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#蛋白质进化

基于蛋白质结构的噬菌体基因组注释方法Phold

NAR
创新性地整合ProstT5蛋白语言模型与Foldseek结构比对工具,利用136万个人工智能预测的噬菌体蛋白结构数据库进行功能注释,相比传统序列比对方法在敏感性、速度和可扩展性方面均有显著提升,并揭示噬菌体蛋白与生命树其他分支的结构同源性特征。
2026-1-6
蛋白质组学
蛋白质进化

秀丽隐杆线虫PUF-3的晶体结构揭示RNA识别的可塑性,从而实现生殖系基因调控

NAR
首次解析了PUF-3与不同RNA结合的晶体结构,揭示其通过适应性序列调整实现广谱RNA识别的机制;系统比较了C. elegans不同PUF亚家族蛋白的RNA结合特异性,阐明其在生殖系基因调控中的功能分工。
2026-1-6
蛋白质组学
蛋白质进化

基于模块DNA洗牌和定向进化揭示GIY-YIG核酸酶切割偏好模块化决定因素

NAR
1) 通过模块交换确定切割偏好决定区域(α-螺旋1和相邻环);2) 定向进化改造残基簇(R30, K33, E36, C39)实现切割位点重编程;3) 提出结构亚基重组加速靶点适应的进化策略。
2026-1-6
核酸蛋白工具酶
蛋白质进化
合成生物学

选择性钳的结构进化赋予Namat(噬菌体烟酰胺ADP-核糖转移酶)对ADPR-PP的特异性

NAR
揭示了Namat通过保守的Nampt样催化核心与特化的腺嘌呤环结合选择性钳协同作用的机制,明确了选择性钳对ADPR-PP的严格特异性识别机制,并发现细菌中NARP1通路的同源酶,深化了对宿主-噬菌体NAD⁺代谢互作的理解。
2026-1-6
蛋白质进化
核酸蛋白工具酶

通过扩展的Mex67旁系同源基因实现锥虫RNA加工与输出的分工

NAR
发现锥虫存在三个功能分化明确的Mex67旁系同源基因(TbMex67/TbMex67b/TbMex67L),其中TbMex67和TbMex67b通过与Ran GTPase系统而非ATP依赖解旋酶的互作实现mRNA输出,而TbMex67L特异性参与核糖体生物发生,揭示了原生生物中RNA输出机制与真核生物的显著差异。
2026-1-6
蛋白质进化
核酸蛋白工具酶

单个BRCA2 BRC重复序列支持存活,而多个重复序列在压力下确保韧性

bioRxiv
发现单个BRC重复序列(BRC2/BRC4)即可维持胚胎干细胞存活和DNA修复功能,但多个重复序列在氧化应激下能保障基因组稳定性;构建了单重复序列敲入小鼠模型,揭示了BRC重复序列冗余性的进化意义。
2026-1-8
基因编辑
蛋白质进化

同源重组驱动高效RNA聚合酶的快速进化

Nature Chemical Biology
通过DNA打乱和微流控技术,快速将DNA聚合酶进化为高效RNA合成酶,推动合成生物学中替代遗传聚合物合成的技术突破
2026-1-7
合成生物学
蛋白质进化
核酸蛋白工具酶

工程化真核生物脂肪酸合酶以控制链长应用于酵母

Nature Chemical Biology
通过改造真核生物脂肪酸合酶实现产物链长可调,结合高效β-氧化酵母菌株显著提升中链脂肪酸产量
2026-1-7
合成生物学
基因编辑
蛋白质进化

增强的SfaTnpB实现单碱基特异性、一步法核酸检测用于高灵敏度诊断

NAR
开发了具有高转切割活性和单碱基错配辨别能力的enSfaTnpB系统,结合TAM-independent策略和TOPIC平台,实现了HPV亚型及非洲猪瘟病毒的超灵敏检测(低至3 copies/μl),并可准确分型14种高危HPV亚型。
2026-1-8
蛋白质进化
合成生物学
核酸蛋白工具酶

一种古菌转录因子连接原核与真核调控范式

Cell
发现古菌转录因子AmzR的DNA结合基序具有真核生物转录因子的结构特征,揭示了原核与真核生物调控机制的进化联系
2025-12-1
蛋白质进化

鲸鱼长寿的秘诀

Nature Chemical Biology
揭示鲸鱼长寿的分子机制,可能发现与衰老相关的关键蛋白质或基因调控网络
2025-12-22
蛋白质组学
蛋白质进化

细菌生命树中新的基因起源于基因组删除

bioRxiv
发现适应性基因组删除可融合远距离基因片段形成新基因,开发系统性筛选方法在240万细菌基因组中识别此类事件,揭示删除在进化中的创新作用而非仅破坏性。
2026-1-5
蛋白质进化
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一个普通的干饭人🍚
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