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Asgard古菌对真核生物起源的主导贡献

通过重建最后一个真核共同祖先的基因组，发现Asgard古菌与大量功能多样的真核基因起源存在显著关联，揭示了Asgard古菌在真核生物起源过程中的核心作用。

创新性提出ORCA深度学习框架，结合纳米孔测序技术实现多类型RNA修饰的全局检测，首次揭示RNA修饰异构体特异性模式及调控互作网络。

开发基于多组学数据整合的新型计算框架，实现对活体细胞中染色质三维构象和功能状态的高精度预测。

通过整合多组学数据和进化时钟模型，首次精确推断了线粒体在真核生物进化中的出现时间，揭示了内共生事件的关键时间节点。

首次通过宏转录组学揭示芦苇根际微生物群落与植物基因表达的协同响应机制，发现Burkholderiales和Rhizobiales的氧化还原酶在NAFC降解中的关键作用，并证实植物通过上调氧化还原酶和转运蛋白基因参与毒性物质清除。

创新性地利用单一宿主物种（银眼鸟）的迁徙亚种与留宿亚种对比，结合分子技术揭示寄生虫生命周期复杂性对传播模式的影响机制；首次通过宏条形码和高通量测序系统解析多寄生虫共存格局，并提出迁徙行为与寄生虫传播潜力的关联模型。

首次在铜色吼猴中绘制突变和重组率的精细地图，结合高质量基因组数据揭示其遗传变异机制，并为该物种的进化模型构建提供关键参数。

开发了UMImap工具，通过整合转录本感知的UMI校正与长读长异构体组装，解决了纳米孔测序中PCR扩增偏差和高错误率下UMI识别难题，实现了全长转录本的高精度定量分析，并发现了大量新型长异构体。

发现P2RX5在B细胞谱系中特异性表达且在多种血液肿瘤中持续激活，开发基于P2RX5的双特异性抗体和CAR-T细胞疗法，可有效治疗CD19/BCMA阴性肿瘤，并适用于非洲裔人群的免疫治疗。

发现沙门氏菌通过创建巨噬细胞敏感化状态而非直接诱导抗炎极化来促进生存，提出两信号模型揭示病原体驱动的敏感化与环境IL-4协同调控抗炎反应的新机制

开发了基于Tsallis熵和Cramer V的系统性方法，首次实现跨细胞群体异构体变异的稳健比较分析，并在胶质母细胞瘤、肾细胞癌和心脏组织中验证了其临床相关性。

开发LongFUSE工具，通过XOR逻辑运算和严格过滤标准，实现单细胞水平融合基因及其剪接异构体的高精度检测，显著优于现有方法。

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