利用EDEN基础模型家族设计AI可编程治疗药物bioRxiv创新点包括：1）开发基于环境基因组数据的EDEN基础模型（280亿参数），通过跨物种进化机制学习实现治疗设计；2）实现AI可编程基因插入技术（aiPGI），仅需30bp DNA序列即可设计新型重组酶；3）生成具有临床活性的抗菌肽库（97%有效率）；4）构建包含94,000个合成宏基因组的高精度微生物组，扩展了生物多样性。2026-1-12 基因编辑 合成生物学 蛋白质进化
机器学习实现纳米抗体的高效且有效的亲和力成熟bioRxiv创新性地利用机器学习加速纳米抗体亲和力成熟过程，通过单次排序的稀疏测序数据预测多轮筛选结果；发现线性模型在亲和力增强替换预测中优于深度学习模型，且具有可解释性优势；成功设计出3个亚纳摩尔级结合力的纳米抗体，其中最佳结合力提升2500倍。2026-1-12 测序技术 蛋白质进化
宿主物种特异性狂犬病毒分支间的密码子使用差异由UpA和嘌呤含量驱动bioRxiv首次在宿主特异性病毒分支层面揭示密码子使用差异的驱动因素，发现UpA和嘌呤含量对密码子使用模式的显著影响，并揭示蝙蝠相关病毒分支存在更高的锌指抗病毒蛋白选择压力2026-1-12 蛋白质进化
昆虫视叶中时间性转录因子系列的进化动力学bioRxiv揭示了昆虫视觉脑时序系列的保守基序与物种特异性变异，发现时序程序通过共享支架的反复修改进化，并阐明了时序模式变化如何导致神经元类型身份的改变。2026-1-9 蛋白质进化
GraphESMStable：融合预训练序列模型与图神经网络的蛋白质稳定性预测深度学习框架bioRxiv创新性提出结合预训练蛋白质序列语言模型与图神经网络的跨模态融合框架，引入残差级交叉注意力机制实现多模态表征深度整合，开发可预测单点突变全景图的专用预测头和建模多点突变非加性效应的Epistasis Decoder模块。2026-1-9 蛋白质组学 蛋白质进化
功能性无序蛋白质的定向进化Nature Chemical Biology开发了基于多种选择策略的定向进化方法，实现了合成无序蛋白质在活细胞中形成具有特定功能的凝聚物2026-1-9 蛋白质进化 合成生物学
线粒体DNA突变的正向生殖系选择：卵母细胞的证据bioRxiv创新性提出卵母细胞中编码突变实际受正向选择而非纯化选择，通过新指标（细胞内克隆选择+中性同义突变参考）重新分析数据，发现不同基因（如Co1）存在纯化选择，揭示正向选择与纯化选择并存的复杂机制。2026-1-9 单细胞测序 蛋白质进化
更正：ProQ和FinO对RNA的不同识别取决于内在终止发夹结构周围的序列[CORRIGENDUM]RNA Journal揭示ProQ和FinO两种蛋白质通过识别不同RNA序列来调控基因表达终止的机制差异，特别是与内在终止发夹结构周围序列的依赖性。2025-12-16 核酸蛋白工具酶 蛋白质进化
泛家族花粉信号调控十字花科物种间的种间柱头屏障 | ScienceScience发现泛家族花粉信号通过调控种间柱头屏障机制，阻止不同物种间杂交，为理解生殖隔离的分子基础提供新视角，并可能为作物杂交育种提供新策略。2025-11-20 蛋白质进化
博尔纳病病毒RNA聚合酶复合体的结构与功能：一种核内复制的非分段负链RNA病毒NAR首次解析了博尔纳病病毒RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）复合体的2.8Å高分辨率冷冻电镜结构，揭示了L蛋白的多结构域组成及其与磷蛋白P的相互作用机制；发现PRNTase结构域中类似弹状病毒的灵活环在转录起始中的关键作用；阐明了核内复制病毒与细胞质复制病毒的共同进化起源。2026-1-6 核酸蛋白工具酶 蛋白质进化
在紧凑着陆垫上定向进化产生高效重组酶用于大DNA整合NAR开发了基于渐进式缩短着陆垫的定向进化策略，获得高效重组酶VK/AVK；在保持基因组特异性的同时显著提升Prime Editing插入效率，实现大DNA整合效率的突破性提升。2026-1-6 蛋白质进化 基因编辑 核酸蛋白工具酶
超越DNA结合：果蝇转录因子中单个C2H2锌指结构与相邻β-链介导二聚体化NAR1. 发现C2H2锌指结构通过特定'CGxΦ'基序与β-链界面实现二聚体化新机制；2. 首次揭示该结构域在双翅目昆虫中的进化特异性；3. 通过NMR解析二聚体结构并验证其相互作用界面；4. 预测真核生物中广泛存在具有额外结构元件的二聚化C2H2结构域。2026-1-6 蛋白质组学 蛋白质进化
