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造血祖细胞中HIV潜伏机制：GFI1作为关键调节因子

创新性地利用双报告基因HIV系统和单细胞RNA测序技术，发现转录抑制因子GFI1通过结合LTR保守序列调控HIV潜伏，并揭示其与Tat/NF-κB通路的相互作用机制，提出联合HDAC抑制和NF-κB激活可逆转潜伏的新策略。

创新性提出iDLC框架，通过显式特征解耦分离生物与技术因子，结合最优传输正则化对抗对齐实现几何约束分布对齐，有效消除复杂批次效应同时保留细胞亚型、发育轨迹等关键生物信息，可处理百万级单细胞数据

通过整合组织学、空间转录组学和单核RNA测序技术，首次构建了人类伯格曼胶质细胞发育的时空图谱，揭示了其动态分层特征及在小脑发育中的关键作用机制。

首次结合Ribo-STAMP与单细胞RNA测序技术，揭示小鼠海马体不同细胞类型及异构体特异性的翻译模式，阐明CA1与CA3区域的功能差异。

创新性地开发scHiCAR技术，首次实现单细胞层面同时解析转录组、表观组和三维基因组信息，揭示复杂组织中基因调控的多维交互网络。

通过单细胞测序技术构建人类视网膜细胞的转录组和染色质可及性图谱，揭示不同细胞类型的基因表达特征及调控机制，为视网膜相关疾病研究提供数据支持。

首次在人类脑组织中揭示癫痫微环境中谷氨酸能神经元的特异性转录反应，发现急性刺激与癫痫相关基因表达的保守性，阐明癫痫相关代谢适应障碍及髓系细胞驱动的炎症重编程机制。

提出FGOT方法整合单细胞/空间转录组和表观组数据，实现异质性细胞状态捕捉、转录调控关系解析、顺式调控元件识别，提升数据整合方法的可解释性

发现肠道微生物通过调控神经细胞转录特征影响神经免疫应答，并揭示特定菌种（如大肠杆菌）与神经退行性疾病病理机制的关联，为微生物-脑轴研究提供新视角。

提出模块化设计方法通过组合单模态预训练模型构建多模态基础模型，统一表示学习为智能虚拟细胞模型提供基础，强调组合AI在细胞生物学中的应用价值。

首次发现维生素D缺乏通过单细胞测序技术揭示其对前列腺上皮分化的影响超过雄激素缺乏，并发现维生素D衍生物可长期抑制前列腺癌细胞异种移植瘤形成能力，同时影响多个癌症相关通路。

创新性提出'扫描与捕获'模型，揭示Cohesin介导的环状挤出与锚定元件协同促进增强子-启动子互作的分子机制；通过单细胞成像与聚合物模拟结合，发现WAPL调控Cohesin稳定性可补偿锚定缺失，为发育调控提供新理论框架。

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