小鼠全脑昼夜节律神经活动单细胞图谱 | ScienceScience首次构建全脑尺度的单细胞分辨率昼夜节律神经活动图谱，揭示不同脑区在昼夜周期中的动态协调机制，为理解神经环路的时空组织原理提供新视角。2025-11-13 单细胞测序 空间组学
亚纳升级别的胶囊中单细胞和活体培养物的多步骤基因组学 | ScienceScience开发了一种基于亚纳升级别胶囊的多步骤基因组学方法，实现了对单细胞和活体培养物的高通量功能基因组分析，突破了传统方法在通量和活细胞操作上的限制。2025-12-18 测序技术 单细胞测序
使用半渗透胶囊进行高通量单细胞组学 | ScienceScience提出基于半渗透胶囊的高通量单细胞组学技术，通过高效解析细胞表型和基因型，突破传统单细胞分析的通量限制。2025-12-18 单细胞测序 测序技术
Pertpy：一种用于扰动分析的端到端框架Nature Methods提出一个整合数据处理、分析和可视化的全流程框架，专门针对单细胞扰动数据分析，显著提升该领域的研究效率。2025-12-31 单细胞测序
弥合平面空间转录组学到三维细胞图谱的维度差距Nature Methods提出SpatialZ方法通过生成虚拟单细胞空间转录组学切片，解决了从平面实验数据重建三维细胞图谱的维度差异问题，实现了跨组织类型的高效三维重建。2025-12-31 空间组学 单细胞测序
SCALE：空间组学数据中无监督多尺度领域识别NAR提出无监督算法SCALE，结合深度学习图表示学习与熵搜索算法，实现空间转录组数据中多尺度功能领域的层级识别，跨平台验证显示其性能优于现有方法191.1个百分点。2026-1-6 空间组学 单细胞测序
scSuperAnnotator：单细胞RNA测序自动化细胞注释方法的基准测试、比较与可视化平台NAR创新点包括：1) 首个整合标记基因法和参考基因法的自动化注释平台；2) 提供无需编程的用户友好界面；3) 支持多视角比较和下游分析；4) 系统性评估现有注释方法性能。2026-1-6 单细胞测序 测序技术
微环境感知的空间建模用于准确推断细胞身份NAR提出MEcell方法，首次将空间上下文显式纳入细胞身份建模，通过自动调整空间信息权重提升推断准确性；在90个模拟数据和7个真实空间转录组数据集验证中表现最优，揭示微环境对细胞身份定义的关键作用。2026-1-6 空间组学 单细胞测序
细胞周期抑制保持小鼠胃肠样体的稳健发育但重新平衡谱系bioRxiv创新性地发现哺乳动物发育中核心分化程序在细胞周期抑制下仍能稳健进行，同时揭示细胞周期动态通过调节谱系分化时机和效率影响发育平衡，突破传统对细胞周期与发育关系的认知。2026-1-8 单细胞测序
基于深度学习的碎片离子选择方法提升基于质谱的蛋白质组学定量分析bioRxiv创新点包括：1) 提出QuantSelect算法，通过自监督深度学习整合碎片离子相关性、保留时间等多维特征；2) 采用正则化加权方差损失函数，无需真实标签即可训练模型；3) 在alphaDIA流程中集成该方法，使定量准确率提升68%（混合物种数据）和18%（单细胞数据）。2026-1-8 蛋白质组学 单细胞测序
高内容数字器官的单细胞分辨率计算生成Nature Methods创新性地通过计算方法从稀疏采样的平面空间转录组数据生成虚拟切片，构建了3800万细胞的小鼠大脑图谱，实现了组织切片间间隙的弥合与三维分子景观的连续性保持。2026-1-6 空间组学 单细胞测序
CellMap：空间转录组学中细胞景观的精确映射NAR创新性整合种子基因共线性分析、随机森林模型和线性分配算法，实现单细胞分辨率的空间转录组学定位，跨平台跨组织类型基准测试显示性能优于现有方法2026-1-8 空间组学 单细胞测序
