提出针对H3-Dendra2蛋白分布研究的改进方法论框架，优化空间定位分析技术，提升染色质结构研究的准确性

对Chen的回复：关于H3-Dendra2分布研究的方法论和分析考量

揭示了环状结构如何约束复制聚合酶实现DNA错配修正的分子机制，为理解DNA复制保真度提供了新视角。

对Roske和Yeeles的回复：环状结构约束下的复制聚合酶错配修正

开发了一种针对泛素特异性蛋白酶7（USP7）的小分子变构激活剂，为调控去泛素化酶活性提供了新工具，可能在癌症治疗等疾病干预中具有应用潜力。

Jaen Maisonet等人关于泛素特异性蛋白酶7（USP7）小分子变构激活剂的更正

研究揭示了tau冷凝物老化过程中可逆性与β-折叠形成解耦的机制，为阿尔茨海默病的治疗提供了新的潜在靶点。

可逆性与β-折叠形成在tau冷凝物老化中是解耦的

发现甲基化修饰通过诱变机制导致不同物种间突变谱的差异，揭示了表观遗传修饰与突变率之间存在直接因果关系，为理解进化中的遗传变异机制提供新视角。

甲基化相关诱变是真核生物突变谱差异的基础

开发了基于声孔技术（Sonoporation）的SonoPIN系统，突破了大分子药物（如PROTACs）靶向递送的瓶颈，实现了对细胞内特定靶标的精准作用，具有非侵入性和高效性优势。

SonoPIN实现PROTACs的精确、无创且高效细胞内递送

开发了一个统一的模型，将流行病动力学、基因组监测和群体免疫联系起来，从而更全面地理解疫情中的多变体竞争。

研究多变体动力学中选择扫除基因组监测的综合框架

开发了一种新型电荷反转蛋白水解聚合物，可实现对类风湿性关节炎中STING蛋白的组织特异性降解，避免系统性抑制带来的副作用。

电荷反转蛋白水解聚合物实现类风湿性关节炎中组织特异性STING降解

提出基于蛋白质结构信息的深度学习框架DeepDegradome，突破传统计算方法在PROTAC设计中的局限性，实现更高效的靶向蛋白降解分子生成。

DeepDegradome：一种用于针对蛋白质靶点生成PROTAC和配体的结构感知深度学习框架

首次发现KCN1基因变异与雷特综合征的关联，并揭示该变异通过干扰Kv3.1通道的内质网到高尔基体运输机制影响神经元高频放电功能，为雷特综合征的分子机制提供新视角。

与雷特综合征相关的KCN1基因变异破坏Kv3.1通道的内质网到高尔基体运输

揭示宿主ESCRT机制在负链RNA病毒核糖核蛋白复合物组装中的关键调控作用，为理解病毒与宿主的相互作用提供新视角。

宿主ESCRT机器调控番茄斑萎病毒核糖核蛋白复合物的组装

揭示PP2A-B55α复合物通过调控c-Myc去磷酸化状态，解决c-Myc在Thr58去磷酸化后逃避免疫依赖降解的生物学悖论，阐明新型蛋白降解调控机制

PP2A-B55α复合物水平依赖的c-Myc蛋白降解途径的切换

通过实证研究揭示植物代谢结构创新如何形成新的防御生物活性并创造生态机会，特别是生物合成修饰在进化中的作用。

植物化学防御进化中的结构创新

创新性地整合发育生物学机制与统计学方法，揭示变异生成与进化规律之间的深层联系，突破传统进化生物学仅关注种群统计层面的局限性。

连接发育与统计方法：变异与进化的桥梁

首次通过单细胞转录组学和纵向成像技术，系统解析了酵母衰老过程中独立的分子通路竞争机制，揭示了不同衰老路径如何共同影响细胞命运决定

单细胞分析揭示芽殖酵母中独立的衰老过程竞争决定细胞命运

首次揭示BRCA1-A与LIG4复合物在细胞外环状DNA（ecDNA）生物合成中的关键作用，阐明了ecDNA形成机制与癌症药物抗性之间的分子联系，为克服肿瘤耐药性提供了新靶点。

BRCA1-A和LIG4复合物介导ecDNA生物合成及癌症药物抗性

发现宿主与微生物基因共表达模式，揭示微生物可能通过协调调控钙化流体化学成分参与贝壳形成过程，为理解微生物在生物矿化中的作用提供新视角。

东部牡蛎宿主与微生物组基因的共表达提示钙化流体化学的协调调控

通过沉积物古代DNA分析技术，首次揭示了南方多格兰地区在海平面上升前的早期人类殖民活动，并发现其与北方冰川避难所的遗传连续性，为理解史前人类迁徙模式提供了新证据。

沉积物古代DNA揭示南方多格兰淹没前的早期殖民与北方冰川避难所一致

发现泛素特异性肽酶19（USP19）通过调控泛素-蛋白酶体系统，连接TDP-43异常聚集与内质网应激的病理互作机制，揭示了神经退行性疾病中蛋白质质量控制与细胞应激响应的新调控轴。

泛素特异性肽酶19将TDP-43聚集与内质网应激联系起来

开发基于组蛋白修饰的跨物种生物年龄预测模型，揭示衰老调控的表观遗传机制，突破传统DNA甲基化时钟的局限性。

组蛋白修饰时钟用于跨物种生物年龄预测及衰老调控机制阐明

通过解析RbmB与VPS复合物的晶体结构，首次揭示了多糖裂解酶识别特定多糖底物的分子机制，为理解生物膜形成机制及开发抗生物膜策略提供了关键结构依据。

霍乱弧菌多糖裂解酶RbmB与霍乱弧菌多糖（VPS）片段复合物的晶体结构揭示了底物识别和裂解机制

开发了基于酵母的合成分子开关，通过氧气消耗酶调控低氧响应基因表达，为研究植物低氧反应机制提供了新工具

一种合成的ERFVII依赖电路在酵母中揭示了植物早期低氧反应的调控机制

发现m6A修饰通过增强FZR1 mRNA翻译，揭示其在抗病毒免疫中通过MAVS-TRAF3/6信号轴的新调控机制，为RNA病毒免疫应答研究提供新视角。

FZR1 mRNA的N6-甲基腺苷修饰通过靶向MAVS–TRAF3/6轴正向调控抗病毒先天免疫

发现新型泛素连接酶MARCHF8通过降解MHC-I分子导致HPV阳性头颈癌免疫逃逸，揭示了病毒阳性肿瘤耐药的新机制，并为免疫检查点抑制剂治疗提供了潜在新靶点。

膜相关泛素连接酶MARCHF8通过降解MHC-I促进HPV阳性头颈癌免疫逃逸

发现香蕉成熟过程中，通过可变剪接生成替代异构体，使乙酰羟酸合成酶和异丙基丙二酸合成酶绕过反馈抑制，从而促进碳流，调控香气合成

香蕉香气是乙酰羟酸合成酶和异丙基丙二酸合成酶替代异构体绕过反馈抑制的结果

首次揭示OTULIN在RLR介导的先天免疫中的新功能，发现其通过去除TRAF6的线性泛素化修饰来负向调控抗病毒信号通路，为理解先天免疫调控机制提供新视角。

去泛素化酶OTULIN通过从TRAF6上去除非线性泛素化来抑制RIG-I依赖的抗病毒信号

揭示PER2蛋白通过寡聚化实现生物钟周期动态调控的新机制，阐明磷酸化降解域对PER2稳定性的调控作用

PER2的寡聚化作为哺乳动物生物钟动态调控的一种模式

创新性地从淡水贻贝中分离并表征了具有强水下粘附能力的蛋白质，为开发新型水下生物粘合材料提供了理论基础和潜在应用价值。

从淡水珠蚌（Dreissena bugensis）中提取并表征一种湿粘附蛋白

发现EBNA1蛋白存在多个分子模拟表位，这些表位可能通过分子模拟机制引发针对中枢神经系统的自身免疫反应，为EBV感染与MS发病机制的关联提供了新的分子解释。

爱泼斯坦-巴尔病毒核抗原-1中的多种分子模拟物与多发性硬化症的发病机制

首次发现DHX29蛋白通过识别非最优密码子序列触发mRNA稳定性调控机制，揭示了人类细胞中密码子使用偏好与mRNA寿命之间的分子联系，为基因表达调控提供了新视角。

人类DHX29通过检测非最优密码子使用来调控mRNA稳定性 | Science

开发了基于单分子技术的PAPA传感器，揭示无序结构域如何通过动态蛋白质相互作用实现转录因子的特异性染色质结合与核组织调控

无序转录因子相互作用赋予新兴特异性 | Science

构建了首个海岛棉端粒到端粒泛基因组参考，通过群体研究揭示结构变异与育种性状的关联，并利用多组织转录组数据解析其分子机制。

泛基因组参考和群体研究将结构变异与海岛棉的育种性状联系起来

提出基于残基相互作用网络（RINs）的分析方法，利用RING软件解析蛋白质结构与功能关系，为研究分子互作提供新工具

通过残基相互作用网络探索蛋白质和蛋白质-配体复合物

开发了基于RNA适配体与荧光染料结合的荧光RNA探针，实现了在细菌和哺乳动物细胞中对RNA定位及动态过程的高分辨率活细胞成像，突破了传统RNA成像技术的亮度和稳定性限制。

利用明亮且稳定的荧光RNA进行活细胞RNA动态成像

1. 首创多模态生物推理大语言模型（LLM）框架，整合蛋白质序列、结构、功能域和相互作用信息；2. 引入GO-GPT模型实现GO术语的层次化预测；3. 通过监督微调和强化学习优化模型性能；4. 实现73.6%的GO术语预测Fmax值和8/10的LLM评估得分；5. 能够定位冷冻电镜结构中的精确接触残基，预测实验验证的结合伙伴。

BioReason-Pro：利用多模态生物推理推进蛋白质功能预测

创新性整合多数据集转录组分析，首次系统揭示维生素D代谢紊乱与慢性炎症是衰弱的核心分子特征，并通过机器学习模型验证了生物标志物的诊断价值，为衰弱的早期诊断和治疗靶点开发提供新策略。

多数据集转录组分析揭示维生素D代谢和炎症通路在衰弱诊断中的核心机制

开发了选择性抑制USP25/28的分子，通过靶向TP63/FBW7/c-MYC信号轴特异性抑制鳞状肺癌细胞增殖；利用结构分析优化抑制剂以减少脱靶效应；发现化合物与核糖体结合区域的非预期相互作用机制。

改进选择性的USP25/28抑制剂用于靶向c-Myc驱动的鳞状肺癌细胞

创新性地建立了基于读数数量（RPM）的样本类型特异性阈值，首次在多中心研究中系统验证宏基因组测序（SMg）与传统诊断方法的性能对比，并发现SMg在检测真菌和寄生虫方面具有与标准护理（SoC）相当的灵敏度和特异性。

不同临床样本类型中宏基因组测序技术检测真菌和寄生虫的性能：一项多中心回顾性研究

首次系统比较三种METTL3抑制剂对m6A水平调控和HIV潜伏逆转的差异性影响，发现STM2457具有较低细胞毒性且有效抑制潜伏逆转，揭示m6A修饰在HIV潜伏机制中的关键作用

药理学METTL3抑制减弱HIV-1在CD4+ T细胞中的潜伏逆转

提出SCALE模型解决虚拟细胞扰动预测的三大瓶颈：1）基于BioNeMo构建高效训练推理框架，预训练速度提升12.51倍；2）设计条件传输的set-aware流架构，结合LLaMA编码与终点监督提升稳定性；3）采用生物意义指标评估，PDCorr和DE Overlap指标分别提升12.02%和10.66%。

SCALE：可扩展的条件图谱级终点传输用于虚拟细胞扰动预测

创新性地揭示了在复杂多物种生态压力下，转基因大豆的代谢响应机制及其对植食性昆虫的隐性影响，发现草甘膦耐受性基因导致代谢优先级改变并削弱根际细菌对害虫的抑制作用。

生态背景揭示草甘膦耐受性对大豆代谢及病毒载体Epilachna varivestis表现的隐性效应

通过古DNA全基因组测序技术验证历史记载的亲属关系，利用共享DNA片段和Y染色体单倍群分析确认第三级遗传关联；同时将历史记录与考古学方法（如放射性碳测年）结合，为生物考古方法提供校准基准。

重建他们的基因组证实了两位中世纪皇帝奥托一世（大帝）和海因里希二世（圣亨利）历史上记载的家谱

创新性地建立了无细胞系统重构染色质结构，发现长程相互作用可自发形成；揭示TAD形成需要绝缘蛋白Su(Hw)介导的边界元件配对，推翻简单环挤出模型。

果蝇染色质结构在无细胞系统中的自组织

创新性构建了整合Illumina、PacBio和Hi-C技术的染色体级基因组；发现沙卡因奇与蓖麻子约3620万年前分化；揭示种子油脂积累机制与FAD2/FAD3基因表达相关；鉴定出调控油脂代谢的lncRNA。

木本油料作物沙卡因奇的染色体规模基因组揭示了α-亚麻酸生物合成及种子中三酰甘油积累的分子基础

1. 基于生成对抗网络（GAN）结构，结合多源公共数据集（460万单细胞数据和5900例癌症样本）；2. 引入通路神经层，可提取MSigDB预定义通路或单细胞数据新通路活性；3. 通过一次训练实现四种功能：患者分层、疾病标志物分析、小样本伪数据生成、跨数据集特征向量化；4. 特别优化小样本场景下的分析能力。

RNAGAN：训练一次实现四种功能，增强可解释性与小数据量能力的多功能人类RNA测序分析工具

创新性提出三元图学习框架，通过构建残基节点图与接触节点图分离单体与界面表征，并设计界面上下文聚合模块实现多尺度结构特征融合，显著提升蛋白质复合物模型质量评估性能。

TriGraphQA：一种用于蛋白质复合物模型质量评估的三元图学习框架

提出整合纳米孔测序技术的全流程分析框架，首次实现复杂重复区域的遗传/表观遗传变异同时解析，支持大规模单倍型分析和DNA甲基化检测

ECHO：基于纳米孔测序的人类重复基因组表观遗传分析工作流程

提出双编码器模型CLIPepPI，通过对比学习直接从序列嵌入结构域和肽的共享空间；采用参数高效的LoRA适配器微调策略；结合结构信息标记接口残基；在三个独立基准测试中表现优异，并实现全基因组尺度的NES扫描和变体效应预测。

CliPepPI：利用对比学习进行结构域-肽特异性可扩展预测

系统性鉴定核糖体上参与新生链质量控制的共翻译因子，发现TRIM25作为靶向错误折叠新生链的主要E3泛素连接酶

新生链相互作用蛋白的全基因组分析揭示TRIM25是一种共翻译E3泛素连接酶

发现ZNFX1通过整合SF1解旋酶活性与双重E3连接酶机制，利用ATP依赖的RNA结合激活E3功能，驱动自我传播的聚集和RNA隔离，去泛素化可逆转该过程，揭示其作为应激反应RNA缓冲器的新功能。

ZNFX1利用双组分泛素电路机制隔离病毒RNA

发现细菌免疫效应物KomBC通过预组装丝状结构将稀疏的dITP信号转化为协同的NADase激活，揭示了独特的超敏感免疫机制，实现了有毒分子向免疫防御的转化。

丝状结构介导的有毒dITP在孔明系统中的免疫再利用

发现APOL3作为免疫可诱导蛋白，在溶酶体损伤后通过膜裂解作用释放线粒体DNA并激活先天免疫，揭示了溶酶体损伤触发炎症的新机制。

人类抗菌因子APOL3连接溶酶体损伤与线粒体DNA释放及I型干扰素诱导

发现BAF在破裂微核中作为双重功能的门控蛋白，既招募TREX1核酸酶又保护DNA免受过度降解；揭示TREX1需要内质网锚定才能突破BAF屏障接触DNA；阐明BAF保护机制在抑制微核DNA损伤和cGAS免疫信号中的作用。

内质网锚定引导TREX1穿透微核中的BAF依赖性屏障

建立双功能RNA协调细胞命运的范式，发现lncPRESS1同时具有指导染色质靶向和编码调控纤毛生成的微蛋白的双重功能，揭示核质调控网络的分子机制

非经典开放阅读框在协调细胞命运中的功能图谱

发现ZC3H4的C3H1锌指结构域通过识别非编码RNA的5'端退化A/UGUA基序实现序列特异性RNA结合，揭示Restrictor复合物终止基因间转录的新机制，并阐明WDR82在RNA聚合酶II锚定中的作用

序列特异性RNA识别驱动Restrictor介导的基因间转录终止

发现PRC2复合物的辅助亚基JARID2和PALI1通过结构模拟H3K27me3修饰，拮抗PRC2自身催化活性，从而精确控制Polycomb结构域的扩散范围，确保发育基因在正确时空激活。

PRC2辅助亚基模拟H3K27me3以限制Polycomb结构域的扩散

发现少量CBX2分子通过自聚类引发PRC2凝聚体组装，揭示了染色质修饰中蛋白质相分离机制与基因沉默的新调控模式。

三个CBX2分子的自聚类驱动PRC2促进多梳目标基因的可诱导异染色质化

发现XSER1 lncRNA通过招募转录因子OsBHLH94促进染色质环形成，激活OsJMJ707基因表达从而抑制水稻抗病性；通过基因敲除实现广谱抗病性且无发育缺陷，揭示了增强子RNA在植物免疫调控中的新机制。

XSER1长链非编码RNA作为增强子RNA通过促进染色质环形成赋予水稻抗病性

创新性地通过保存完整细胞的分子历史，实现对细胞过去转录状态的重建，突破传统单细胞RNA测序只能获取终端快照的局限性。

TimeVault：单细胞的分子时间机器

发现Restrictor通过识别新生RNA实现对非编码序列的特异性转录调控，为理解基因组稳定性维持机制提供新视角

关于噪声与信号的思考：利用刹车机制驯服泛滥的信息

通过全球基因组调查揭示婴儿肠道双歧杆菌的地理分布差异，建立地理特异性菌株目录，并提出基于当地饮食和人群特征的益生菌开发方案

婴儿双歧杆菌和长双歧杆菌的基因组图谱为婴儿益生菌设计提供信息

创新性地构建了单细胞分辨率的三维器官和全身图谱，实现了跨发育、生理和病理过程的全细胞组定量分析，突破了传统单细胞测序在空间位置信息的局限性。

整体器官和全身三维图谱实现全细胞组分析

发现人类小脑特有的转录组和调控特征，揭示ZP2在突触调节中的关键作用，阐明ZP2表达通过桥脑苔藓纤维诱导突触蛋白减少和神经元活动降低的机制，为人类小脑进化发育提供新视角。

人类小脑特有特征与ZP2调控的突触发育

通过赋予T细胞真菌酶利用纤维二糖的能力，在葡萄糖受限的肿瘤微环境中提升T细胞存活率和效应功能，开辟了肿瘤免疫治疗的新路径

真菌衍生的纤维二糖代谢途径为T细胞提供能量，使其绕过肿瘤内的葡萄糖竞争

开发组氨酸扫描技术用于定位机械感受器中的关键相互作用位点，通过增强受体信号强度和利用'catch bond机制'提升治疗效果

通过组氨酸扫描调节机械感受器的敏感性

创新点包括：1) 结合光遗传学与酵母细胞周期实现快速可调选择压力；2) 实现光响应调节器、逻辑门等复杂蛋白功能的持续进化；3) 突破传统方法难以定向进化复杂蛋白行为的技术瓶颈。

光控定向进化动态、多态和计算蛋白质功能

发现细菌细胞膜上锚定的酶能在病毒基因组注入细胞时直接拦截并切割病毒DNA，揭示了细菌天然免疫系统的新防御机制

细菌细胞膜内的一种酶在病毒入侵时切割病毒DNA

该研究利用CRISPR基因编辑技术，通过简单注射在小鼠体内直接生成增强型CAR T细胞，提供了一种更安全的癌症免疫治疗新方法。

CRISPR在小鼠体内生成增强的抗癌免疫细胞

通过基因组分析发现Asgard古菌具有氧气呼吸能力，推翻了真核生物祖先厌氧的的传统认知，为复杂生命起源模型提供新证据。

我们的微生物祖先可能具有耐氧性

发现microRNAs通过特殊碱基配对结构招募非典型酶系统进行降解，揭示了新型RNA调控机制

奇特的碱基配对吸引异常酶解机制摧毁microRNAs

创新性地实现了无需体外培养即可在体内直接生成CAR T细胞，突破了传统CAR T细胞需体外基因改造的局限性

一种基因编辑方法在体内生成免疫治疗性CAR T细胞

创新点包括：1) 开发INSTALL方法结合单链DNA和短双链区域实现高效插入；2) 通过免疫逃逸机制避免毒性免疫反应；3) 实现人类和小鼠细胞中大DNA片段的精准整合。

避免免疫检测以整合大DNA序列的基因组编辑

发现肿瘤通过γ-谷胱甘肽转移酶分解胞外谷胱甘肽获取半胱氨酸的新代谢途径，并证实靶向该酶可抑制肿瘤生长，为抗肿瘤治疗提供新靶点。

胞外谷胱甘肽的分解代谢为肿瘤提供半胱氨酸

发现非典型ZSWIM8–CUL3 E3泛素连接酶通过双RNA因子验证机制特异性识别AGO–miRNA–触发RNA复合物，并通过多泛素化AGO实现靶向miRNA降解，揭示了新型RNA调控机制。

指定靶向miRNA降解的E3泛素连接酶机制

通过同位素标记、基因沉默、单核RNA测序和比较转录组学技术，首次系统揭示了植物中奎宁生物碱合成途径的关键基因网络。

奎宁生物碱的生物合成

发现T细胞耗竭过程中线粒体去极化驱动蛋白酶体活性增强，通过选择性降解线粒体蛋白并释放血红素，揭示了蛋白酶体-血红素信号轴在免疫调节中的新机制。

蛋白酶体引导的血红素信号轴参与T细胞耗竭

发现哺乳动物特有的顺式调控元件驱动新皮层神经元多样性，通过基因编辑验证ZBTB18在调控神经元投射模式中的关键作用，揭示了基因调控网络的适应性进化机制。

哺乳动物新皮层基因调控网络的适应性进化

开发了基于重组酶的细胞命运分支装置，实现了对单一创始菌株后代群体中细胞类型比例的精确控制，并可用于构建用户自定义的多细胞聚集体。

合成电路用于细胞比例控制

通过包膜递送载体和腺相关病毒的双载体系统，实现了体内特定位点的大片段DNA稳定整合，从而获得细胞特异性的转基因表达。

体内定点工程改造T细胞

创新性地运用宏基因组监测技术追踪人兽共患病传播动态，揭示单次病毒引入事件导致高传播潜力（R0≈8.2）并引发宿主种群灭绝的机制

森林-城市交界处人兽共患病黄热病及其溢出动态的宏基因组监测

首次结合单细胞表达QTL分析与孟德尔随机化方法，发现少突胶质细胞在特发性震颤中的关键致病作用，为神经退行性疾病机制研究提供新视角

单细胞表达数量性状位点分析揭示人类小脑中少突胶质细胞在特发性震颤中的脆弱性

整合983名欧洲血统个体的单核RNA测序和基因型数据，首次在全脑细胞类型和亚型层面绘制eQTL图谱，揭示遗传变异通过调控脑细胞特异性基因表达影响脑部疾病的新机制。

单核表达数量性状位点的荟萃分析：将遗传风险与脑部疾病联系起来

发现弗劳地杆菌核糖体中抗SD序列（ASD）的调控机制，揭示ASD与SD序列的配对在翻译调控中的核心作用；通过基因改造实验证明ASD缺失导致rRNA加工受阻，并发现替代TIR区域可恢复菌株生长，阐明了自调节循环的分子基础。

抗Shine-Dalgarno序列在弗劳地杆菌johnsoniae中的作用

创新性地利用纳米孔测序技术构建HIV-1参考表观转录组，首次发现新型反义链修饰模式，开发了基于合成RNA片段的修饰纠错方法，并验证了m6A修饰在抗病毒治疗中的稳定性。

基于纳米孔的HIV-1参考表观转录组

发现MTR1核酶可高效实现DNA底物的位点特异性烷基化（20分钟接近完全反应），通过晶体结构解析揭示其与RNA类似的作用机制，2′-O-甲基化修饰显著提升反应速率，为DNA定点修饰提供新工具。

位点特异性核酶介导的DNA底物烷基化

首次明确非LTR逆转座子转座的完整反应途径，确定各步骤速率常数；首次在体外观察到第二链合成过程；为基因编辑和合成生物学提供工程化改进的理论框架

非长末端重复逆转座子转座的单周转动力学分析定义了导致第二链合成的途径和速率常数

首次通过冷冻电镜解析AdnAB-DNA复合物结构，揭示其通过局部解链将单链DNA分别导入AdnA核酸酶结构域和AdnB电机结构域的机制；发现AdnB的Trp325通过π-堆叠作用作为棘轮棘爪的关键残基；证明该机制在细菌端粒切除酶中具有进化保守性。

结核分枝杆菌解旋酶-核酸酶AdnAB在平端双链断裂起始复合物的结构揭示了局部解链使3′追踪链与解旋酶电机的棘轮棘爪结合

发现短暂抑制SUMOylation可稳定诱导人前脂肪细胞褐分化，揭示SUMOylation通过调控染色质重塑、CEBP家族动员及PPARG/CEBPA网络激活实现褐变的分子机制，并提出SUMO途径时序性抑制联合PPARG激活可调控脂肪组织产热能力的新策略。

短暂抑制SUMOylation在人前脂肪细胞中稳定印刻转录褐变命运

1. 发现新型FhepTA融合蛋白具有双重调控机制（寡腺苷酸化+氧化还原开关）；2. 揭示MNT结构域通过抑制HEPN结构域二聚化实现毒性抑制的新机制；3. 提出ATP依赖性与氧化还原依赖性协同调控的TA模块新家族。

通过蛋白寡腺苷酸化和寡聚化对融合MNT-HEPN毒素-抗毒素系统中HEPN核糖核酸酶的双重调控

创新性构建覆盖所有P. vivax基因蛋白序列的高密度肽阵列，首次系统鉴定出283种免疫原性蛋白，包括新发现的入侵相关蛋白和潜在保护性PIR蛋白抗体反应模式，为疫苗开发提供关键靶点

利用高密度肽阵列对疟原虫抗原的全面表征

创新点包括：1) 开发无需转基因表达的CRISPR系统，直接在植物细胞核中操作；2) 利用dCas9-gRNA复合物实现特定染色质区域的高效特异性捕获；3) 适用于多种基因组区域（包括端粒、低拷贝和单拷贝序列）；4) 为后续分析染色质相关蛋白复合物、DNA互作和RNA提供平台。

GRASP：一种无需植物转化的基于CRISPR的特定染色质区域亲和纯化系统

构建基于转录组的肺癌分子图谱，突破传统组织学分类；发现肿瘤按转录轴（增殖/代谢/免疫浸润）而非组织学分型；识别9个分子簇（如女性非吸烟者富集亚型、神经内分泌样亚型）；揭示状态特异性治疗靶点；验证类器官模型转录保真度。

超越组织学：统一的转录组图谱揭示肺癌生物状态与亚型

提出Harmony2算法实现超1亿细胞和1000+数据集的高效整合，优化算法可防止异质性数据集的过度整合，支持无需专用硬件的扩展性分析。

利用Harmony2整合大规模复杂单细胞数据集

首次发现自愿酒精摄入会特异性降低伏隔核mGlu2/3蛋白表达，且药理学激活该受体可有效抑制暴食性饮酒行为，为酒精使用障碍治疗提供了新的靶点

乙醇自我给药特异性降低伏隔核中mGlu2/3蛋白表达，且mGlu2/3激活抑制暴食性饮酒

开发了可支持小鼠胚胎从原肠胚到胎儿期体外发育的优化培养系统，发现胚胎代谢转换（如E10.5-E11.5中期妊娠代谢切换）无需母体或胎盘信号，且线粒体氧化还原状态变化对原肠胚后发育至关重要，揭示了胚胎代谢的自主编程特性。

从原肠胚形成到胎儿发育体外重建小鼠胚胎发生揭示母体独立的代谢程序

首次发现UFSP2缺陷导致UFMylation过度修饰线粒体蛋白，通过定量蛋白质组学揭示UFMylation调控线粒体呼吸链、丙酮酸脱氢酶复合体等新机制，并鉴定DLAT的K118位点是UFMylation关键位点，证明该修饰直接激活PDH酶活性，为线粒体代谢调控提供新视角。

丙酮酸脱氢酶的UFMylation修饰调控线粒体代谢

提出SNMF方法，通过空间混合矩阵建模邻域影响，实现无需参考数据的快速解卷积；首次支持GPU加速，计算速度比现有方法快两个数量级；在合成数据和真实数据集上均显著提升解卷积准确性，并可恢复生物意义的细胞类型特征。

SNMF：面向空间转录组学的超快速、空间感知解卷积方法

首次在Zymomonas mobilis中系统表征了NahR-PsalTTC、VanRAM-PvanCC、CinRAM-Pcin和LuxR-PluxB等七种化学诱导启动子，并验证了基于pZMO7穿梭载体的高效表达系统，其中VanRAM-PvanCC和CinRAM-Pcin表现出特别广阔的应用前景。

用于Zymomonas mobilis的七种可诱导启动子

创新性整合了古DNA测序与形态学分析，发现立陶宛野马体重仅270kg且存在EOTRH疾病证据，揭示波罗的海地区最早马嚼具磨损痕迹（799-570 BCE），并通过线粒体DNA测序发现多个母系遗传谱系。

古代马的体型、牙科病理学及母系遗传多样性：波罗的海东部地区和俄罗斯西部的研究

首次揭示低血糖通过AGE-RAGE通路激活脑内皮ZBP1介导的PANoptosis导致认知障碍的新机制，发现ZBP1敲除可调控AGE-RAGE轴并抑制PANoptosis，为糖尿病认知损伤提供潜在治疗靶点。

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