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极端环境下两种新型噬菌体重组酶的结构、功能及应用

首次发现两种极端环境噬菌体重组酶UvsXt/UvsXp，其DNA链交换活性优于E. coli RecA，具有显著耐热性和化学环境适应性，特别在等温扩增病毒RNA中表现出稳定单链DNA中间体的能力。

发现C9orf72-STR扩增通过诱导神经元特异性染色质环形成，导致转录组失调；提出RNA-DNA相互作用驱动异常染色质环形成的机制；揭示核拓扑改变与基因失调在神经退行性疾病中的关联。

首次揭示埃塞俄比亚本土牛在极端气候下的基因组适应机制，发现干旱与湿热环境分别驱动氧化应激、线粒体功能及免疫代谢等不同通路的基因选择信号，同时识别出VEGFC等跨气候类型的共有热耐受基因，为培育抗热牲畜提供关键分子标记。

创新点包括：1) 提出PAMAF模式利用SLIM技术的高分辨率离子迁移分离能力替代传统四极杆过滤；2) 通过迁移率基时间对齐实现更高特征识别效率；3) 达到99%离子保留和100%离子利用效率；4) 解决同位素/异构体分离难题；5) 与DDA相比低负载流程识别能力提升100倍。

1. 提出跨模态表示学习框架，实现肽段序列与质谱信号的统一表征；2. 通过双编码器对比学习与编码器-解码器架构，无需运行特定训练即可完成高精度零样本PSM推断；3. 在单细胞和空间蛋白质组学中显著提升蛋白质鉴定率（+45%）并降低错误发现率（-17%）。

提出可解释的Leff度量量化MSA有效信息，揭示进化约束对RNA和蛋白质序列多样性的影响，建立与结构预测准确性的关联，并用于评估实验库的创新性与冗余度。

创新点包括：1) 构建标准化的SIP实验数据库和可视化分析平台；2) 整合三种主流SIP梯度分离策略和四种差异丰度分析方法；3) 提供跨研究的元分析能力，验证70.1%的已报道同位素整合菌群；4) 通过非SIP研究案例展示数据库的代谢通路解析能力。

创新性地揭示TDP-43淀粉样蛋白形成依赖于特定物理条件，发现CTD域形成的动态阻断簇是淀粉样成核的必要前提，且该过程受其他蛋白淀粉样模板调控，为神经退行性疾病治疗提供新靶点。

创新性揭示LL-37与dsDNA的浓度依赖性结合机制，发现其通过α-螺旋结构而非静电作用实现核酸凝集，阐明LL-37对NETs的浓度依赖性调控作用，为SLE等疾病提供新的生物物理机制解释。

发现高脂饮食通过巨噬细胞分泌CAMP激活P2RX7信号通路，诱导肿瘤细胞获得高可塑性和免疫逃逸表型，并揭示BMI与CAMP-P2RX7-CXCR4分子标志物的关联，阐明了肥胖相关胰腺癌的代谢-免疫调控机制。

首次发现HY5蛋白通过MC9内肽酶切割生成E59-HY5片段，并揭示其作为ATE N-降解途径底物的分子机制；阐明环境因素通过调控ATE活性影响HY5蛋白稳定性，为N-降解途径调控植物发育和环境响应提供了新机制。

1. 首次鉴定拟南芥RDA2受体样激酶是调控病毒胞间运输的PD相关组分；2. 发现RDA2直接磷酸化病毒运动蛋白并调控其定位与移动性；3. 揭示磷酸化修饰在病毒运动与宿主免疫信号间的分子机制；4. 证明该调控机制适用于30K MP超家族多个病毒成员。

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