创新性地应用蛋白质语言模型挖掘进化距离较远的抗菌肽，通过高置信度筛选获得具有强效抗菌活性的分子，并在小鼠感染模型中验证其治疗效果。

利用蛋白质语言模型发现进化上遥远且高效的抗菌肽

创新性地整合高通量低输入定量瓜氨酸化组分析与深度学习技术，揭示瓜氨酸化组特征与类风湿关节炎严重程度的关联，并发现可作为治疗分层标志物的瓜氨酸化肽段自身抗原。

低输入深度学习平台用于瓜氨酸化肽段鉴定、自身抗原发现及类风湿关节炎治疗分层

提出基于空间组学数据整合的进化历史重建方法，揭示物种演化过程中基因功能空间分布的动态规律

解析进化历史的神秘空间

开发了适用于大规模生物库的稀有变异关联检验方法，解决了现有方法在时间至事件表型分析中的局限性，实现了准确性和可扩展性的平衡。

可扩展且准确的全基因组测序时间至事件分析中的稀有变异关联检验方法

发现GET通路因子在进化过程中被改造为PEX38蛋白，揭示了寄生虫中过氧化物酶体生物合成的新型进化机制，并阐明了该蛋白在寄生虫生存中的关键作用。

残留的GET通路因子进化重塑为PEX38，一种必需的过氧化物酶

首次揭示Rabankyrin-5通过调控内体融合过程，为HPV病毒提供关键的细胞内运输通道，阐明病毒劫持宿主内体网络的新机制

Rab5效应蛋白Rabankyrin-5介导人乳头瘤病毒早期进入过程中的内体融合与转运

该研究揭示了从原始肽到DNA形成的催化反应路径，提出RNA分子可能作为关键催化剂推动生命起源过程，为理解无机到有机物质的转化机制提供了新视角。

从肽到DNA：所有必要步骤均可被催化

发现程序性减数分裂错误机制如何调控家蚕产生两种功能分化精子（含DNA的可育精子和不含DNA的不可育精子），揭示了昆虫生殖细胞生成的新型分子调控模式。

程序性减数分裂错误促进家蚕二元精子生成

通过CRISPR筛选技术发现NLRX1在调控线粒体通透性转换中的关键作用，为线粒体相关疾病治疗提供了新靶点

表型CRISPR筛选鉴定NLRX1是人类线粒体通透性转换的关键激活因子

首次揭示TDP-43蛋白通过调控neurexin 1 mRNA稳定性参与髓鞘形成的分子机制，为理解TDP-43相关神经退行性疾病的病理生理提供了新视角。

神经元TDP-43通过稳定neurexin 1 mRNA调节髓鞘形成

发现核膜蛋白NEMP1通过与Nesprin形成复合物，在机械转导过程中发挥关键作用，揭示了细胞感知和响应基质力学信号的新机制。

Nemp1–Nesprin复合物介导细胞对基质力学的响应

创新性地模仿绿色荧光蛋白的纳米限制策略，通过可编程DNA框架结构实现荧光分子的定向封装，显著提升超分辨率成像的稳定性和抗活性氧能力。

抗活性氧超稳定超分辨率DNA框架点

创新性整合多区域全基因组和RNA测序技术，系统解析胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向侵袭性胰腺导管腺癌（PDAC）恶性转化过程中的肿瘤异质性及克隆进化轨迹。

克隆进化分析揭示胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤恶性转化的模式

创新性地利用顺式富马酰氨基霉素衍生物探针，发现抑制Mrt4-rRNA相互作用可作为针对耐药真菌的新治疗靶点，为抗真菌药物开发提供全新策略。

基于富马酰氨基霉素衍生物抑制Mrt4与rRNA相互作用的抗真菌策略

开发了特异性识别去磷酸辅酶A（dpCoA）帽RNA的酶，首次实现细胞内dpCoA-RNA的定量分析，并通过转录组测序揭示其动态分布和可翻译特性，为RNA生物学功能研究提供新视角。

定量和转录组分析揭示丰富、动态且可翻译的去磷酸辅酶A帽RNA

首次发现人类INO80复合物能高效滑动六聚体，揭示其通过拓扑感知机制区分不同染色质结构，阐明Snf2 ATP酶结合入口DNA位置及IES2亚基对酸性斑块的识别差异，为染色质重塑提供结构与机制新见解。

人类INO80复合物对核小体和六聚体的识别与重塑

创新性地将MyD88激活域整合到嵌合抗原受体巨噬细胞中，通过靶向间皮素实现对肺癌脑转移的精准吞噬清除，为免疫治疗提供了新型工程化巨噬细胞方案。

MyD88介导的嵌合抗原受体巨噬细胞通过靶向特异性吞噬作用抑制脑转移

该研究揭示了BCDX2–CX3和DX2–CX3复合物在RAD51丝状结构组装和稳定中的关键作用，为理解DNA修复机制提供了新视角。

BCDX2–CX3和DX2–CX3复合物组装并稳定RAD51丝状结构

通过整合37个基因组和140多个表型特征，揭示木霉真菌的基因组特征与其生态适应性及生活方式多样性的关联，为可持续农业提供理论支持。

表型基因组学揭示木霉真菌的生态与进化及其在可持续农业中的应用

开发基于DNA纳米结构的纳米陷阱技术，首次实现亚细胞器内去甲肾上腺素动态的快速选择性成像与量化，揭示创伤性脑损伤中内质网去甲肾上腺素爆发与神经元死亡的关联机制。

化学遗传学DNA纳米陷阱用于亚细胞器去甲肾上腺素的定位

创新性地整合血浆蛋白质组学数据与机器学习算法，开发出可预测乙型肝炎病毒相关肝衰竭患者继发感染风险的模型，为临床早期干预提供新工具。

基于蛋白质组学的机器学习模型预测乙型肝炎病毒相关肝衰竭的继发感染

开发了基于CRISPR碱基编辑和高通量测序的端到端框架，首次实现单核苷酸分辨率的调控元件定位，发现增强子突变与CD19表达调控及CAR-T疗法耐药性的关联。

通过铺砌式碱基编辑的等位基因读取实现调控元件的核苷酸分辨率映射

开发长读长DNA测序技术，揭示染色体重排由微同源介导的断裂诱导复制机制在有丝分裂中产生

有丝分裂微同源介导的断裂诱导复制促进染色体重排

首次揭示激酶融合蛋白作为植物免疫受体的新功能，阐明其作为复杂传感器的分子机制，并提出通过工程化改造实现谷物广谱抗病性的应用前景。

激酶融合蛋白在谷物免疫中的新兴作用

开发了基于CRISPR–Cas9的高效基因编辑方法，可应用于造礁珊瑚不同生命周期阶段的基因功能研究，突破了传统珊瑚遗传操作的技术瓶颈。

使用CRISPR–Cas9在造礁珊瑚中进行高效的基因组编辑

开发了首个适用于野外环境的完整反向遗传学技术流程，可系统研究造礁珊瑚基因功能，为珊瑚适应性机制研究提供新工具。

珊瑚功能基因组学的新纪元

创新性开发了基于光学测序仪的自动化高通量筛选平台，通过修改测序仪软件实现测序后自动荧光检测，将传统SELEX方法的适配体筛选周期从12轮缩短至3-5轮，且显著提升亲和力；拓展了SELEX技术的应用范围至小分子到全细胞的检测。

利用常见光学下一代测序仪进行DNA适配体的自动化高通量筛选

发现Xbp1与DOM-A复合物存在双向调控关系：Xbp1通过两种模式结合染色质（1）招募DOM-A至UPR相关基因启动子激活转录，（2）在缺乏Xbp1识别位点的DOM-A结合位点形成反向靶向；揭示DOM-A通过稳定Xbp1蛋白水平调控UPR与细胞增殖的整合机制。

果蝇中未折叠蛋白反应调节因子Xbp1与DOM-A核小体重塑器的相互靶向

首次发现DAXX在精子发生中通过表观遗传机制（H3K9me3和DNA甲基化）抑制年轻LINE1和ERV的激活，揭示其作为精子生成新调控因子的功能。

DAXX在小鼠精子发生过程中调控LINE1的沉默

通过解耦crRNA的双重功能（目标识别与切割活性），实现诊断系统中靶标编程与切割效率的独立调控，无需修改crRNA序列即可适配不同等温扩增条件，突破传统CRISPR诊断的靶标序列限制。

crRNA功能解耦实现可定制的CRISPR诊断技术

首次发现FUS蛋白能特异性结合m1A和m6A修饰的RNA，揭示RNA甲基化修饰通过改变FUS亚细胞定位和动态性参与神经退行性疾病的分子机制，并提出靶向FUS-甲基腺苷相互作用的治疗策略。

FUS是一种N1-和N6-甲基腺苷结合蛋白

1. 发现硫代磷酸盐修饰可通过疏水锚定调控Cas酶构象；2. 提出分散式PS修饰设计策略，构建SACA自催化系统；3. 实现无需外源酶的指数级扩增（灵敏度提升5-10万倍）；4. 开发适用于HPV mRNA原位成像的新型探针体系。

定制的硫代磷酸盐协调器实现CRISPR/Cas原位扩增

首次揭示咖啡因通过直接结合XRCC4并破坏其与DNA连接酶IV的相互作用来抑制NHEJ机制；发现Thr133位点在咖啡因抑制NHEJ中的关键作用；证明咖啡因对野生型细胞的杀伤效应强于连接酶IV缺陷细胞。

咖啡因通过损害连接酶IV/XRCC4功能抑制非同源末端连接

发现HPF1通过调节PARP1/PARP2的PARylation活性，影响FUS相关DNA富集结构的形成；揭示PARP2的PARylation独立于PARP1即可形成结构，且HPF1对PARP1/PARP2具有差异性调控作用；发现HPF1促进FUS异型PARylation并抑制凝聚体组装的新机制。

HPF1通过PARP1和PARP2在受损DNA上的激活调控FUS依赖性结构的形成

发现Tmn蛋白通过质壁分离机制阻断噬菌体复制，同时激活其他防御系统（如Gabija和Septu type I）形成协同免疫；揭示Tmn形成独特的十聚体膜复合物结构，其胞质臂结构域决定特异性识别能力。

Tmn通过质壁分离阻断噬菌体传播并触发协同防御反应

创新性地构建了从湿实验到基因组学的跨学科工作流程，首次在德国东北部四座污水处理厂的原始进水样本中系统验证了碳青霉烯酶产生肺炎克雷伯菌（CP-KP）的流行情况，并通过全基因组测序揭示了其基因组特征与耐药基因分布规律。

跨学科协作推动基于废水的抗微生物药物耐药性监测：碳青霉烯酶产生肺炎克雷伯菌的频率、局部动态及基因组特征

首次发现KBTBD4突变通过CRL3KBTBD4介导的孤儿质量控制机制靶向PP2A-A降解，揭示了KBTBD4突变导致双重表型（转录抑制因子异常降解+PP2A质量控制丧失）的分子机制，阐明了PP2A-A在肿瘤相关信号通路中的关键调控作用。

髓母细胞瘤相关KBTBD4突变破坏PP2A-A孤儿质量控制机制

首次通过单细胞RNA测序揭示吡非尼酮和尼替丁布对肺泡II型细胞分化状态的差异化调控机制，发现尼替丁布可维持AT2细胞表型并作用于TGFβ通路上游

尼替丁布和吡非尼酮影响人类肺泡II型细胞的生长和分化

通过将HaloTag变体与纳米抗体结合，开发出新型免疫荧光试剂，利用荧光寿命与光谱编码的双重维度实现单次采集最多8个靶标的多重成像，且兼容STED显微镜和荧光蛋白，显著提升成像通量和适用性。

配备HaloTag变体的纳米抗体实现快速简便的一步法免疫荧光寿命多重成像

发现Ers1（酵母中胱氨酸转运蛋白同源物）定位于早期内分泌途径并参与氧化还原稳态，揭示其与Fe-S簇结合蛋白的遗传互作；发现胱氨酸的非溶酶体剪接异构体cystinosin-LKG可功能替代Ers1，阐明Cystinosin/Ers1在早期内分泌途径中的保守作用机制。

Cystinosin/Ers1在早期内分泌途径氧化还原稳态中的功能

首次通过全基因组CRISPR激活筛选系统性识别PrPC丰度的遗传调节因子，结合TR-FRET定量技术和大规模验证，建立公开的PrPC调控基因数据库，为膜蛋白运输和朊病毒生物学研究提供新资源。

全基因组阵列式CRISPR激活筛选朊病毒蛋白调节因子

首次发现Achromobacter pulmonis ss21具有高效Mn(II)氧化能力（98.82%），结合转录组与代谢组分析揭示了直接氧化相关基因（多铜氧化酶、硫氧还蛋白等）和间接氧化相关代谢物（L-酪氨酸、FAD等）的分子机制，为高锰污染环境的生物修复提供理论支持。

Achromobacter pulmonis ss21中Mn(II)氧化的多组学景观：从多铜氧化酶到代谢支持电子传递

开发了基于HCoV-OC43的稳定亚基因组报告病毒，通过优化TRS序列实现无损的荧光标记；建立了高效的反向遗传系统和高滴度病毒制备方案；首次揭示感染细胞与旁观者细胞存在差异化的转录应答特征（炎症反应为主 vs 细胞间通讯激活）。

一种稳定的亚基因组报告冠状病毒能够实现旁观者细胞的转录组分析

系统揭示了3'/5'单细胞测序协议间差异的基因特征，发现仅少数基因存在协议偏差；提出通过剔除偏差基因而非强制归一化实现跨协议数据整合的新策略；验证了主流归一化方法在特定场景下的局限性。

表征和缓解3'和5'单细胞RNA测序中协议依赖的基因表达偏差

创新性提出异时数据（heterochronous data）的无限位点理论，发现内部节点年龄的不确定性与校准点距离相关而非绝对年龄；揭示病毒等微生物数据集因信息量不足无法达到无限位点行为，为分子钟推断的理论极限提供统计框架。

贝叶斯估计在可测量进化种群中分化时间的局限性

首次系统评估25种长读长分型工具的准确性与实用性，采用多策略验证（HPRC组装一致性、孟德尔一致性、工具间一致性、分子方法敏感性），揭示长度准确度与序列级准确度的差异，并提供实际应用中的工具选择指南。

纳米孔长读长基因组中串联重复分型方法的全面评估

创新性地采用系统级方法解析O-GlcNAc转移酶的底物及其相互作用蛋白网络，揭示O-GlcNA糖基化修饰与细胞信号网络的协调调控机制，为理解复杂细胞过程提供新视角。

破解O-GlcNA糖基化网络的密码

首次通过氢/氘交换质谱与溶液核磁共振联用技术，揭示了Bpa的组装动态及其与底物的相互作用机制，填补了该蛋白结构异质性研究的空白。

细菌蛋白酶体激活剂Bpa的结构异质性及底物结合机制

创新性提出半舱FRAP实验方法用于螺旋细菌蛋白质扩散研究，建立扩散系数与荧光恢复时间的定量关系模型，并首次在螺旋菌中实现mNeonGreen荧光蛋白扩散系数的定量测量。

实验与模拟FRAP用于螺旋细胞中蛋白质扩散的定量测定

首次揭示TcmN通过配体门控呼吸机制调节腔体体积和形状，平衡催化效率与防止聚集；结合多种技术（NMR、分子动力学模拟等）系统解析配体互作如何调控构象平衡，为聚酮类生物合成工程提供分子机制指导。

构象变化在TcmN芳香酶/环化酶聚酮类生物合成中的作用

创新点包括：1）提出自监督预训练框架，结合高斯混合模型表示单分子点云；2）两阶段优化策略与动态模板更新提升鲁棒性；3）引入聚类误差度量评估融合质量；4）在稀疏标记、大角度旋转等挑战条件下实现纳米级（~1.6nm）分辨率，较现有方法加速100倍以上。

DeepSRFusion：一种用于超分辨率粒子融合的点云深度学习框架

通过全原子分子动力学模拟、量子化学计算和自旋弛豫理论，首次系统阐明了工程化蛋白中结构-功能关系对量子传感性能的影响机制，发现表面区域局部重排而非整体结构破坏是增强灵敏度的关键，并建立基于能量间隙和几何构型的传感器设计规则。

揭示工程化蛋白中增强量子传感的特性

创新性整合转录组与空间蛋白成像技术揭示急性肾损伤早期分子机制，发现尿调节素通过空间区隔免疫细胞、抑制Nlrc4依赖的替代性炎性小体通路，调控肾小管-免疫细胞通讯，为急性肾损伤治疗提供新靶点。

尿调节素促进免疫区隔并抑制替代性炎性小体介导的免疫至集合管炎症信号激活在早期急性肾损伤中的作用

创新性地将AI工具（如Gemini 2.5 Pro）应用于合成核酸客户验证流程，实现与人工审核相当的准确率（90% vs 89%），且成本降低至1/10（$1.18 vs $14.04），信息收集任务成本更是低至$0.23/客户，为生物安全筛查提供高效低成本解决方案。

评估AI辅助客户验证在合成核酸筛查中的应用

创新性构建酵母衰老单细胞分析平台，首次实现跨物种蛋白质组空间重编程的定量解析，揭示蛋白质结构特征与衰老进程的生物物理关联规律。

衰老的时空蛋白质组景观：年龄敏感蛋白质组重构的结构决定因素

发现Campylobacter通过与Enterococcus spp.的共存获得抗生素耐药性优势，Enterococcus的MDR表型可通过双物种互作保护Campylobacter免受多种抗生素作用，为抗生素治疗提供了新的研究视角。

双物种相互作用保护弯曲杆菌免受多种抗生素影响

创新性地采用CITE-Seq技术同步解析单细胞转录组与表面蛋白特征，首次发现RPESC-RPE与PSC-RPE在成熟视网膜功能相关基因、干细胞发育基因及免疫调节相关表面蛋白（CD24/CD57）表达上的显著差异，为RPE细胞替代治疗提供关键分子分型依据。

单细胞转录组学和表面蛋白表达揭示人RPESC-RPE和PSC-RPE中不同的细胞和分子表型

创新性提出整合GWAS与cWAS的统一分析框架，开发深度加权拟二项式模型解析免疫细胞比例遗传调控机制，首次通过PRS推断遗传调控比例并揭示其与复杂疾病（如1型糖尿病、克罗恩病）的关联。

识别免疫细胞类型比例的遗传调控及其对自身免疫疾病的影响

创新点包括：1) 通过LLM选择预验证工具模式而非生成自由代码，确保分析可重复性；2) 基于Model Context Protocol整合60+方法跨越Python/R生态；3) 实现跨平台验证与多步骤分析的确定性复现；4) 支持跨方法框架的探索性分析验证。

ChatSpatial：基于模式约束的智能代理编排，实现可重复和跨平台的空间转录组学

首次发现脑干外侧旁核中神经紧张素阳性神经元在结肠炎中被特异性激活，揭示其通过编码肠道伤害性信号调节结肠敏感性和胃肠功能的新机制，并证实神经紧张素信号通路是治疗结肠炎相关内脏痛的潜在靶点。

结肠炎诱发的内脏痛募集中枢神经紧张素神经元调节结肠敏感性

揭示了FFA2和FFA3受体通过非经典信号通路调控GLP-1分泌的机制差异：FFA2激活抑制分泌且不依赖Gq/Gi信号，而FFA3激活促进分泌且不依赖cAMP；发现SCFA和酮体通过不同受体-配体组合产生相反的代谢效应。

短链脂肪酸受体在释放GLP-1的肠内分泌细胞中的非经典信号机制

首次系统验证非神经元组织中Tau蛋白的广泛表达，发现Tau在唾液腺、肾脏、骨骼肌、心脏、胰腺和食道等组织中存在，并揭示其异常表达可能与非脑部疾病相关

人类和小鼠非神经元Tau的表达

创新性开发适用于FFPE组织的单核RNA测序技术，首次揭示VUE中滋养层异常MHC I类分子表达、免疫细胞浸润模式及JAK-STAT信号通路异常，阐明母胎免疫耐受破坏的细胞机制。

配对福尔马林固定石蜡包埋胎盘的单细胞分析揭示病因不明的慢性绒毛炎中滋养层重编程和免疫失调

创新性地揭示Septin复合物通过调节微管稳定状态维持突触结构的新机制，首次在果蝇神经肌肉接头系统中解析Sep2/Sep5的分子功能，发现Septin缺失导致tau和ringmaker等关键基因表达变化，为神经元细胞骨架调控提供了新的结构组织视角。

Septin复合物调控神经肌肉接头处的微管组织和突触功能

创新点包括：1）利用β-半乳糖苷酶产物的远红荧光特性实现自动化定量；2）开发标准化工作流程和软件应用，提升检测灵敏度和可重复性；3）拓展至组织切片检测，增强方法适用性。

FAβ-gal：一种基于荧光的衰老相关β-半乳糖苷酶X-gal测定自动化定量方法

首次在C. elegans中发现SAS-1与SSNA-1形成的动态中心粒卫星具有脊椎动物类似特征，揭示其依赖微管骨架、呈现剂量依赖性及生物分子冷凝物特性，并证明其进化保守性。

SAS-1和SSNA-1在C. elegans中形成动态的中心粒卫星

首次揭示二甲双胍通过AMPK-SIRT1-PGC-1轴恢复血管平滑肌细胞线粒体稳态抑制腹主动脉瘤进展的机制，明确PGC-1在该过程中的非冗余保护作用，为药物再利用和靶向PGC-1治疗提供理论基础。

二甲双胍通过AMPK-SIRT1-PGC-1α轴恢复血管平滑肌细胞线粒体稳态稳定腹主动脉瘤

发现ZMPSTE24通过催化失活突变体ZMPSTE24-E336A可捕获并稳定IFITM3的异常拓扑异构体（C端胞质化），揭示ZMPSTE24在膜蛋白拓扑质量控制中的新功能，即可能参与纠正或清除异常IFITM3分子。

锌金属蛋白酶ZMPSTE24结合尾锚定蛋白IFITM3的独特拓扑异构体

创新性地开发了基于PROTACs的并行筛选策略，通过有限化合物库（175个）同时探索四种靶标的降解可能性，发现FBXO22自降解机制及CRBN/VHL介导的FBXO22降解剂，显著提升降解剂开发效率。

直接生物学方法实现快速识别高效FBXO22降解剂

首次利用宏转录组数据揭示MaRNAV-1在东南亚、南美和大洋洲的分布；发现该病毒仅与P. vivax共存的宿主特异性；通过系统发育分析推测其可能起源于东南亚。

绘制与恶性疟原虫相关病毒MaRNAV-1的全球分布和传播图谱

首次系统比较了Ultima UG100与Illumina NovaSeqX平台的全基因组测序错误特征，发现UG100在同聚物区段、GC富集区及读长末端存在显著错误率差异，并揭示高置信度区域（UG HCR）排除临床相关变异的潜在影响。

全基因组基准测试揭示Ultima UG100和Illumina NovaSeqX平台的上下文相关错误率

首次发现SOD1乳酰化修饰通过诱导构象变化抑制其酶活性，从而加剧椎间盘退变的分子机制，为IVDD治疗提供了新的潜在靶点。

SOD1乳酰化通过构象变化损害其酶活性以加重椎间盘退变

发现NAT10介导的RNA ac4C修饰是结肠上皮细胞衰老的关键调节因子，揭示NAT10通过N4乙酰化调控DYRK1A促进肠道衰老的分子机制，并提出NAT10作为治疗老年人发病结肠炎的潜在靶点

靶向NAT10通过破坏DYRK1A的N4乙酰化缓解结肠衰老和老年人发病的结肠炎

首次系统表征白色念珠菌静止状态的形态学、分子及生物物理特性，发现静止细胞通过基因表达重塑（核糖体基因下调、自噬通路激活）显著增强对多种抗真菌药物（如两性霉素B）的耐受性，揭示静止状态与药物抗性之间的新机制。

静止状态提高白色念珠菌在杀菌药物暴露下的存活率

首次揭示P2噬菌体与P4卫星病毒防御系统的快速模块化进化机制，发现防御基因在不同噬菌体间高频重组形成新型嵌合系统，且P4与P2虽共存却极少交换防御基因，同时发现隐秘染色体位置存在功能相似的防御系统。

P2噬菌体及其P4卫星病毒抗病毒基因库的快速模块化进化：穿梭、交换与混合

发现PRMT1/Hmt1在氧化应激下通过非催化机制溶解α-突触核蛋白聚集体，促进其通过泛素蛋白酶体系统清除，且催化失活突变体和抑制剂反而增强清除效果，揭示了甲基转移酶在蛋白质质量控制中的非典型功能。

PRMT1/Hmt1通过非催化途径驱动α-突触核蛋白聚集体溶解

创新性地开发了基于AAV的体内高通量筛选平台，可直接在疾病微环境中进行基因编辑操作（敲除/功能获得/miRNA敲低），并建立跨物种、跨器官系统的高通量筛选体系；通过将单细胞转录组数据与人类疾病分子特征库比对，实现了靶点疗效的定量评估，成功在肺纤维化和骨关节炎模型中验证了代谢/抗纤维化/免疫调节靶点。

一种多物种、模态无关的可扩展体内镶嵌筛选平台用于治疗靶点发现

首次揭示B7-H3在急性卒中后神经炎症调控中的双重作用机制，发现其抑制可平衡抗炎与免疫防御功能，为卒中治疗提供新靶点

抑制免疫检查点B7-H3重塑急性神经炎症并在急性缺血性卒中后保护大脑

首次系统揭示市售蜂蜜酒酵母的基因组多样性，发现商业葡萄酒谱系酵母的基因组结构变异及杀伤活性丢失现象；明确历史欧洲和非洲蜂蜜酒酵母与现代商业菌株的遗传差异；量化不同酵母在乙醇耐受性（15-22% v/v）和香气成分（乙酸乙酯、乙基辛酸酯等）上的显著差异，为蜂蜜酒发酵菌种选育提供理论依据。

市售酿酒酵母（用于蜂蜜酒发酵）的比较分析

首次发现转录因子Scleraxis a（scxa）通过缺氧/Hif1a信号轴调控心外膜祖细胞向新型血管支持性Epi-PMCs分化，揭示了scxa-Col18a1a轴在冠脉发育和心脏再生中的关键作用，并鉴定出分子特征明确的Epi-PMCs新细胞亚群。

缺氧激活的Scleraxis a介导心外膜祖细胞分化为一种独特的心脏血管周围细胞类型

创新性揭示了珊瑚在城市化环境中通过维持稳定藻类共生体（Cladocopium和Breviolum）与动态调整细菌群落（如Alteromonas和Synechococcus富集）的双重适应机制，首次系统证明细菌功能代谢重组（如污染降解和营养循环）对珊瑚耐受城市化压力的关键作用。

城市生活：迈阿密城市珊瑚的共生体稳定性及细菌组成和功能可塑性

发现Hopx基因调控星形胶质细胞清除Aβ斑块的功能，敲除Hopx导致清除功能障碍，而过表达Hopx可增强星形胶质细胞吞噬功能并减少神经毒性表型，为AD治疗提供新靶点

Hopx表达标记阿尔茨海默病中清除Aβ的星形胶质细胞

首次通过近单细胞空间转录组学结合细胞分割技术，揭示神经内分泌肿瘤中跨解剖部位共享的10种间质转录状态，发现肌成纤维细胞与补体分泌型成纤维细胞在肿瘤微环境中存在空间分隔现象，并阐明其与胶原密度和肿瘤界面的关联。

神经内分泌肿瘤中肌成纤维细胞和补体分泌型癌相关成纤维细胞的空间组织

发现基因突变体通过全基因组转录水平的适应性变化（包括内吞相关基因上调和免疫基因调控）实现蛋白质吸收能力增强；揭示了适应性演化可通过近交繁殖和自然选择反复发生；阐明了肠道细胞功能与生存率之间的分子机制关联。

全基因组转录变化介导斑马鱼对蛋白质营养不良的渐进性和复发性适应

开发了两种策略克服LNPs肝脏富集问题：1）设计阻断LDLR结合的突变型dApoE；2）利用haPCSK9内化LDLR。结合抗体偶联技术实现向T细胞、脑和肺组织的靶向递送，并成功用于多种组织的mRNA/miRNA递送及CAR-T细胞工程。

通过冠层工程实现可编程脂质纳米颗粒靶向

发现胰腺癌早期小肿瘤即可引发胰腺内外分泌功能障碍，导致全身营养耗竭和肌肉脂肪流失；通过补充葡萄糖/氨基酸或胰酶可恢复肌肉质量；揭示自噬是胰腺癌肌肉消耗的核心机制，且改善营养会促进肿瘤生长。

胰腺癌相关器官功能障碍促进肌肉自噬并导致周围组织消耗

首次揭示南极磷虾大脑中昼夜节律钟的神经结构，发现β-PDH阳性神经元集群与核心时钟基因cry2/per的共定位关系，为理解极地生物适应极端环境的分子机制提供关键神经解剖学基础。

极地关键物种南极磷虾（Euphausia superba）的神经钟网络

发现微胶质细胞缺陷的斑马鱼视网膜在视锥细胞消融后仍能维持视锥细胞再生能力，同时出现新型免疫细胞群体（与微胶质细胞表型不同）的动态变化，提示非微胶质细胞免疫系统可能参与视网膜再生调控。

微胶质细胞缺陷的斑马鱼幼鱼视网膜视锥细胞消融引发再生反应及代偿性免疫细胞反应

首次发现LRRK2 G2019S突变通过ROS依赖的PARP1过度激活通路导致核DNA损伤修复缺陷，揭示了PARP1抑制剂与LRRK2突变细胞的合成致死效应，为PD治疗提供新靶点。

与帕金森病相关的LRRK2 G2019S驱动氧化性核DNA损伤和PARP1过度活跃信号通路

创新性整合CRISPR Cas13a与机器学习算法开发快速检测技术，实现单反应等温扩增与便携式荧光检测平台集成，同时验证冻干试剂在无冷链环境下的可行性。

基于Cas13a的penA基因分型用于脑膜炎奈瑟菌西司他丁耐药性检测

创新性提出AHARibo方法揭示衰老细胞翻译组动态变化，发现早期衰老阶段存在显著的翻译解耦现象，鉴定ZFP36家族蛋白调控炎症因子翻译的新机制，并首次发现年轻LINE-1逆转座子在衰老过程中的阶段特异性翻译活性。

通过核糖体分析揭示衰老细胞的翻译组

发现Murr1基因产物在静止CD4+淋巴细胞中具有抑制HIV-1复制的功能，为理解宿主抗病毒机制提供了新视角。

关注性编辑评论：Murr1基因产物限制静止CD4+淋巴细胞中HIV-1的复制

通过破坏色氨酸酶基因使大肠杆菌从寄生转变为共生，发现该基因缺失可减少毒性吲哚积累并促进色氨酸积累，揭示了基因功能调控昆虫-细菌共生关系的新机制。

色氨酸酶基因破坏促进昆虫-细菌共生

提出硫化学生物学框架，建立半胱氨酸巯基反应性与氧化形式动力学的关联，实现蛋白质组范围的氧化还原状态映射与动态监测，揭示半胱氨酸氧化具有可编程调控的密码特性。

通过硫化学生物学定义和精炼半胱氨酸氧化还原组

开发了一种新型杂交膜细胞外囊泡，可靶向递送至巨噬细胞调节线粒体ROS水平，为糖尿病伤口愈合提供了创新治疗策略。

杂交巨噬细胞-线粒体细胞外囊泡用于糖尿病伤口中的线粒体ROS调节

创新点包括：1. 使用冷冻电镜技术解析UBA6与E2相互作用的结构基础；2. 发现肌醇六磷酸结合位点在调控E1-E2特异性中的关键作用；3. 揭示UBA6同时催化泛素和FAT10硫酯转移的分子机制。

冷冻电镜揭示UBA6的结构，阐明E1-E2特异性及双重FAT10/泛素硫酯转移机制

首次在原子水平揭示抗体介导B-Z DNA转变的结构机制，发现cZ22-Fab通过磷酸钳夹和碱基相互作用稳定Z-DNA，明确重链残基R50和Y106的结合关键性，并观察到5′-端C悬垂的Z-DNA二聚体结构。

抗Z-DNA抗体介导的B型到Z型DNA转变的结构基础

首次解析Type I-F2系统Cascade-Cas3复合物的冷冻电镜结构，揭示Cas5独立完成PAM识别、Cas7直接招募Cas3的新型机制，阐明无Cas8/Cas11亚基情况下通过Cas3构象变化实现DNA解旋降解的分子基础，为超紧凑型CRISPR系统工程化改造提供结构依据。

Type I-F2 CRISPR–Cas系统中不依赖Cas8的Cas3招募的结构基础

1. 揭示U2AF2的RS结构域通过调控蛋白质相互作用和核定位影响可变剪接；2. 发现U2AF2的局部浓度限制导致核斑点邻近区域剪接异常；3. 通过邻近标记技术扩展了U2AF2的功能网络，包括染色质修饰和RNA甲基化相关蛋白；4. 首次明确U2AF2的磷酸化位点对剪接调控的必要性。

U2AF2通过RS结构域依赖的方式调控核斑点邻近区域的可变剪接

首次发现FOXN3通过稳定KU70/KU80/SREBP-1复合物调控脂质代谢相关基因转录，揭示FOXN3磷酸化修饰通过破坏复合物稳定性抑制NAFLD进展的分子机制，并发现临床样本中FOXN3磷酸化水平与脂质基因启动子富集程度的负相关性。