卵母细胞发育时序，利用空间组学技术重建卵巢细胞状态的组织空间关系。

小鼠卵母细胞从生长到排卵的单细胞转录组图谱

开发了基于DNA折纸技术的DoriVac疫苗平台，可构建携带多种抗原的多价纳米颗粒，显著增强针对传染病及其变异株的体液和细胞免疫应答。

DNA折纸疫苗纳米颗粒改善对传染病的体液和细胞免疫应答

开发了基于点击化学的模块化适配体嵌合体技术，实现了无需特定受体即可降解膜蛋白的新方法，为蛋白质降解调控提供了创新工具。

点击化学构建的模块化信号适配体嵌合体实现受体非依赖性膜蛋白降解的更正

创新性结合计算模拟与实验验证技术，系统揭示人类IgG糖型异质性与功能动态调控的分子机制，为抗体药物开发提供新的结构生物学视角

Yanaka等人论文的更正：通过计算与实验方法探索人类免疫球蛋白G的糖型依赖性动态调控

通过解析LolCDE复合物的三维结构，揭示了细菌脂蛋白运输过程中底物与LolE蛋白的普遍相互作用机制，为理解细菌膜蛋白运输途径提供了关键结构依据。

Szewczyk等人关于配体结合LolCDE结构的研究揭示了细菌脂蛋白运输中普遍的底物-LolE相互作用的更正

提出基于GPT架构的深度学习模型ADAR-GPT，用于解析RNA表观遗传修饰（表转录组）的复杂语言模式，可能实现对RNA修饰的预测、功能注释或调控机制发现。

ADAR-GPT：学习表转录组的语言

发现BRI1-CNGC12磷酸化模块通过激素信号通路调控锰离子稳态，为解决酸性土壤中锰毒性问题提供了分子机制和潜在干预靶点。

BRI1–CNGC12磷酸化模块连接激素信号到植物中锰稳态的机制

揭示钠离子结合位点在GPCR激活中的关键作用，通过监测TM6和钠离子口袋附近的切换开关，阐明变构网络与钠离子逸出的协同机制。

富含色氨酸的变构网络和钠离子逸出在GPCR激活中的作用

提出融合蛋白质和小分子特征的图神经网络模型，通过统一框架预测蛋白质结合位点，突破传统方法在跨模态特征整合和预测精度方面的局限性。

统一的蛋白质-小分子图神经网络用于结合位点预测

发现免疫监视蛋白Collectin-11在破骨细胞生成和骨代谢中的新功能，揭示了补体系统与骨重塑之间的分子联系

Collectin-11通过补体依赖机制调节破骨细胞生成和骨维持

揭示了刺突蛋白结构不稳定化可减弱SARS-CoV-2在水貂中的传播能力，为理解病毒宿主适应性进化提供了新视角，并发现水貂集群中病毒变异的潜在机制。

刺突蛋白不稳定化减弱水貂集群5型SARS-CoV-2

通过整合实验与计算分析方法，系统性揭示细菌中蛋白质降解的调控机制，发现多种关键调节因子的不稳定性特征，为理解细菌稳态维持和应激响应提供了新视角。

大肠杆菌中蛋白质降解的全局分析揭示了多种调节因子的不稳定性

首次揭示METTL3通过m6A修饰调控Dnajb1稳定性，从而影响心肌细胞铁死亡的分子机制，为心肌梗死治疗提供新靶点

METTL3介导的Dnajb1基因m6A修饰调控心肌梗死过程中心肌细胞铁死亡

发现DNA连接酶1的K845N变异体通过增强对错配底物的区分能力，提高连接酶保真度，从而显著延缓亨廷顿病发病进程，并抑制CAG重复序列的体细胞扩展。

亨廷顿病LIG1修饰变异体提高连接酶保真度并抑制体细胞CAG重复扩展

首次发现AlkB家族脱甲基酶的新亚群，揭示其通过维持6mA修饰位点的精确性来保障表观遗传信息稳定性的分子机制

一种独特的AlkB家族脱甲基酶亚群在纤毛虫中保护真核生物N6-甲基腺嘌呤（6mA）的位置保真度

开发了受体介导的内溶酶体回收嵌合体（RECYC）技术，通过多周期降解免疫检查点动态重塑肿瘤免疫微环境中的抑制性网络，克服现有免疫检查点抑制剂的治疗局限性。

通过多周期检查点降解动态重编程肿瘤免疫网络用于癌症免疫治疗

整合系统发育数据和3D结构，提出RNase P与核糖体协同进化的模型，揭示其共同起源和进化机制。

核糖核酸酶P与核糖体的协同进化

发现Pri微肽通过充当细胞内在计时器，精确调控细胞命运诱导过程的短暂阶段，揭示了微肽在细胞命运决定中的动态调控机制。

Pri微肽作为细胞固有计时器控制细胞命运诱导的短暂阶段

创新性地提出基于AI的条件转移聚类方法，突破传统马尔可夫状态模型的‘状态中心’范式局限，无需预设状态定义即可发现蛋白质折叠过程中的隐藏中间态，为理解折叠动力学提供新视角。

利用基于AI的条件转移聚类揭示蛋白质折叠中的隐藏中间态

首次发现INO80D基因功能丧失与精神分裂症神经发育异常的直接关联，揭示染色质重塑机制在精神分裂症发病中的核心作用，并为该疾病的遗传基础提供新靶点。

染色质重塑基因INO80D功能丧失导致精神分裂症的神经发生特征

首次在原子层面可视化生物分子水合状态，揭示了酸性条件下蛋白质脱溶剂化的机制，解决了半个世纪以来的科学难题。

酸驱动蛋白质脱溶剂化的直接证据

提出脑源性pTau217（BD-pTau217）作为血液生物标志物，具有高灵敏度和特异性，解决了现有pTau217检测方法受其他因素干扰的局限性。

脑源性pTau217与总pTau217在脑淀粉样蛋白和tau病理分类中的直接比较

首次揭示GalNAc-T13通过O-GalNAc糖基化修饰癫痫蛋白6，维持神经突结构和记忆保持的分子机制，为神经退行性疾病治疗提供新靶点。

GalNAc-T13通过癫痫蛋白6的O-GalNAc糖基化维持神经突结构和记忆保持

首次发现D-氨基酸代谢途径参与调控稻米垩白性状，揭示D-氨基酸氨基转移酶通过调节内质网应激响应机制影响稻米品质的分子机制。

D-氨基酸氨基转移酶1通过调节内质网应激反应调控稻米垩白

提出基于定向扩散模型的SpaDDM框架，解决了空间多组学中异质分子模态整合的关键难题，实现了复杂组织环境中分子数据的高效整合分析。

利用定向扩散解析空间多组学中的空间模式和信号

发现酰基辅酶A结合蛋白在糖皮质激素抑制抗肿瘤免疫中的关键作用，并提出通过中和该蛋白增强免疫监视的潜在治疗策略

中和酰基辅酶A结合蛋白可减弱糖皮质激素介导的癌症免疫监视抑制

发现类异戊二烯二磷酸酯可抑制FicD酶的AMPylation和去AMPylation活性，为调控未折叠蛋白反应（UPR）提供新靶点，可能推动相关疾病的治疗策略开发。

类异戊二烯二磷酸酯对FicD介导的AMPylation和去AMPylation的抑制

揭示AlphaFold3预测中存在因训练数据量不足导致的系统性偏差，指出配体结合状态的预测准确性更多取决于训练数据规模而非配体本身的存在。

AlphaFold3在预测配体诱导酶结构域运动中的偏差

首次发现EIF4H和YBX1是戊型肝炎病毒复制和致病的关键宿主因子，为开发针对该病毒的新型抗病毒治疗策略提供了潜在靶点。

EIF4H和YBX1是戊型肝炎病毒复制和致病的必需宿主因子

发现N6-甲基腺嘌呤（6mA）DNA修饰在真核生物病原体（如线虫）中调控毒力基因表达的新机制，揭示了表观遗传修饰在病原体致病性中的关键作用。

N6-甲基腺嘌呤DNA修饰调控线虫中病原体的毒力

揭示PARP7通过维持肺上皮屏障完整性抵御环境应激（如感染、污染物暴露）的新机制，为肺部疾病治疗提供潜在靶点

PARP7保护肺上皮屏障免受多种环境威胁

揭示了PI(4,5)P2通过促进Arl4D自相互作用调控Pak1信号通路的新机制，阐明了膜脂与小GTP酶协同调控细胞迁移的分子基础。

磷脂酰肌醇4,5-二磷酸介导Arl4D自相互作用以促进Pak1信号传导

发现MED14磷酸化修饰通过调控基因组对GLP-1激动剂的响应机制，揭示了cAMP-CREB通路在β细胞功能中的新作用模式，为糖尿病治疗提供潜在靶点。

MED14磷酸化调控GLP-1激动剂的基因组反应

创新性地提出SPERRFY框架，通过多变量分析方法解码全脑连接的空间编码机制，首次将连接组学与空间基因表达梯度进行系统性关联，并引入化学亲和力理论作为建模基础。

一个受化学亲和力理论启发的数据驱动框架，将连接组与空间基因表达梯度联系起来

通过计算方法实现从氨基酸序列预测蛋白质结构，并设计氨基酸序列以折叠成目标蛋白质结构，推动蛋白质工程领域突破性进展。

戴维·贝克、德米斯·哈萨比斯和约翰·詹珀的简介：2024年诺贝尔化学奖得主

首次直接测量单个蛋白质折叠过程所需时间，突破传统间接观测限制

每日简报：实时捕捉蛋白质折叠

通过模拟细菌细胞内几乎所有分子的相互作用，首次在计算机中实现了对生命最基本过程（细菌分裂）的完整重现，揭示了细胞生长和繁殖的分子机制。

‘虚拟细胞’捕捉生命最基本的过程：细菌分裂

通过古代DNA分析和羽毛证据，揭示了Ychsma文化在印加文明兴起前已存在跨安第斯山脉的鹦鹉贸易网络，表明亚马逊与安第斯地区存在早期跨区域生物交流。

活鹦鹉在印加人崛起之前被携带穿越安第斯山脉

提出通过基因改造的突变昆虫可检测毒品或爆炸物，探索昆虫嗅觉机制在安全检测领域的应用潜力。

苍蝇能否嗅出违禁化学品？

发现植物在感染后形成环状免疫蛋白复合物，揭示了细胞膜上蛋白聚集体与防御响应及细胞死亡的关联机制。

植物防御中的环状联盟

开发了能够模拟细菌细胞内DNA复制、细胞分裂等核心生物过程的虚拟细胞仿真系统，实现了对真实细胞化学反应的高精度数字化重建。

每日简报：‘虚拟细胞’模拟真实细胞中的几乎所有化学反应

研究揭示了克隆鱼类亚马逊茉莉鱼通过基因转换机制维持遗传多样性，避免功能突变衰减，从而增强自然选择的创新机制。

基因转换助力克隆鱼类物种的自然选择

通过实时监测治疗过程中循环肿瘤DNA（ctDNA）的清除动态，为鼻咽癌患者提供个体化治疗方案调整依据，实现风险自适应的精准治疗

动态循环肿瘤DNA指导的风险自适应治疗在鼻咽癌中的应用

创新性提出INSTALL方法，通过免疫隐形核酸与重组酶协同作用，无需病毒载体即可实现千碱基级DNA精准整合，突破传统基因编辑技术的免疫排斥和片段长度限制。

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