多种过程驱动双顺反子基因SMIM45在漫长进化时间尺度下超级增强子和超级沉默子的起源与成熟bioRxiv1. 揭示超级增强子/沉默子通过Alu插入、培养者基因机制等不同途径形成；2. 发现人类特异性新基因的进化路径；3. 提出调控元件在数亿年进化中复杂作用机制2026-3-13 测序技术 蛋白质进化
近期SARS-CoV-2变异株的深度突变扫描揭示表型热点残基中氨基酸偏好的变化bioRxiv创新性地使用酵母展示平台对奥密克戎变体RBD区域进行全基因组突变扫描，发现表型热点残基（455/456/493位点）的氨基酸偏好持续动态变化，并揭示H505W等突变可能通过调控RBD构象状态影响抗原进化策略。2026-3-13 蛋白质进化 测序技术 蛋白质组学
抗体进化中的生物物理权衡通过构象介导的上位效应得以解决bioRxiv开发了基于人类细胞的高通量平台量化全长抗体的多维生物物理参数，揭示了抗体进化中突变顺序如何通过构象重排规避生物物理权衡，并建立了预测人类蛋白突变生物效应的通用框架。2026-3-13 蛋白质进化
刺突蛋白不稳定化减弱水貂集群5型SARS-CoV-2PNAS揭示了刺突蛋白结构不稳定化可减弱SARS-CoV-2在水貂中的传播能力，为理解病毒宿主适应性进化提供了新视角，并发现水貂集群中病毒变异的潜在机制。2026-3-3 蛋白质组学 蛋白质进化
通过临床监测捕捉动态噬菌体-病原体共同进化Nature首次通过临床监测实时追踪噬菌体与病原体的共同进化过程，揭示了抗噬菌体基因元件PLE11与病原体ICP1的分子博弈机制，阐明了自然选择驱动的逃逸进化路径。2026-3-11 测序技术 蛋白质进化
鲨鱼可能并不存在？基因组研究颠覆海洋掠食者的家族树Nature通过基因组数据分析发现鲨鱼可能不是一个自然的生物类群，多数鲨鱼物种与鳐鱼的亲缘关系比传统认知中更近，彻底重构了海洋掠食性鱼类的进化关系。2026-3-12 测序技术 蛋白质进化
使用ANNEVO实现高精度从头基因注释Nature MethodsANNEVO通过深度学习方法建模序列进化和长距离依赖关系，并采用专家混合架构（MoE），显著提升了进化多样化基因组的从头基因注释准确性和可扩展性。2026-3-12 蛋白质进化
AlphaFind v2：跨结构背景的AlphaFold数据库和TED结构域相似性搜索bioRxiv提出AlphaFind v2工具，通过结合蛋白嵌入预筛选和US-align优化，实现大规模结构数据库的高效搜索；支持全蛋白链搜索、pLDDT稳定性过滤、TED结构域搜索及多结构域组合搜索等多种模式，提升结构比对的生物学相关性与实用性。2026-3-12 蛋白质组学 蛋白质进化
异源寡聚化驱动真核过氧化物酶的结构可塑性Nature Chemical Biology发现不同生物来源的过氧化物酶能形成异源混合复合物，而非传统认为的同源组装，揭示了蛋白质复合物结构可塑性与稳定性的新调控机制，颠覆了细胞内过氧化物酶组装的认知范式。2026-3-10 蛋白质组学 蛋白质进化
