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端到端泛基因组揭示水稻亚种特异性NLR基因的3.3kb结构变异驱动从头进化

创新性地利用T2T泛基因组和LGEMP引擎解析结构变异机制，发现3.3kb插入事件驱动 indica 特异性NLR免疫受体进化，填补水稻抗病毒基因数据库空白，并提供分子育种标记。

创新点包括：1) 开发了77kb最大正交复制子VinORep系统；2) 突变率提升至10^-4/碱基/代，达到基因进化临界误差阈值；3) 在Vibrio natriegens中实现跨物种应用；4) 16小时内完成含数十突变的新功能快速进化。

1. 发现硫代葡萄糖苷的轴向分布由GTR1/GTR2运输蛋白调控；2. 揭示植物物种身份与根部微生物组组装的关联性；3. 证明空间代谢物分布对微生物群落空间格局的塑造作用。

创新点包括：1) 构建了参数规模从100M到1B的植物基因组基础模型系列；2) 预训练数据涵盖43种系统发育多样化的植物基因组；3) 在调控元件注释、基因表达推断和变异效应预测等任务中达到SOTA性能；4) 建立了植物基因组学领域的大模型预训练范式。

创新性地揭示了Tillandsia植被与沙土相互作用的机制，通过多区域对比发现植被对沙质基质的塑造作用；首次结合群体基因组数据与空间环境参数，阐明极端干旱环境下物种适应性演化规律；提出风沙动力学与生物过程耦合维持生态系统稳定性的新理论框架。

发现植物相关Sphingomonads通过分化两个独立获得的鞭毛蛋白（FliC-H和FliC-L）实现功能分离：FliC-L专司游动，FliC-H负责定殖，从而在免疫逃逸与功能需求间达成进化平衡。

创新性地利用CRISPR-Cas9技术靶向编辑CYP79A1基因，首次在高粱中实现无转基因的稳定遗传改良，使纯合突变体氰苷含量降至安全阈值以下，为畜牧业安全利用高粱提供新路径。

首次实现该物种染色体水平基因组组装，采用纳米孔长读长测序结合Hi-C技术，获得2.4Gb高质量基因组，为研究其药用特性及演化关系提供基础资源。

首次发现p70S6K在PBMCs中水平降低与自闭症症状严重程度独立相关，且MAPK3/ERK1蛋白表达呈现基因剂量依赖性变化，为NDD患者提供新的外周生物标志物和治疗靶点

创新性地追踪MS病程中肠道微生物组的动态变化，发现早期诊断患者微生物群具有更高炎症潜力；通过人源化小鼠模型验证微生物组成对疾病进展的直接影响；揭示微生物组调控Treg细胞和促炎因子的机制差异；提出MS微生物组干预存在治疗时间窗的理论概念。

发现癌相关染色质结构域突变通过变构机制破坏TIP60三聚体组装和乙酰辅酶A结合，导致DNA修复基因激活障碍；揭示了结构域间通讯对TIP60催化活性的调控作用，阐明了染色质结构域突变引发基因组不稳定的分子机制。

首次发现ACTH(4-7)PGP可通过鼻内给药恢复MPS III小鼠突触传递功能，减少神经炎症，挽救突触蛋白表达，改善工作记忆和空间记忆缺陷，延缓中枢神经系统病理进展并延长寿命，为MPS III治疗提供新靶点。

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