该更正文章可能修正了原研究中关于核糖体合成肽的ADP-核糖基化修饰机制的描述，或补充了该修饰在蛋白质功能调控中的新发现。

对Guo等人文章的更正：一种核糖体合成并经翻译后修饰的具有ADP-核糖基化的肽

揭示了线虫通过构建特殊结构促进跨生物界（如植物-真菌）营养物质交换的新型共生机制，为理解生态系统中复杂互作网络提供了新视角。

线虫构建的跨界生物营养相互作用通道

创新性地揭示了突变率变化的机制，突破了传统遗传漂变理论的限制，为理解进化动力学提供了新视角。

突破漂变障碍：为什么突变率会变化？

创新性地利用特异性浸润肿瘤的效应细胞作为毒素递送载体，通过局部释放致命毒素实现精准抗癌，显著降低系统性给药导致的全身毒性风险。

搭载致命毒素的效应细胞用于癌症治疗的潜力

通过早期分化文昌鱼的基因组测序，揭示了头索动物在脊索动物向脊椎动物进化过程中的关键基因演化机制，为理解脊椎动物祖先特征提供了遗传学证据。

从早期分化文昌鱼Asymmetron lucayanum的基因组和基因进化看头索动物的进化洞察

揭示了在均匀刺激条件下炎症反应的空间异质性，阐明了免疫细胞间通过信号传导实现空间协调的新型机制，并提出了区分病原体驱动空间效应的新方法论。

存在均匀刺激下的空间结构化炎症反应

首次在群体层面验证系统漂移理论，揭示系统组件可在选择约束下独立进化并导致物种间功能差异的机制

定量系统漂移

发现SUN5蛋白通过构建规则蛋白晶格结构，强化精子头尾连接处的机械稳定性，揭示了LINC复合物在精子结构中的新功能机制，并利用超分辨率显微镜技术解析了亚细胞尺度的蛋白排列规律。

SUN5形成规则蛋白晶格增强精子头尾连接处

首次揭示转谷氨酰胺酶2（TG2）的交联活性是驱动α-突触核蛋白病理形成的核心机制，为突触核蛋白病（如帕金森病）提供了新的治疗靶点。

转谷氨酰胺酶2的交联活性驱动突触核蛋白病模型中的α-突触核蛋白病理学

发现光感受器通过进化保守的分子通路调控生物生长和寿命，揭示了光环境对发育和衰老的分子机制，为理解环境因素与生物节律的交互作用提供新模型。

光感受器通过进化保守的分子通路调控多毛纲环节动物的生长和寿命

首次通过整合结构生物学方法解析RIPK1纤维的原子级三维构架，阐明其高阶组装的分子机制，为理解蛋白质高阶结构功能关系及结构设计提供新范式。

整合结构生物学揭示RIPK1纤维高阶结构的原子级构架与组装机制

首次揭示SMARCA4与TMEM47蛋白轴在基孔肯雅病毒RNA复制中的核心调控作用，为开发针对该病毒的新型抗病毒药物提供了潜在靶点。

SMARCA4–TMEM47轴在基孔肯雅病毒RNA复制中发挥关键作用

首次发现CLSTN3通过抑制TLR的N-糖基化修饰和膜定位，从而负向调控TLR介导的炎症反应，揭示了新的炎症调控机制

Calsyntenin-3通过抑制TLR的N-糖基化和膜定位来抑制炎症

揭示了EpeE酶在RiPP天然产物生物合成过程中对不同修饰位点的特异性反应机制，为理解复杂天然产物的合成途径提供了新视角。

自由基SAM酶EpeE在RiPP天然产物epipeptide生物合成中表现出独特的位点反应性

开发了位点定向的自旋标记技术，可在复杂细胞环境中特异性增强RNA的核磁共振信号，突破传统NMR对RNA结构动态研究的局限性。

通过位点定向双硝基氧自由基标记实现RNA的靶向核磁共振信号增强

构建了覆盖近2000个转录因子的全基因组图谱，首次发现TOX3作为Atoh1共激活因子在小脑发育与肿瘤发生中的双重调控机制，为神经发育疾病和肿瘤治疗提供新靶点。

转录调节因子图谱揭示TOX3在小脑发育和肿瘤发生中的Atoh1共激活因子作用

首次发现猴痘病毒OPG188蛋白通过核酸酶活性降解2′3′-免疫信号分子，从而抑制宿主cGAS–STING通路；揭示病毒免疫逃逸新机制，为抗病毒治疗提供潜在靶点。

猴痘病毒蛋白OPG188拮抗cGAS–STING抗病毒信号通路以介导免疫逃逸

发现水稻UDP-葡萄糖基转移酶IAAspGT催化N-糖基化反应，揭示糖基化修饰通过调控生长素代谢影响水稻生长性状的新机制，为植物生长调控提供分子靶点

吲哚-3-乙酰氨基酸的N-糖基化调控水稻生长素代谢和生长性状

首次明确C4BP是抗磷脂酰乙醇胺自身抗体的抗原靶点，揭示了此类抗体通过靶向补体系统调节免疫应答的致病机制，为自身免疫性疾病的治疗提供了新靶点。

C4b结合蛋白作为抗磷脂酰乙醇胺自身抗体发病机制中的抗原靶点

发现大肠杆菌中大量ORFans基因主要来源于水平基因转移而非自身基因复制演化，颠覆了传统认为ORFans由基因复制产生的观点，揭示了细菌基因组演化中基因获取机制的重要性。

外源导入而非自身演化基因在大肠杆菌ORFans中占主导地位

发现FMT蛋白通过与NAC转录因子相互作用，调控核基因编码的线粒体蛋白在细胞内的翻译定位，揭示了细胞器蛋白合成的空间调控新机制。

拟南芥友好（FMT）蛋白与NAC相互作用并决定核编码线粒体蛋白的翻译位置

创新性地结合Hi-C接触图谱与能量景观方法，揭示SMC复合物通过重塑染色体结构实现DNA分离的分子机制

探索细菌染色体分离的能量景观

通过基因组分析发现真核生物的植烷醇合成核心基因集源自粘细菌的水平基因转移，揭示了这一关键膜脂代谢途径的进化起源机制，解决了其在真核生物中分布不均的进化谜题。

真核生物植烷醇生物合成起源于粘细菌的水平基因转移

揭示ATP13A2通过调节线粒体稳态抑制巨噬细胞NLRP3炎症小体激活的新机制，为理解帕金森病免疫病理机制提供理论依据。

ATP13A2通过调节线粒体稳态抑制巨噬细胞NLRP3炎症小体激活以抑制神经退行性变

开发了一种基于合成SIGLEC9的嵌合开关受体，通过改造CAR巨噬细胞的信号传导机制，显著提升其对抗胶质母细胞瘤的治疗效果。

基于合成SIGLEC9的嵌合开关受体增强CAR巨噬细胞对抗胶质母细胞瘤的疗效

首次解析了结核分枝杆菌长链酰基辅酶A羧化酶复合物的三维结构，揭示了其底物特异性识别机制及与MSMEG_0435-0436蛋白相互作用的分子基础，为抗结核药物开发提供新靶点。

结核分枝杆菌长链酰基辅酶A羧化酶复合物底物特异性及MSMEG_0435-0436结合的结构基础

开发了一种基于无染色体、非复制细胞的抗菌治疗平台，通过工程化改造细胞实现精准抗菌功能

重编程的SimCells用于抗菌治疗

首次揭示磷酸化修饰与DNA损伤修复通路在SOX2介导的胶质细胞重编程中的协同调控机制，发现两个关键分子开关解决重编程效率瓶颈，为中枢神经再生提供新靶点

磷酸化与DNA损伤修复协调SOX2介导的体内重编程

发现SEL1L–HRD1介导的ERAD（内质网相关降解）与自噬通路的协同作用，揭示了棕色脂肪细胞在高代谢压力下通过蛋白质质量控制维持线粒体稳态的新机制。

SEL1L–HRD1 ERAD-自噬相互作用维持棕色脂肪细胞中的线粒体稳态

创新性地构建了α-突触核蛋白蛋白稳态网络的定量评估框架，为神经退行性疾病的蛋白稳态崩溃机制研究提供了新范式。

α-突触核蛋白蛋白稳态网络及其在帕金森病中的转化应用

首次发现POLR3A/POLR3C基因有害变异导致RNA聚合酶III功能缺陷，揭示线粒体DNA感知障碍与重症COVID-19患者I型干扰素免疫缺陷的分子机制

肺上皮细胞中RNA聚合酶III对线粒体DNA的感知缺陷损害了对SARS-CoV-2的I型干扰素免疫

发现去泛素化酶DUO-1通过调控泛素化修饰动态，维持减数分裂中染色体结构的稳定性，揭示了染色体结构重塑与泛素化系统之间的新机制

去泛素化酶DUO-1通过主动维持秀丽隐杆线虫减数分裂特异性染色体结构

开发了高亲和力、结构验证且选择性的大环肽工具，为研究亨廷顿蛋白的分子功能提供了新的化学生物学研究手段。

高亲和力、结构验证且选择性大环肽工具用于亨廷顿蛋白的化学生物学研究

发现登革病毒通过劫持蚊子宿主蛋白Syntenin实现病毒RNA选择性包装到囊泡（EVs）中，并通过唾液囊泡传播的分子机制，为抗病毒策略提供新靶点。

登革病毒利用蚊子Syntenin将病毒RNA加载并分泌到唾液囊泡中

首次揭示CUB2结构域与肠肽酶相互作用的原子级结构细节，阐明其在胰蛋白酶原特异性激活中的分子机制，为相关消化系统疾病治疗提供新靶点

CUB2结构域在肠肽酶介导的胰蛋白酶原激活中的结构洞察

通过将一种细菌的基因组移植到另一种细菌的‘死亡’细胞中，使这些细胞重新获得生命活动能力，为合成生物学提供了新的技术手段。

‘僵尸细胞’死而复生——基因组移植后复活

开发了基于ABC转运蛋白依赖性荚膜的计算机模拟分型数据库，为研究血液感染相关大肠杆菌的荚膜流行病学和进化机制提供新工具

与大肠杆菌侵袭潜力相关的转运蛋白依赖性荚膜基因位点的鉴定

发现生物分子凝聚体可通过非酶促机制催化代谢物还原胺化反应，实现C–N键的体外形成，并调控大肠杆菌细胞代谢，为理解无酶催化机制和代谢调控提供了新视角。

生物分子凝聚体介导C–N键形成

发现无固有催化活性的无序蛋白质冷凝物可通过静电催化机制促进还原胺化反应，揭示了非酶系统模拟酶催化活性的新机制。

界面阴影代谢

开发了基于结构工程的组蛋白H3竞争性LSD1抑制剂TAS1440，通过提高特异性并减少脱靶效应，在SCLC细胞中实现转录调控和表观遗传重编程，克服现有LSD1抑制剂的局限性。

LSD1抑制剂TAS1440通过转录重编程破坏INSM1-LSD1复合物激活神经内分泌SCLC中的肿瘤抑制通路

创新性提出基于母源/父源起源的遗传变异分配方法，突破传统测序技术无法区分双亲等位基因的局限性，并首次实现染色体水平的相位分析，为精准医学提供新工具

Strand-seq与个性化基因组学的未来

创新性地利用复制蛋白A（RPA）作为生物标记物，通过其与单链DNA中间体的结合特性，实现对CRISPR-Cas基因组编辑全基因组范围脱靶效应的无偏好性检测。

Tracking-seq：一种用于CRISPR-Cas基因组编辑的通用脱靶检测方法

创新性地利用历史博物馆标本追溯北极痘病毒（BRPV）在野生小哺乳动物中的存在时间，发现其在人类病例报告前17年（1998-1999年）已存在于北方红背田鼠中；结合现代样本与历史标本的跨时空分析，揭示BRPV可能的宿主范围和传播路径；通过博物馆标本的再利用，为新兴病原体的时空分布研究提供新方法。

历史和当代博物馆标本表明北方红背田鼠是北极痘病毒宿主，早在1990年代

创新性地结合自动化液处理与主动学习框架，通过功能组划分和迭代实验快速优化PURE系统组成，实现蛋白产量3倍提升；揭示DNA浓度依赖的优化规律，并证明合成染色体表达优化具有基因特异性。

使用自动化和主动学习优化PURE系统组成

创新性提出两阶段动态代谢控制策略，通过代谢阀门调控竞争性路径酶活性和NADPH通量调节，实现乙二醇生物合成效率的显著提升，并在扩大培养中达到140g/L的高产率。

利用两阶段动态控制在工程化大肠杆菌中改进木糖制乙二醇的生物合成

创新性地通过L-azidohomoalanine标记和点击化学技术解析休眠配子体翻译组，发现PLP生物合成是蚊虫传播阶段发育的关键途径，为抗疟药物开发提供新靶点。

静止的恶性疟原虫配子体翻译组揭示寄生虫吡哆醛5'-磷酸（PLP）生物合成对有效蚊虫阶段发育至关重要

发现Lig E通过ATP依赖机制增强细菌对含单链或粘性断裂的受损DNA的转化能力，并揭示液体培养过程中胞外ATP浓度变化与该过程的关联性。

DNA连接酶Lig E促进受损胞外DNA的转化

1. 发现II型RhlB解旋酶的N端无序区域驱动RNA依赖的液-液相分离并增强活性；2. 首次揭示P. aeruginosa RNase E通过拮抗而非促进RhlB相分离来调控凝聚体；3. 提出凝聚体溶解作为RNA解旋酶活性调控的新机制，拓展了RNA degradosome的调控范式。

RNase E通过对抗II型RhlB解旋酶的相分离来分解有毒凝聚体

首次证明MaRNAV-1在疟原虫生命周期各阶段的感染性，揭示其与寄生虫传播潜力及宿主炎症因子水平的关联，同时发现病毒载量与无症状感染的相关性，并通过转录组分析阐明宿主免疫细胞组成变化。

MaRNAV-1感染间日疟原虫与寄生虫传播增加及宿主炎症反应相关

首次整合扩增子测序与宏基因组测序技术，发现Achromobacter属在不孕症中的显著富集，揭示其作为女性不孕潜在生物标志物的价值，并提出基于微生物组的诊断干预新方向。

HPV阴性女性宫颈阴道菌群失调：宏基因组证据表明Achromobacter与女性不孕相关

创新性构建真菌-细菌协同的合成微生物共生物种，通过电活性细菌、促生根际菌和真菌的联合作用提升MFC电化学性能；发现P. putida在MFC中产生铁载体促进植物生长；添加QS类似物1-十二醇显著优化生物电化学参数，实现废水处理与植物营养供给的协同增效。

整合真菌-细菌协同作用以增强循环MFC-水培系统性能

首次提供长期田间试验的基因组解析数据集，包含149年实验的230个MAGs，特别揭示了古菌氨氧化菌在不同农业管理下的优势地位，并建立农业实践影响土壤微生物的基因组级基准。

来自历史性的莫罗地块的首个宏基因组拼接基因组揭示管理相关古菌氨氧化菌的优势

首次在尿液条件下验证噬菌体对耐药菌的裂解活性，发现尿液环境抑制耐药突变体生长；鉴定出三种基因组特征明确的新型噬菌体，其中EDIRA092对29%临床分离株有效，为噬菌体治疗尿路感染提供候选方案。

在尿液中具有活性的裂解性噬菌体对临床分离的耐多药肺炎克雷伯菌引起的尿路感染的作用

创新点包括：1）开发单一工程菌株同时利用五种塑料单体（乙二醇、对苯二甲酸等）；2）通过连续发酵实现稳定生长和完全底物消耗；3）直接从混合塑料酶解液合成(R)-3-羟基丁酸（R-3HB）。

工程改造假单胞菌KT2440用于混合塑料的开环升级回收

首次在大西洋海气界面大规模研究微生物群落的纬度多样性梯度，发现空气微生物群落的多样性随纬度增加而增加，且观察到海洋与空气间存在选择性微生物交换现象。

大西洋海气界面的纬度多样性梯度与选择性微生物交换

创新性揭示碱性磷酸酶（AP）在微生物碳获取中的作用，发现AP不仅是磷循环关键酶，还可能作为碳应激响应机制参与有机碳利用，颠覆传统认知；通过实验验证海洋细菌Ruegeria pomeroyi利用不同有机磷化合物的异养生长能力，阐明AP活性与碳源利用效率的动态关系。

碱性磷酸酶活性支持沿海时间序列站点及代表性海洋细菌的异养碳获取

通过结合14,000个SNARE跨膜结构域的统计分析与28个人类SNARE的分子动力学模拟，发现早期分泌途径（ER/Golgi）与晚期分泌/内吞途径SNARE蛋白的跨膜结构域存在显著组成差异（早期富集苯丙氨酸，晚期富集异亮氨酸），揭示了膜组成差异如何塑造SNARE蛋白的进化适应性。

跨膜结构域组成反映SNARE蛋白的亚细胞定位

创新性揭示铵/烷基铵反离子通过氢键作用、碱催化和脱水特性三重机制促进RNA聚合，实现胞嘧啶单体至七聚体及AU/GC/GCAU共聚物合成，为生命起源中RNA演化提供地质化学新路径。

富胺局部大气中2',3'-环核苷酸增强RNA形成

1. 首次通过冷冻电镜解析PATCHED1与抑制剂PAH的复合物结构；2. 揭示PAH通过氢键作用机制抑制药物外排的新机制；3. 发现PAH分子中可进行化学修饰的疏水腔位点，为开发新型抑制剂提供结构指导。

刺猬信号受体PATCHED1药物外排活性抑制的结构和细胞层面见解

首次揭示人类线粒体TrpRS与吲哚霉素结合的晶体结构，发现ATP和Mg²+通过协同作用增强结合亲和力；阐明线粒体与细菌TrpRS在ATP/吲哚霉素结合机制上的相似性及与细胞质TrpRS的差异；通过热力学实验证实Mg²+-ATP复合物对吲哚霉素结合的显著促进作用。

ATP和Mg²⁺对吲哚霉素与人类线粒体色氨酸tRNA合成酶高亲和力结合的必要性

开发了一种高效的mRNA递送方法，能够精准靶向内皮细胞，为相关疾病的治疗提供了新策略

mRNA递送到内皮细胞

通过分析冰河时期土壤中的古DNA，研究人员能够获取远古人类和生物的遗传信息，从而改写人类迁徙和进化的部分历史章节。

泥土中的DNA如何颠覆人类起源研究

创新性地运用宏基因组学技术大规模解析潮间带泥滩生态系统的大型DNA病毒多样性，揭示其生态分布规律及环境驱动因素，填补了该类病毒在典型滨海湿地生态位的认知空白。

通过宏基因组学揭示潮间带泥滩中大型DNA病毒的生物多样性

提出DIAMOND DeepClust方法，实现超快速低序列同一性蛋白质聚类，通过大规模降维提升AlphaFold2的蛋白质结构预测效果

利用DIAMOND DeepClust聚类生命蛋白宇宙

创新性地结合深度学习与湿实验多目标筛选流程，通过独立模型微调实现双适应性进化，显著提升T7 RNA聚合酶的热稳定性和高温活性（Tm提升>10°C，活性增强60倍），并降低副产物含量70%。

深度学习引导的T7 RNA聚合酶双适应性进化以增强稳定性和活性

1. 发现SaCas9单gRNA可完全清除野生型HIV-1基因组；2. 双gRNA策略（Gag3+Pol5）实现97%高效切除；3. 揭示gRNA动力学兼容性与切除效率的定量关系；4. 提出基于动力学协同的gRNA选择优化框架。

阐明CRISPR–SaCas9动力学以实现有效HIV DNA切除的双gRNA策略

开发了基于环状排列荧光蛋白技术的G4-Flame生物传感器，实现了活细胞内G4-DNA动态的实时高分辨率可视化，具有跨多种G4构象的特异性，并揭示了G4-DNA在细胞周期中的时空分布规律及癌症诊断潜力。

G4-Flame作为G4-DNA可视化生物传感器的开发与应用

创新性整合CRISPRi、ChIP-seq和RNA-seq等多组学技术，首次揭示MtHU通过占据基因编码区抑制RNA聚合酶延伸的全新调控机制，并发现其在宿主免疫逃逸和抗生素耐受中的关键作用。

核体相关蛋白HU通过限制转录延伸影响结核分枝杆菌的细胞功能、毒力和药物耐受性

首次发现Gram-positive细菌Bacillus subtilis中存在Np4帽结构，揭示YqeK基因通过双重酶活性（Np4A水解和脱帽）调控Np4帽动态平衡，且Np4帽在二硫键应激条件下具有潜在生理保护作用。

YqeK调控Firmicutes中核苷四磷酸帽的获得与去除

创新性地通过氢氘交换质谱技术解析了波形蛋白与G-四链体结合时的结构动态变化，发现coil-1B区域暴露导致α-螺旋减少，并鉴定出N端11-30肽段作为特异性G-四链体结合位点，阐明了DNA如何通过调控波形蛋白构象平衡影响其核功能。

揭示波形蛋白与G-四链体重复序列相互作用的分子机制

提出对称组装策略通过抑制解离速率常数(koff)提升适配体亲和力，利用三价组装体实现动力学协同作用，使多种靶标适配体的Kd值达低pM水平，且检测灵敏度提升30倍。该模块化化学策略为工程化超高效适配体提供了通用原理。

通过空间对称组装抑制解离以增强适配体亲和力的通用策略

发现KSHV通过抑制c-Myc下调宿主m5C甲基转移酶NSUN2/1，导致TRIM25等抗病毒因子mRNA稳定性下降，从而促进病毒裂解复制；该机制在EBV感染中也存在，揭示了疱疹病毒利用宿主RNA甲基化调控抗病毒免疫的新策略。

致癌性疱疹病毒通过c-Myc信号通路扰乱m5C RNA甲基化以对抗宿主抗病毒因子

提出两种新型细胞无关的DNA诱变技术：RADDIM（实现单个随机小规模重复/删除/插入）和NSM（实现跨8个以上连续核苷酸的核苷酸约束诱变），解决了传统方法多突变位点导致的表型-基因型映射混乱问题，并可精准调控DNA元件功能与蛋白质结构。

高通量方法实现整个DNA基序的随机重复、删除或核苷酸约束诱变

1. 构建了包含28,359个ncORFs的扩展目录（是前一版本的4倍）；2. 引入翻译特征评分系统，筛选出10,127个与经典蛋白编码基因具有同等翻译证据质量的ncORFs；3. 放宽ORF长度和起始密码子限制，提升目录完整性。

用于生物医学研究的翻译开放阅读框参考目录的扩展

创新性整合8个斑马鱼单细胞转录组数据集，构建跨研究统一的细胞身份注释体系，开发标准化标记基因发现流程和交互式可视化平台，实现跨数据集的细胞类型共识定义。

ZMAP：斑马鱼胚胎发育的单细胞元图谱揭示了细胞身份的共识层次结构

开发了具有抗沉默能力的双着陆垫胚胎干细胞（KELPE），支持多转基因稳定整合；优化了合成邻标技术（PUFFFIN）；设计了新型synNotch接收器细胞，实现可控的细胞间通讯和编程细胞死亡。

KELPE：敲入可交换双着陆垫胚胎干细胞实现合成基因回路的高效筛选

发现幼虫期肠道祖细胞（AMPs）的细胞衰老调控路径通过影响成年肠道干细胞功能、上皮屏障完整性和基因组稳定性，决定果蝇肠道衰老轨迹；揭示Foxo/Atg8a通路延缓衰老、免疫/氧化应激信号早期内激活导致成年肠内分泌细胞异常分化的机制，确立AMPs作为肠道衰老发育决定因子的关键作用。

发育调控祖细胞衰老塑造果蝇长期肠道稳态

首次在古代人类牙结石中鉴定出牙釉质基质蛋白（如amelogenin），突破了传统研究仅关注乳蛋白和口腔微生物的局限；发现牙釉质蛋白可辅助古代个体性别鉴定，拓展了牙结石的考古应用维度；证实不同蛋白质提取技术（SP3/FASP）对牙釉质蛋白检测的适用性。

超越乳制品：古代人类牙结石中牙釉质蛋白的鉴定

首次揭示TAM复合物通过TamA-TamB形成的混合桶状结构及β-taco通道实现磷脂定向运输，发现TamB的DUF490结构域在维持外膜卡氏脂质水平中的关键作用，并提出TAM作为细菌进化原型与真核生物脂质转移蛋白超家族的结构同源性。

TAM介导细菌外膜磷脂运输的机制

创新性地优化了基于pC-HSL信号分子的合成细菌-植物通信通道，使植物能通过根系向地上部分传递微生物活动信号，首次实现地下微生物活性的非侵入式可视化监测，可应用于精准农业和土壤管理。

哨兵植物实现地上部分检测地下土壤微生物活动

发现PIFI通过稳定NDH-PSI超复合物维持质体醌还原空间定位，揭示其在调节AET途径与PSII效率协同作用中的关键机制；通过基因编辑突变体与双突变体实验验证了NDH活性与PSII功能的关联性。

PIFI稳定叶绿体NDH-PSI超复合物以维持质体醌氧化还原平衡和PSII效率

创新性地构建了基于美国玉米带微生物组数据的玉米根际细菌培养集，通过全基因组测序揭示了菌株在根际定殖、植物促生和养分循环中的功能基因，填补了植物微生物组生态互作研究的资源缺口。

ZeaMiC：一种公开可用的玉米根际细菌培养集

发现不同菌株间软骨素硫酸盐降解动力学存在差异，尿素通过调控尿素酶活性抑制特定菌株的降解能力；通过互补实验揭示不同内切酶的功能差异，并发现尿素敏感菌株的致病性减弱。

奇异变形杆菌在软骨素硫酸盐降解动力学及尿素调控中的菌株水平变异

首次明确IFN-β在上皮细胞内的抗衣原体防御作用，揭示TLR3-IFN-β信号轴限制衣原体增殖的机制，阐明不同类型I型干扰素的功能差异，并解释了IFN-β受体缺陷模型中病理变化的矛盾现象。

研究鼠源衣原体诱导的IFN-β在生殖道感染中的作用

创新性地应用移动离线宏基因组测序技术直接检测粪便样本中的肠道病原体，结合长读长ONT测序与实时生物信息学分析，在资源匮乏地区实现快速病原鉴定，同时揭示非霍乱弧菌导致的腹泻病例占比远超预期

基于便携式宏基因组学的综合征性霍乱诊断揭示了布隆迪腹泻病的多种病因

发现MIC60的螺旋束结构域并非其核心功能所必需，即使该结构域缺失或存在致病突变(K299E)，仍能基本维持线粒体结构和功能；揭示MICOS复合物组织模型的模块化特性，推翻了该结构域对MIC60功能不可或缺的传统认知。

蛋白质结构域特征分析揭示人类MIC60可耐受螺旋束结构域的缺失

构建了从出生到成年的人类肺部发育单细胞图谱，发现与成人慢性肺病（如COPD）相关的基因在特定发育阶段的细胞类型中特异性表达，并揭示早产后血管发育基因与成年疾病易感性的遗传关联。

产后的肺发育图谱揭示了慢性肺疾病遗传易感性的关键窗口期

创新性揭示植物宿主通过调节叶面pH作为主动生态过滤器重塑微生物功能景观，发现宿主特异性 trait regimes 驱动微生物功能冗余组装，且短期pH扰动不引发群落功能重组，宏转录组学揭示了宿主-微生物互作的代谢通路分化机制。

宿主介导的pH影响叶面微生物群落的组装和功能

首次揭示独居蜂幼虫细胞内微生物群落的空间分化特征，发现meconium中抗生素产生菌多样性最高，成蜂肠道菌群与幼虫细胞菌群存在潜在传播关联，并发现地面筑巢蜂类可能是新型抗菌物质的富集库。

油收集蜂的优质育儿：Centris蜂巢中的微生物防御机制

首次揭示蜜蜂肠道微生物分泌系统主要通过垂直遗传进化而非水平获得，发现基因丢失是驱动其演化的关键机制，并证明分泌系统主要服务于菌间互作而非宿主特异性适应。

蜜蜂肠道微生物群中分泌系统的垂直遗传与丢失驱动进化

创新性应用宏转录组测序技术发现43%PCR阴性SARI病例存在潜在病原体，揭示26%共感染现象，发现多种未被常规检测覆盖的病毒（如人鼻病毒、冠状病毒等）及细菌/真菌，同时发现耐药基因和毒力基因表达，阐明宿主特征与时间动态对微生物群落的影响。

宏转录组学揭示新西兰严重急性呼吸道感染中的共感染及隐匿性病原体

创新性提出独立纳米孔测序（ONT-only）在食源性病原体监测中的应用方案，开发无需参考基因组或短读数据的alpaqa工具检测系统性测序错误，建立基于化学修饰特征的质量控制框架，证明当前技术条件下ONT测序可满足常规食源性病原体监测需求。

独立纳米孔测序在食源性病原体监测中的应用：大规模评估与质量控制框架

创新性提出基于系统发育关系的连续向量表示方法，通过结合三元组和配对损失目标实现进化相关性建模，显著提升16S rRNA区域不变性，并利用Transformer架构捕捉微生物群落结构。

Micro16S：用于微生物组深度学习的通用系统发育16S rRNA基因表示

开发了无需模板的体内基因编辑平台(TIGER)，通过算法优化治疗性gRNA筛选，并在小鼠模型中成功修复移码突变实现听力恢复

无需模板的基因编辑与修复用于纠正移码突变疾病

揭示了微生物通过重用氮酶样支架结构来组装氮酶辅因子的全新机制，填补了固氮酶催化核心构建过程的空白。

固氮酶组装的动态路径

创新性地整合MERFISH技术与多源皮肤数据集，实现跨解剖部位的全器官尺度空间转录组分析，揭示健康与疾病皮肤的细胞异质性及空间分布规律。

人类皮肤解剖的单细胞空间转录组分析

通过单细胞MERFISH技术构建健康皮肤空间图谱，揭示不同部位特异性的细胞组成，阐明皮肤组织结构对稳态维持和疾病模式的影响机制。

人类皮肤的精炼蓝图

创新性地整合碰撞诱导碎裂、电子诱导碎裂和光子诱导碎裂三种技术到标准LC-MS流程，通过深度学习模型跨方法预测质谱谱图，显著提升蛋白质鉴定的覆盖率和自动化水平

利用单一深度学习模型将替代碎裂技术整合到标准LC-MS流程中以增强蛋白质组覆盖范围

发现FGF7通过上皮细胞发挥抗炎作用，揭示FGF7-FGFR2-MAPK-KLF4信号轴机制，并鉴定KLF4依赖的反馈回路在维持抗炎信号中的关键作用，为治疗炎症性皮肤病提供新策略。

FGF7-FGFR2-KLF4反馈回路维持上皮细胞中的抗炎信号传导

1. 揭示激素反应幅度与受体丰度无关，共调节因子（Ncoa1/Ncor1/Ncor2）表达决定响应强度；2. 发现类器官存在基底-腔隙混合增强子景观及生长因子依赖的ER/PR蛋白动态调控；3. 首次比较人ER+癌细胞（MCF7）与类器官在激素激活动力学上的差异（延迟激活/响应平台差异）。

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