发现Cas13的条件激活机制可调控噬菌体生命周期，通过维持溶源状态避免裂解风险，同时允许有益原噬菌体整合，为CRISPR系统在宿主防御中的功能提供了新见解。

条件激活Cas13在天然VI-A型CRISPR宿主中强制溶源性

发现不同生物来源的过氧化物酶能形成异源混合复合物，而非传统认为的同源组装，揭示了蛋白质复合物结构可塑性与稳定性的新调控机制，颠覆了细胞内过氧化物酶组装的认知范式。

异源寡聚化驱动真核过氧化物酶的结构可塑性

发现真核生物I型过氧化物酶异构体可形成异二聚体和异十聚体，重新定义了过氧化物酶的生物学功能边界。

嵌合技术拓展过氧化物酶的功能范围

开发了一种多功能水凝胶，通过缓解缺氧和干细胞衰老，恢复微生物平衡，从而加速牙周组织再生。

多酚介导的锌-氧协同水凝胶重塑衰老微环境促进牙周组织再生

创新性地结合Stereo-seq技术获取高分辨率空间转录组与蛋白质组数据，首次构建人类胸腺空间图谱，并揭示调控罕见胸腺上皮细胞的转录因子网络。

人体胸腺的空间图谱实现了罕见拟态胸腺上皮细胞中谱系转录因子的精确定位

开发了一种截断型小支架蛋白用于细胞外囊泡工程，实现了高效的货物装载并优于现有技术，成功应用于脓毒症治疗

利用小支架蛋白进行细胞外囊泡工程

综述了新抗原癌症疫苗开发的最新进展，强调通过技术革新和临床试验设计优化可提升治疗效果。

新抗原癌症疫苗的前景与挑战

通过改进的蚕豆参考基因组和对冬播/春播蚕豆的重测序，发现了决定冬季耐寒性的遗传因子，揭示了单一基因座等位变异与作物季节适应性的关联。

单一基因座的等位变异区分春播和冬播蚕豆

1. 发现Xrn1中R100和R101两个保守精氨酸残基在双链解开中的关键作用；2. 揭示电荷依赖的RNA双链解旋机制；3. 通过单分子FRET技术证实Xrn1以离散步骤（每次8-9碱基对）解旋RNA双链。

Xrn1通过弹簧加载的抓握和拉拽机制逐步解开RNA双链

发现拟南芥AtLa1蛋白通过多表面相互作用结合端粒酶RNA，并增强TR与端粒酶逆转录酶结合域的相互作用；揭示植物与纤毛虫端粒酶RNA生物合成途径的进化保守性，发现DUF3223结构域在植物和纤毛虫中的RNA结合功能。

La蛋白与端粒酶RNA的结合支持植物与纤毛虫端粒酶途径的进化关系

发现AT/TA重复序列在复制后形成特殊DNA结构，需经Mus81–Mms4和Mre11核酸酶切割、Rad51介导的链交换处理，并依赖polySUMOylation机制将其重新定位至核周区域以完成同源重组修复。揭示了与CAG重复序列不同的核定位调控机制及修复路径。

十字形结构形成的AT/TA重复序列在重新定位到核周区域进行修复前受到结构选择性内切酶和Rad51的作用

创新性构建了基于荧光标记和auxin-inducible degron系统的细胞模型，首次通过时间分辨显微镜技术追踪UFB动态变化，揭示BLM在有丝分裂期通过与PICH和拓扑异构酶协作解析UFB的新机制，并通过单细胞全基因组测序证实其在维持基因组稳定性中的关键作用。

有丝分裂BLM功能对于维持基因组稳定性至关重要

首次系统解析红细胞生成中APA动态变化规律，发现CPSF6通过调控3′UTR长度影响铁代谢关键基因表达，揭示APA与铁代谢的分子联系，并为真性红细胞增多症提供新型治疗靶点

替代性多聚腺苷酸化将RNA加工与铁代谢联系起来的人类红细胞生成

构建了最小体外系统研究常染色质区室（C-Het）的生物物理特性，发现HP1a通过调控液-液界面形成实现染色质区室化，并揭示该过程具有自发性、可逆性和可调节性。

体外重构异染色质区室揭示了可调节的液-液界面的自发形成

首次发现Orn通过调控c-di-GMP水平影响CRISPR-Cas系统功能，揭示该系统在氧化应激和抗生素抵抗中的新作用机制；阐明Rv3058作为c-di-GMP响应的转录调节因子，通过多通路激活DNA修复和细胞膜稳态等保护机制。

Orn介导的环二鸟苷酸调控结核分枝杆菌CRISPR-Cas系统以应对应激反应

首次通过荧光标记技术可视化HIM-6沿DNA的动态穿梭行为，发现其最小功能单元由解旋结构域和锌结合元件构成；揭示核糖核苷酸可触发HIM-6从解旋到拉拽模式的活动切换，阐明RecQ解旋酶在基因组维持中的新型调控机制。

RecQ解旋酶HIM-6的穿梭协调解旋、拉拽和回滑的迭代循环

创新性地建立了永生化的AT2细胞系，可同时支持2D和3D培养；优化了无饲养层、无血清条件下的类器官形成效率；健康与IPF细胞系在集落形成能力上存在差异，为肺部疾病研究提供新模型。

来自健康和IPF肺部的永生化AT2细胞系可实现2D和3D培养

开发了基于深度学习的半自动分割流程（nnU-Net工具）用于分析肝脏窦状隙结构，实现了LSEC窗孔直径和窦状隙孔隙率的量化，并通过比较Bmp9基因敲除小鼠与野生型小鼠的差异验证了BMP9在维持窗孔结构中的作用。

基于三维电子显微镜数据的肝脏窦状隙孔分析通用方法

发现SLC25A1在心肌细胞中自主调节心脏分化、线粒体成熟和心室形态发生，通过基因敲除和动物模型揭示其在心脏发育中的关键作用，并发现其通过调控线粒体柠檬酸输出影响发育基因程序，为先天性心脏病提供新机制。

心肌细胞固有的SLC25A1调节心脏分化和线粒体功能

创新性地实现了无需基因强制表达、细胞分选、啮齿动物共培养或脑内移植的高效体外生成方法；通过单细胞转录组分析验证了神经元的体内真实性；在50天内完成生成过程，显著缩短了传统方法的耗时。

快速且可重复的体外生成人类表达parvalbumin的皮层中间神经元

首次利用端粒到端粒基因组组装技术，系统揭示灵长类X/Y染色体扩增基因家族的动态演化规律，发现X染色体扩增基因普遍存在跨物种正选择现象，而Y染色体扩增基因主要受纯化选择作用。

灵长类动物X连锁扩增基因的普遍正选择

创新性提出直接从短读长序列分型罗伯逊易位的方法，首次在近端着丝粒染色体发现DJ区域的结构变异（损失/获得），并基于超大规模队列（49万样本）验证ROB发生率。

基于生物库规模的罗伯逊易位基因分型揭示人类近端着丝粒染色体上的隐藏结构变异

创新性地利用DArTSeq技术进行高通量基因分型，结合连锁分析定位到3个显著和8个潜在控制亚麻油吸附能力的QTL，为油污修复的分子标记辅助育种提供理论基础。

控制亚麻油吸附的定量性状位点：定位与意义

首次揭示ARHGEF6在跨物种前脑抑制性神经元迁移、成熟和存活中的核心调控作用，通过小鼠模型与人源类器官/类脑结构的多尺度验证，阐明其通过调控细胞骨架动态平衡影响抑制性神经环路发育的分子机制。

ARHGEF6依赖的细胞骨架调节揭示了前脑抑制性神经元发育的保守程序

首次通过单细胞RNA测序揭示HIV相关结核性脑膜炎中细胞毒性CD8 T细胞、中性粒细胞和I型干扰素信号通路的协同作用机制，发现Granzyme-K高表达的CD8 T细胞亚群与炎症失控的关联，为抗炎治疗提供新靶点。

细胞毒性CD8 T细胞、中性粒细胞和I型干扰素信号在HIV相关结核性脑膜炎过度炎症性病理中的作用

创新性应用超深度宏转录组测序技术，首次在猫口腔炎症疾病中发现物种水平的微生物活动动态变化，揭示了与疾病状态相关的代谢重塑特征（如NO和多胺代谢），并识别出潜在的诊断生物标志物。

宏转录组分析揭示猫口腔炎症疾病中物种水平的微生物变化及代谢重塑

首次发现分子胶LJY-3-60通过诱导CRBN同源二聚体化触发其自降解，揭示了CRL4CRBN机器人的内在降解机制；解析了CRBN-Midi-LJY-3-60复合物的原子结构，阐明了非典型构象驱动跨式泛素化的新机制；开发了可调控的PROTAC毒性抑制工具，为靶向蛋白降解药物设计提供结构框架。

分子胶诱导的同源二聚体化驱动靶向CRBN自降解

开发了包含残基级脱溶剂化能量项的粗粒化模型，揭示脱溶剂化能如何调控相分离热力学和动力学，发现温度间隙与构象压缩的线性关系，并阐明脱溶剂化屏障对凝聚体成熟过程的双重影响。

脱溶剂化在生物分子液-液相分离中的作用

创新性地利用DNA折纸技术构建磁性纳米马达，实现单分子级别可控旋转和磁力夹持；通过调节纳米立方体排列密度和间距，获得10-100 pN nm量级磁扭矩；结合蒙特卡洛模拟揭示纳米立方体组装后的集体磁性特性，为生物相容性纳米机器人和高通量磁力操控技术奠定基础。

磁性DNA折纸纳米马达

开发了实时监测技术，首次揭示蛋白质形成复杂三维结构的速度甚至快于DNA，突破传统认知

蛋白质折叠速度有多快？实时技术捕捉折叠瞬间

发现Schlafen蛋白在细菌中通过保守机制介导噬菌体防御，揭示了跨物种的抗病毒免疫机制。

细菌Schlafen蛋白介导噬菌体防御

通过理性设计15种细菌组成的微生物群落，能够在不同基线微生物群的小鼠中定植并增强T细胞反应，从而提升抗PD-1免疫治疗对癌症的控制效果。

临床响应者来源的定义微生物群增强小鼠抗PD-1免疫治疗效果

通过设计具有二重和四重对称性的工程化RNA结构域，解决了小RNA因尺寸过小无法通过冷冻电镜测定结构的难题，为RNA结构解析提供了新方法。

优化四级对称性的支架用于从小RNA的冷冻电镜结构测定

提出首个整合IDP构象集合确定、基准测试和解释的统一框架，建立不确定性量化方法和可操作的基准策略，为无序蛋白研究提供系统性解决方案。

构建确定无序蛋白构象集合的统一框架

开发了对称RNA支架实现小RNA冷冻电镜结构解析，首次在实验图谱中定位小分子配体，揭示天然和合成RNA适体特异性分子机制，为结构引导的RNA工程提供新路径。

用于通过冷冻电镜解析RNA结构的寡聚对称支架

开发了通过共价连接抗体或抗体片段的功能化脂质纳米颗粒，实现了核酸向特定组织或细胞类型的靶向递送，提高了递送效率和特异性。

靶向脂质纳米颗粒的制备用于精准核酸递送

发现MEF2D通过调节线粒体基因mtND6的表达，显著影响β细胞线粒体功能、胰岛素分泌及存活能力，为糖尿病治疗提供了新的潜在靶点。

MEF2D损害INS-1 β细胞的线粒体呼吸、葡萄糖刺激的胰岛素分泌和存活

发现顶极环新组分APR9及其与KinesinA的协同作用对寄生虫运动和入侵的关键性；揭示顶极环在锥体动态调控和黏附素分泌中的核心功能

人类寄生虫弓形虫在缺少顶极环两个组分时会瘫痪

创新性提出核糖体分子衰老影响翻译动力学的机制，开发时空映射策略解析生物分子生命周期，发现分子衰老核糖体导致特定转录本翻译障碍，并通过C. elegans体内实验证实分子衰老与生物体衰老的关联。

核糖体分子衰老塑造翻译动力学

创新点包括：1) 双面ITO加热设计实现温度均匀性（±0.5℃）；2) 光学透明PID控温系统支持实时LAMP分析；3) 环境适应性强（4-50℃稳定运行）；4) 检测限达50拷贝/反应；5) 消除温度偏差和环境依赖性。

用于定量评估纸基比色等温核酸扩增的固态加热成像仪

创新性地揭示了肌动蛋白-膜界面应力通过反馈机制调控分支肌动蛋白密度的分子机制；发现ARP2/3复合物在细胞应对高黏度环境时的特殊作用；首次证明高黏度环境可绕过细胞外基质蛋白促进片状伪足突起。

肌动蛋白-膜界面应力调节Arp2/3分支肌动蛋白密度在片状伪足突起过程中的作用

创新性结合CRISPRi筛选与MPRA技术，发现MAPT基因新顺式调控元件，通过饱和诱变分析揭示神经元特异性调控变异，定位关键转录因子结合位点，为tauopathies治疗提供新靶点。

MAPT基因位点的启动子诱变和大规模并行报告基因筛选揭示顺式调控元件及遗传变异效应

创新性地构建了首个Tuba4a突变导致常染色体显性痉挛性共济失调和肌病的小鼠模型，通过CRISPR技术验证了Tuba4aQ176P突变的致病性，并揭示该模型特异性呈现SPAX11和CMYO26表型而无运动神经元退化，为研究TUBA4A突变的细胞类型特异性效应提供了工具。

Tuba4a突变引起的常染色体显性痉挛性共济失调和肌病的小鼠模型

提出无需复杂预处理的单细胞数据映射框架，支持跨物种和多模态数据（转录组/表观组/空间组学）的高效映射，提供可解释的置信度评估体系，并兼容扩展脑图谱参考体系。

MapMyCells：将未标记的基因细胞数据高效映射到参考脑分类法

提出BOUQUET算法整合基因组拓扑、染色质占据和图论，发现3D-SEs与共激活剂凝聚体的对应关系，并揭示3D-SEs在细胞身份基因中的富集特征。

三维超级增强子是凝聚体相关的顺式调控社区

创新性整合单细胞测序与可解释机器学习方法，发现血源性生物标志物预测治疗反应（AUC>0.93），并通过LIME模型解析关键调控因子（如EGR1、GZMB），为TNBC个性化治疗提供新思路。

三阴性乳腺癌中基因表达与药物反应的关系：利用单细胞RNA测序和机器学习识别生物标志物特征

提出SPAE模型（基于自编码器的分段线性模型），显著提升单细胞RNA测序数据中细胞周期动态分析的准确性与鲁棒性；可预测癌症细胞周期转换并有效去除细胞周期效应。

利用SPAE解析单细胞RNA测序数据中的细胞周期动态和细胞状态

提出scEvolver框架，通过记忆引导的持续学习机制优化细胞类型表示，解决灾难性遗忘和批次偏差问题，实现跨平台、跨组织、跨模态的知识整合与泛化。

基于原型的持续学习用于单细胞注释

创新性整合多视角特征（序列、结构约束、物理化学属性、语言模型嵌入），首次实现跨物种且不受功能类别影响的稳定预测，揭示棕榈酰化调控的通用机制

Deep-Palm：一种用于蛋白质S-棕榈酰化结构感知预测的集成深度学习框架

通过冷冻电镜技术解析Gβ1γ2与预融合SNARE复合物的相互作用结构，首次揭示其通过阻断SNARE复合物完全组装来抑制囊泡融合的分子机制，并发现Gβ1γ2与complexin可协同作用于同一SNARE复合物。

Gβγ-预融合SNARE复合物的结构揭示了抑制囊泡融合的分子机制

发现Ufd1的UT3结构域通过同时结合两个Lys48连接的泛素并展开其中一个泛素，从而启动Cdc48/p97的底物处理过程，揭示了泛素展开的分子机制及连接特异性识别机制。

Ufd1通过非ATP依赖的方式展开泛素启动Cdc48/p97介导的底物处理

创新性地通过定量分析揭示了Kai蛋白复合物形成动力学的层级机制：1) A2C6复合物形成具有磷酸化状态依赖的分级特性；2) B6C6复合物形成具有超磷酸化选择性的开关特性；3) KaiA在复合物间的快速再分配机制，为生物钟振荡的动态调控提供了分子基础。

Kai蛋白复合物形成的动力学层次结构调控蓝细菌生物钟振荡器

首次建立植物合成mirtron平台，通过剪接依赖的非典型PTGS机制实现基因沉默；精确的内含子剪接和套索去分支是沉默关键；在病毒抑制剂P19存在时仍有效；可与宿主基因共表达并继承其时空表达模式；适用于作物基因功能研究和生物技术改良。

一种合成mirtron平台实现稳定的剪接依赖性基因沉默

首次构建三个ataxin-1家族基因的斑马鱼敲除模型，发现其在发育、行为和转录组层面的特异性与共性改变，揭示了ATXN1家族基因在神经免疫调控、感觉运动行为及视网膜信号中的作用机制。

斑马鱼atxn1a、atxn1b和atxn1l基因敲除模型揭示了不同且共有的表型和转录组改变

首次揭示分泌素受体在长期碱负荷中调控肾小管HCO3-分泌的关键作用，发现SCTR缺失导致pendrin功能异常而非蛋白表达量变化，并阐明系统酸碱状态对分泌素/受体表达的双向调节机制。

分泌素受体敲除小鼠在长期碱负荷期间肾碱基排泄受损

创新点包括：1) 提出适应性稀疏多块PLS-DA模型，整合人类伪批量表达数据、一对一同源性和细胞类型映射；2) 开发可视化工具singIST Visualizer，支持交互式探索和自动化图表生成；3) 实现疾病模型与人类参考数据的跨物种转录组学比较分析。

singIST：用于疾病模型和人类自动单细胞比较转录组学分析的R/Bioconductor库和Quarto仪表板

1. 发现RRTF1在严重机械刺激下促进生长抑制的作用机制独立于茉莉酸；2. 揭示RRTF1通过与WRKY转录因子互作调控特定基因组，精细调节长期形态建成；3. 为高密度种植作物的育种提供新思路。

RRTF1在拟南芥茎中促进触觉反应，且不依赖于茉莉酸

1. 通过染色体片段替换系（CSSLs）鉴定出调控光合速率的主效QTL qHP10；2. 利用CRISPR/Cas9技术验证OsMPK4为qHP10的候选基因；3. 发现OsMPK4表达下调通过增加气孔导度提升光合速率的分子机制；4. 提出OsMPK4作为分子育种靶点提高水稻产量的新策略。

水稻促分裂原活化蛋白激酶4的自然变异有助于提高田间条件下的光合速率

通过动态金属-配体键形成可逆门控结构，实现超大分子酶的稳定封装和多酶级联催化，突破传统孔径限制，推动糖前体合成效率提升

动态键驱动的酶在金属-有机框架中的封装突破孔径限制

创新性地构建了Tamoxifen诱导的B细胞特异性Lyn基因急性删除小鼠模型，揭示Lyn通过持续抑制性信号调控DNA反应性B细胞无能状态的新机制

Lyn通过抑制PI3K信号通路调控B细胞无能状态的建立和维持

开发了集成实验与计算流程NanoMAP，通过多轮噬菌体筛选和深度测序分析，实现纳米抗体库的高效发现与功能表征，尤其能识别稀有高亲和力克隆家族。

利用NanoMAP全面绘制免疫纳米抗体库

开发了基于质粒编码eGFP-降解基序融合构建体的快速评估方法，提供两种高通量检测方案（琼脂板终点荧光测量和96孔板动力学测量），显著提升降解基序研究的效率和可扩展性。

使用荧光报告系统评估大肠杆菌中的降解基序

发现肥胖通过重塑肺部脂质组导致NK细胞代谢障碍和抗病毒功能缺陷，揭示脂质转运蛋白CD36介导的脂质积累是关键机制，并证明短期减重可逆转该过程，为肥胖相关免疫缺陷提供新治疗靶点。

肥胖驱动的肺脂质组重塑抑制NK细胞激活和抗流感病毒免疫

开发了一种同步实现DNA扩增与甲基化信息保持的一锅法策略，通过优化缓冲液体系和42℃等温反应条件，解决了HDA（65℃）与DNMT1（耐热性差）的温度兼容性问题，并通过MSRE-qPCR验证了甲基化水平与模板量的线性关系。

MethylAmp 一步法等温扩增与DNA甲基化模式的保持

创新性整合单细胞测序与空间转录组学技术，揭示心脏再生过程中巨噬细胞状态由纤维母细胞-巨噬细胞微环境中的il34-csf1ra-egr1信号轴调控，发现该轴失衡会导致促纤维化反应，为心脏修复提供新靶点。

心脏免疫微环境编程再生心脏中的巨噬细胞状态

1. 发现Wnt通路组分mRNA在对称分裂和不对称分裂的seam细胞中呈现显著的转录本空间分布差异；2. 揭示转录因子pop-1的不对称表达依赖于Wnt信号活性，提出转录反馈强化细胞命运决定的新模型；3. 发现L2阶段对称分裂后即存在分子异质性，挑战传统Wnt不对称模型的蛋白定位主导观点。

靶向Wnt通路组分的转录反馈揭示了秀丽隐杆线虫seam细胞谱系中的隐藏异质性

创新性地利用UK Biobank大规模全基因组数据揭示变异频率与序列背景的系统性关联，发现单体型变异在CG上下文中频率差异、三核苷酸背景对变异频率的显著影响，以及参考基因组中特定五核苷酸序列的链不对称性，提出链特异性突变机制可能影响选择压力的新假说。

序列效应与全基因组测序UK Biobank参与者观察到的变异模式及DNA链不对称性

首次报道Garcinia binucao的完整叶绿体基因组序列，揭示其基因结构特征（含128个基因）、SSR分布规律（88.78%为A/T基序）及系统发育关系（与G. indica亲缘关系最近）

菲律宾本土水果Garcinia binucao（Blanco）Choisy的完整叶绿体基因组

发现PI4KA的C端磷酸化通过局部构象变化直接抑制其脂质激酶活性，且该调控机制在PI3K/PI4K家族中进化保守；揭示了磷酸化修饰与膜定位功能分离的新型调控模式。

PI4KA C端的磷酸化抑制脂质激酶活性

揭示Nar1通过双界面（静电相互作用和靶向肽段识别）结合CIA靶向复合物的分子机制，提出铁硫簇转移的结构模型，阐明Nar1在铁硫蛋白成熟过程中的枢纽作用

Nar1通过双界面相互作用界面结合细胞质铁硫簇组装靶向复合物

开发了CLIP-tag2变体和优化底物，使反应速度提升1000倍，实现活细胞中纳米摩尔浓度下分钟级高效荧光标记，并可与SNAP-tag2/HaloTag7等标签共用

快速且明亮：CLIP-tag2

首次开发了结合两阶段脱脂流程的全自动HDX-MS平台，实现了在天然脂质环境中对膜蛋白动态的高精度监测，揭示了去垢剂溶解样品无法观察到的生理相关运动特征。

一种用于原位表征膜蛋白的自动化HDX-MS平台

首次利用四面体DNA纳米结构（TDNs）作为纳米载体，通过内吞作用介导亚精胺递送至花粉管，实现对花粉管伸长的调控；功能化TDN显著增强核定位能力，为作物生殖工程提供新工具。

可编程DNA纳米笼通过主动摄取调节花粉管生长

创新点包括：1) 提出基于贝叶斯伯努利回归模型的FourC方法，解决4C-seq数据无法去重的半定量问题；2) 引入高斯过程建模空间模式，精准识别显著富集和差异接触区域；3) 验证方法在胰腺分化关键基因及CRISPR增强子扰动研究中的应用价值。

FourC：识别1D染色质构象数据中的显著和差异接触

该研究通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了IL-33-ST2-OPN信号轴在血管周围间质细胞与ST2+修复性巨噬细胞之间的功能交互作用，阐明了其在血管损伤后内膜增生中的促进作用机制。

血管周围间质细胞指导ST2+修复性巨噬细胞促进小鼠血管内损伤诱导的内膜增生

开发了原位制备的催化剂，利用氘/氚气体作为同位素源，在水溶液中实现对肽的选择性放射性标记，突破了传统有机溶剂体系的限制，为药物发现中的同位素标记技术提供新方法。

在水性缓冲液中通过氘和氚的选择性氢同位素交换对寡肽进行放射性标记

首次发现宿主蛋白环肽酶A通过稳定病毒衣壳蛋白p72促进非洲猪瘟病毒工厂形成和病毒颗粒组装，为抗病毒治疗提供了新靶点。

环肽酶A稳定衣壳蛋白p72以促进非洲猪瘟病毒复制

提出了一种可扩展且低成本的样本哈希工作流程，结合Seq-Well S³平台实现低输入样本的多组学单细胞分析，显著提升多组学数据生成效率并降低实验成本。

一种可扩展、低成本的样本哈希流程用于多组学单细胞分析：Seq-Well S³平台的应用

首次发现RicO蛋白通过N端DNA结合域识别染色体起始区特定序列，C端疏水螺旋与细胞膜互作，形成DNA-膜桥梁结构，确保复制起始点定位在细胞极区，与SMC复合物协同维持染色体分离。

核区结合蛋白RicO通过锚定复制起始点至膜上确保金黄色葡萄球菌的正确染色体分离

首次解析该物种基因组并揭示其热调节机制的进化转变，结合多组学方法发现其依赖高能耗颤抖性产热而非传统非颤抖性产热的特殊适应策略。

沙漠栖息的羚羊地鼠非颤抖性产热受损

创新性整合水培表型分析、多变量性状分析、分子标记谱型分析及Nax1基因定量表达分析，发现耐盐小麦品种在严重盐分胁迫下Nax1基因表达量提升3-6倍且与生物量维持呈正相关，揭示了生理耐受性与Nax1介导钠离子排除的协同机制。

整合生理表现与Nax1介导的钠离子排除揭示春小麦盐分耐受机制

1. 揭示干旱下链霉菌富集的机制是宿主主动抑制铁吸收和免疫系统，而非传统认为的植物求救信号；2. 发现链霉菌的促生长效应与根部富集无直接关联，而是由属内物种拮抗决定；3. 提出两步模型：宿主调控驱动链霉菌富集，属内动态决定功能结局。

干旱期间链霉菌在根部的富集与植物益处无关，由宿主抑制铁吸收和免疫驱动

创新性地结合随机生化模型与信息论分析，量化逆向作用对信号传递的限制效应；发现特定参数条件下逆向作用可作为可控状态转换机制；提出反馈增益调节与互补策略协同降低逆向作用的解决方案。

逆向作用对人工合成生物电路中信息流的影响

1. 发现Dnm2而非FtsZ是叶绿体分裂环的驱动马达蛋白；2. 揭示分裂环通过糖基转移酶介导的纤维缠绕组装机制；3. 首次提出GTP水解后Dnm2保持二聚体构象的锁定机制防止回滑；4. 建立体外GTP依赖的叶绿体分裂实验系统。

GTP酶驱动的超分子环逐步收缩推动叶绿体分裂

通过高时间分辨率的RNA-seq实验揭示光周期对基因表达动态的调控机制，发现早晨和傍晚转录本在表达水平和波形响应上的显著差异，并提出早晨转录本作为光周期测量的分子参考点的新机制。

番茄中早晨和傍晚表达转录本的差异光周期调控

发现NRAMP2是控制锰向胚运输的关键转运蛋白，揭示锰分布对种子活力的调控机制，并确定NRAMP2在种子发育锰转运中的核心作用。

NRAMP2调控种皮与胚之间的锰分配以调节种子活力

创新性地利用type III-A CRISPR-Csm复合物实现RNA定点切割，并通过与RtcB连接酶融合提升效率；首次实现不同转录本的跨分子连接（spligation），无需依赖传统剪接位点即可生成嵌合RNA。

Spligation在活细胞中实现可编程嵌合RNA生成

首次发现ICAM5作为神经粘附蛋白新互作蛋白，揭示其通过维持PAK-Cofilin信号通路和F-actin重组调控树突生长的分子机制，明确区分了神经粘附蛋白在树突生长与突触形成中的不同功能

细胞外神经粘附蛋白-ICAM5偶联通过肌动蛋白重组驱动树突生长

首次发现GluN2D受体在成年啮齿动物脑中的关键作用，揭示其通过调控颗粒细胞兴奋性、促进突触可塑性（特别是依赖GluD1受体的非典型长时程增强）以及维持空间记忆的机制，为神经精神疾病治疗提供新靶点。

含GluN2D的NMDA受体通过促进颗粒细胞活动和介导突触可塑性调节齿状回功能

创新性地结合跨物种影像学分析与转录组学，揭示了阿尔茨海默病早期脑血管重塑的分子机制；通过近寿命活体成像和7T MRI建立小鼠与人类血管重构轨迹的直接关联；首次发现小脑血管扭曲度在物种间的高度保守性，并构建了多尺度整合分析框架。

将衰老和阿尔茨海默病中脑血管重塑的跨物种轨迹与脑血管转录组联系起来

首次在血浆来源的细胞外囊泡中发现精神分裂症特异性miRNA标志物（hsa-miR-30e-5p、hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-200b-3p），揭示这些miRNA与神经发生相关基因通路的关联，并发现hsa-miR-103a-3p表达水平与工作记忆及白质完整性存在显著相关性。

血浆来源的细胞外囊泡中精神分裂症miRNA标志物的鉴定

开发了MERFISH 2.0技术，通过优化成像化学方法显著提升RNA检测灵敏度（较1.0版本提高8倍），特别适用于处理降解的存档组织（如FFPE样本），并能揭示更多细胞群体和细胞间互作，增强空间分析能力。

MERFISH 2.0：一种用于多种组织类型的超灵敏单细胞空间转录组学成像化学技术

开发了优化的CRISPR平台，整合敲除、敲低和Perturb-seq多组学筛选方法，首次在患者来源细胞中直接解析癌症脆弱性和细胞异质性

基于CRISPR的功能基因组学用于解析原发性急性髓系白血病样本的治疗依赖性

发现RNASEK作为保守的核糖核酸酶可降解衰老相关环状RNA，揭示其在应激颗粒稳态和生物体长寿中的关键作用，建立环状RNA代谢与衰老的直接联系

核糖核酸酶κ通过防止应激颗粒中与年龄相关的环状RNA积累来促进长寿

开发circTargetMap计算框架实现全转录组环状RNA-靶标RNA互作映射，发现环状RNA通过碱基配对将mRNA隔离至P体实现翻译抑制，且该机制独立于miRNA，揭示环状RNA在疾病中的翻译调控新机制。

环状RNA-靶标RNA相互作用的全基因组映射揭示P体介导的翻译抑制

基于25种天然转录因子内在无序区域的突变分析，提出简单设计规则合成人工IDRs，发现疏水性氨基酸赋予活性、酸性氨基酸防止自抑制、亲水性氨基酸调节特异性这一功能调控机制。

工程化内在无序区域以引导基因组导航

通过冷冻电镜技术解析了E. faecalis Cas9-Csn2-Cas1-Cas2超级复合物的三维结构，揭示了Cas9在CRISPR-Cas系统中识别和捕获外源DNA的分子机制，阐明了间隔区获取的结构基础。

II-A型CRISPR-Cas系统中Cas9引导的间隔区获取的结构基础

通过冷冻电镜技术解析了Cas9-Cas1-Cas2-Csn2超级复合物的结构，揭示了Cas9与间隔区整合机制的功能耦合机制，并阐明了辅助蛋白Csn2在PAM识别和前间隔区选择中的多重作用。

CRISPR-Cas适应过程中Cas9介导的前间隔区选择的结构洞察

构建了跨器官和多时间点的内皮细胞基因表达比较图谱，揭示了不同胚胎器官间内皮细胞的转录组变异，并发现了调控器官特异性血管发育的新分子机制。

内皮细胞胚胎发育的单细胞时间序列图谱

开发了高通量扰动映射平台，揭示肿瘤抑制基因丢失与转移生态位的空间关联，发现LOXL2是调控免疫抑制性转移微环境的关键因子，其抑制可增强T细胞浸润和治疗效果。

淋巴结驻留记忆T细胞通过规避肺部驻留记忆功能障碍保留效应功能

致敏肥大细胞在靶向药物递送和增强癌症免疫治疗中的应用

利用泛特异性抗体工具揭示细菌伪氨基糖酸化

工程化天然类似G蛋白偶联受体抗原助力发现针对卵巢癌的LPA2阻断抗体