金黄色葡萄球菌A类分选酶P94位点的氨基酸变异调控底物结合和酶活性bioRxiv创新性地系统评估了P94位点氨基酸突变对分选酶活性和底物特异性的影响，发现多个优于现有P94R突变体的变体（如P94A/D），揭示该位点在调控底物进入和酶活性中的关键作用，为开发更高效的分选酶介导连接技术提供理论依据。2026-1-18 蛋白质进化 核酸蛋白工具酶
人类肠道微生物组中表达孤基因、伪孤基因和保守基因的鉴定与分类bioRxiv创新性地结合宏转录组数据与机器学习区分表达孤基因与伪孤基因，通过大规模数据分析（近5000个宏转录组文库）揭示表达孤基因与保守基因在序列组成、结构约束和进化信号上的系统性差异，并开发了基于SHAP值的生物学信号解释方法。2026-1-17 测序技术 蛋白质进化
几丁质酶的模块化进化由辅助结构域和催化结构域的协同进化所决定bioRxiv创新性整合系统发育分析与结构域多功能性定量评估，揭示多结构域酶通过模块化可塑性与催化核心结构扩展实现环境适应性进化，同时发现发育必需功能序列通过固定结构域架构满足特定生理需求的分化进化轨迹。2026-1-16 蛋白质进化 蛋白质组学
TlyA是枯草芽孢杆菌中参与核糖体组装的23S和16S 2′-O-甲基胞苷甲基转移酶NAR首次揭示TlyA在核糖体组装中的关键作用，发现其催化残基和SAM结合位点的重要性，阐明了枯草芽孢杆菌与结核分枝杆菌TlyA结构差异对功能的影响，为抗生素耐药机制研究提供新视角。2026-1-15 核酸蛋白工具酶 基因编辑 蛋白质进化
Sarbecovirus和Mercecovirus Nsp1连接区在翻译抑制中的策略性变异NAR通过冷冻电镜技术揭示冠状病毒Nsp1蛋白与核糖体40S亚基的结合机制，发现不同病毒亚型的Nsp1连接区长度差异与其翻译抑制效率相关，并提出连接区和CTD螺旋1的变异可作为病毒分类的分子标记。2026-1-15 蛋白质进化
芳基丙二酸脱羧酶祖先表现出更高的活性、稳定性和立体选择性bioRxiv通过祖先序列重建技术扩展AMDase家族结构多样性，发现祖先蛋白具有比现代表型更高的热稳定性（提升10°C）、半衰期（延长294倍）和立体选择性（99.7% eeR），并通过催化残基交换实现立体选择性反转。2026-1-14 蛋白质进化 合成生物学
Asgard古菌对真核生物起源的主导贡献Nature通过重建最后一个真核共同祖先的基因组，发现Asgard古菌与大量功能多样的真核基因起源存在显著关联，揭示了Asgard古菌在真核生物起源过程中的核心作用。2026-1-14 测序技术 蛋白质进化
线粒体起源时间的测定Nature Genetics通过整合多组学数据和进化时钟模型，首次精确推断了线粒体在真核生物进化中的出现时间，揭示了内共生事件的关键时间节点。2026-1-13 蛋白质进化 测序技术
三重碱基编辑器催化腺嘌呤、胞嘧啶和鸟嘌呤的饱和突变NAR开发了首个可同时编辑A/C/G三种碱基的ACG-BEs系统，实现80.5%的A→G/C/T转换效率；通过多重饱和突变发现促进γ-珠蛋白表达的新突变位点，为血红蛋白病治疗提供新策略。2026-1-14 基因编辑 蛋白质进化 核酸蛋白工具酶
整合结构相互作用势能和进化信息的分层深度学习框架用于蛋白质-蛋白质相互作用亲和力预测bioRxiv创新性提出StructFuncNet框架，首次将多级结构相互作用势能（SIP）与进化信息结合，通过图神经网络（GNN）和Transformer组件实现物理约束与动态交互学习，同时整合预训练残基特征、界面能、进化保守性评分等多模态特征，在突变亲和力预测、多结构域复合物及无序蛋白等复杂场景中均达到SOTA性能。2026-1-12 蛋白质进化 蛋白质组学
双重补偿性基因重复赋能多聚体蛋白的定向进化bioRxiv创新性提出利用基因重复补偿代谢负担和自组装适应性缺陷的策略，突破传统定向进化方法的局限性，实现极端同源变体和强制异源多聚体的筛选，为高阶多聚体进化机制研究提供新范式。2026-1-12 蛋白质进化 基因编辑 合成生物学
