整合单细胞和空间转录组学分析揭示骨肉瘤在不同部位和物种间的保守和独特生态系统bioRxiv1. 构建跨物种单细胞转录组学数据集（涵盖人、犬、PDX和小鼠模型）；2. 发现6种保守的肿瘤细胞转录状态及物种/部位特异性肿瘤相关细胞重编程；3. 通过空间转录组学验证肿瘤微环境空间结构；4. 揭示犬类骨肉瘤作为人类疾病更忠实模型的生物学依据；5. 发现转移性肺病变中纤维连接蛋白驱动的促转移纤维化生态位机制。2026-1-14 单细胞测序 空间组学
人类前额叶皮层中与衰老相关的空间解析转录组变化bioRxiv首次在人类前额叶皮层中实现全生命周期空间转录组分析，揭示不同皮层层的衰老分子机制，识别潜在延缓认知衰老的分子靶点。2026-1-12 空间组学
基于微小RNA空间分析评估BRCA1相关三阴性乳腺肿瘤药物疗效bioRxiv创新性提出空间miRNA分析框架，结合LDA和PCA算法实现肿瘤敏感性分层，并通过SSIM地图整合免疫微环境信息，首次建立耐药预测的空间分子分型体系2026-1-12 空间组学
物种特异性iNOS表达区分结核病中上皮细胞和髓系细胞的IFNγ反应bioRxiv发现人类和非人灵长类髓系细胞中NOS2表达极低，而人类呼吸道上皮细胞持续高表达NOS2；iNOS蛋白定位在上皮细胞而非巨噬细胞，颠覆了传统以小鼠巨噬细胞为中心的结核免疫模型，揭示上皮细胞是人类结核病中iNOS的主要来源。2026-1-12 单细胞测序 空间组学
STAN：一种用于推断空间信息转录因子活性的计算框架NAR创新性提出STAN线性混合效应模型，首次整合TF-靶基因先验知识、mRNA表达数据、空间坐标和组织学特征，实现空间特异性转录因子活性预测，揭示TF与空间组织的交互作用机制。2026-1-9 空间组学 测序技术
SegJointGene：基于信息熵引导的卷积神经网络的联合细胞分割与空间基因优先级排序bioRxiv创新性提出联合细胞分割与空间基因优先级排序的深度学习框架，通过信息熵引导的卷积神经网络整合核图像与空间基因表达数据，利用计算信息丢弃（CID）评分实现基因重要性优先级排序，并通过迭代优化实现分割与基因优先级的协同收敛。2026-1-9 空间组学 蛋白质组学
利用空间信息指导的RNA速度与veloAgent解析和调控细胞动力学bioRxiv创新点包括：1) 首次将空间信息整合到RNA velocity框架中，提升动态推断准确性；2) 开发亚线性内存扩展算法，实现大规模空间数据高效分析；3) 引入虚拟扰动模块，可模拟调控干预对细胞命运的影响。2026-1-9 单细胞测序 空间组学
通过多模态分析揭示人新皮层谷氨酸能神经元bioRxiv创新性地整合形态学、电生理学和单细胞转录组数据，结合空间转录组技术，系统解析人新皮层谷氨酸能神经元的异质性，并揭示其与物种进化相关的形态电生理特征差异。2026-1-8 单细胞测序 空间组学
双向CRISPR筛选解析依赖GLIS3的纤维化细胞回路Nature整合单细胞与空间组学数据并结合双向CRISPR筛选技术，首次发现转录因子GLIS3是溃疡性结肠炎慢性炎症和纤维化的核心驱动因子，并揭示其作为疾病严重程度生物标志物的潜力。2026-1-7 单细胞测序 空间组学 基因编辑
同时检测AAV基因组及其转录本的原位单细胞水平方法 [METHOD]RNA Journal开发了基于padlock探针的滚环扩增技术，无需mRNA→cDNA转换即可同时检测AAV单链DNA（+/-）和mRNA；通过引入内含子区分DNA/mRNA，结合酶切技术区分单/双链DNA，实现AAV基因组加工过程的动态追踪。2025-12-16 测序技术 单细胞测序 空间组学 核酸蛋白工具酶
小鼠全脑昼夜节律神经活动单细胞图谱 | ScienceScience首次构建全脑尺度的单细胞分辨率昼夜节律神经活动图谱，揭示不同脑区在昼夜周期中的动态协调机制，为理解神经环路的时空组织原理提供新视角。2025-11-13 单细胞测序 空间组学
